肿瘤微环境（TME）是肿瘤细胞赖以生存和发展的复杂环境，主要由细胞成分和非细胞成分组成，共同构成了复杂的肿瘤微环境。免疫抑制微环境是肿瘤微环境中起抑制免疫功能的部分，其组成包括免疫抑制性细胞和抑制性细胞因子。
一、数据下载
在sets中搜索“gastric cancer survival”，然后筛选人类基因，再筛选基因数目大于100，再一个个点开看，数据集中的样本要求为肿瘤，然后再点开样本，其character满足（tissue: gastric cancer age: 42 Sex: female ptstage: T4 pnstage: N1 death: 0 duration overall survival: 121）
本例中选择GSE84433
打开平台（平台的作用在于将探针名和基因名一一对应），点击”download full table”,下载整个表格，有时没有下载键，则查看整个图标，然后复制。
下载表达矩阵：在GSE84433 页面最下面，点击‘Series Matrix File(s)下载
二、数据注释
用perl 对下载的探针矩阵注释为基因矩阵（这一步在电脑上失败了）
在下载的探针矩（xls）中复制样本的临床数据，只保留肿瘤数据，删除正常或者癌旁组织。
R软件中提取免疫评分和基质评分：
#library(utils)
#rforge <- "http://r-forge.r-project.org"
#install.packages("estimate", repos=rforge, dependencies=TRUE)
#if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
# install.packages("BiocManager")
#BiocManager::install("limma")
library(limma)
library(estimate)
setwd("C:\\Users\\lexb4\\Desktop\\geoEstimate\\05.estimate") #设置工作目录
inputFile="geneMatrix.txt" #输入文件名字
#读取文件
rt=read.table(inputFile,sep="\t",header=T,check.names=F)
#如果一个基因占了多行，取均值
rt=as.matrix(rt)
rownames(rt)=rt[,1]
exp=rt[,2:ncol(rt)]
dimnames=list(rownames(exp),colnames(exp))
data=matrix(as.numeric(as.matrix(exp)),nrow=nrow(exp),dimnames=dimnames)
data=avereps(data)
#读取肿瘤样品文件
sample=read.table("sample.txt",header=F,sep="\t",check.names=F)
data=data[,as.vector(sample[,1])]
#如果数值很大，需要去除log函数这一行的#号
data=log2(data+1)
data=data[rowMeans(data)>0,]
out=normalizeBetweenArrays(data)
out=rbind(ID=colnames(out),out)
#输出整理后的矩阵文件
write.table(out,file="normalize.txt",sep="\t",quote=F,col.names=F)
#运行estimate包
filterCommonGenes(input.f="normalize.txt",
output.f="commonGenes.gct",
id="GeneSymbol")
#计算免疫得分,平台有三种选择，根据自己的分析选择("affymetrix", "agilent", "illumina")
estimateScore(input.ds = "commonGenes.gct",
output.ds="estimateScore.gct",
platform="affymetrix")
#输出每个样品的打分
scores=read.table("estimateScore.gct",skip = 2,header = T)
rownames(scores)=scores[,1]
scores=t(scores[,3:ncol(scores)])
scores=scores[,1:3]
out=rbind(ID=colnames(scores),scores)
write.table(out,file="scores.txt",sep="\t",quote=F,col.names=F)
得到肿瘤评分表格
