王阳明原有的肺病复发，在广西又得了痢疾，兼之操劳军务、政务，于是卧病于南宁。朝廷已经派出使者，王阳明也由南宁去广州，等待使者的到来。在乘船东归途中，王阳明过梧州时听船夫说前边就是乌蛮滩，也就是伏波庙前滩。王阳明虽然重病缠身，但听到马援将军的名讳，突然就精神起来。
当年出居庸关，17岁的王阳明在归程中居然梦到了马援庙，想想已经过了40年。他不顾属下的劝阻，命船夫靠岸，果然寻觅到了一座马援庙。这座马援庙已经残破不堪，但里边的将军像依然屹立不倒。仿佛这个场景与40年前的梦中场景一模一样，令王阳明有种回归的感觉。他有感而发，作了《谒伏波庙》二首，其一为：
四十年前梦里诗，此行天定岂人为！
徂征敢倚风云阵，所过须同时雨师。
尚喜远人知向望，却惭无术救疮痍。
从来胜算归廊庙，耻说兵戈定四夷。
王阳明觉得自己能像马援一样为保家卫国而出征四夷，对建立的功业也感觉到十分满足。对于朝廷，王阳明自己是做到了征伐有功；对于百姓，王阳明则感觉给地方百姓带来了苦难。他无力挽救地方上的满目疮痍，更羞于向人们说自己的功绩。经世致用的儒者坚持的就是以民为本，如果以损害百姓的利益来成就自己的功业，那正是对儒者的最大讽刺。
嘉靖七年（1528年）九月，王阳明到了广州，并迎接了来自京师的使者。来的使者是冯恩，南直隶松江府华亭县（今上海松江）人，嘉靖五年（1526年）的进士。如果朝廷对王阳明的战绩重视，必然会派出朝中重臣前来嘉奖。如今只派出一个新进士，似乎是对王阳明的蔑视。王阳明似乎已经猜到了朝廷回复迟疑的缘由，但还是拖着病体，诚挚地接待了冯恩。
冯恩倾慕王学，到了广州就拜入了王阳明的门下，算是王阳明的关门弟子。他以敢于直谏著称，任御史，更是不怕得罪皇帝和权臣。在嘉靖十一年（1532年），冯恩以“天道远，人道迩”，臧否各部尚书、侍郎，评骘大学士张孚敬、方献夫和右都御史汪鋐三人。因为此事，冯恩被判死刑，临刑前被赞“嘴巴、膝盖、肝胆、骨头都是铁打般刚硬”，由此得了“四铁御史”的雅号。幸得爱子冯行可上血书代父就死，冯恩才得到了赦免。
在广州等待朝廷文书的同时，王阳明去了一趟广州东部的增城。增城是王阳明的六世祖王纲死后立祠的地方，也是好友湛若水的家乡。因为王阳明巡抚两广，增城的官员就重新修复了王阳明六世祖王纲的庙祠。
增城的官员修缮好王纲的庙祠后，请王阳明到增城祭祀。王阳明虽然疾病缠身，但还是强忍着病痛到了增城。自王阳明的六世祖到王阳明，其间的先祖都是以学问著称，唯有六世祖与王阳明建有军功，达到了文武双全。王阳明幼年的时候，也曾听祖父和父亲说过六世祖王纲的事迹，这对王阳明影响很大。
祭拜了六世祖，王阳明寻觅到增城湛若水的故居，心中生出怀念的情愫。王阳明与湛若水曾经是知己，也是不用多言就能明晰对方心声的人。只因在学术观点上存在分歧，两人的关系才越来越疏远。对于湛若水一封封责问学问的书信，王阳明除了回复一些无关紧要的内容，大都选择不回信。并不是因为他想疏远这个知音，相反是为了保住两人的关系。他特意避免不必要的口角，希望维护两人的关系。
由拜祭六世祖到访湛若水的故居，王阳明的心中都是满满的追忆。当一个人沉醉于回忆的时候，也说明其生命将走到尽头。正所谓“人之将死，其言也善”，在湛若水的故居墙壁上，王阳明写下了人生最后一首诗《书泉翁壁》：
我祖死国事，肇禋在增城。
荒祠幸新复，适来奉初蒸。
亦有兄弟好，念言思一寻。
苍苍兼葭色，宛隔环瀛深。
入门散图史，想见抱膝吟。
贤郎敬父执，童仆意相亲。
病躯不遑宿，留诗慰殷勤。
落落千百载，人生几知音？
道通著形迹，期无负初心！
王阳明虽有心与旧友重归于好，却是路途坎坷，不容思量。对亲友的思念，让他的病情进一步加重。由增城回到广州，王阳明还没有等来朝廷的诏令，就有些不耐烦了。他于嘉靖七年（1528年）十月十日，给世宗上了最后一道奏疏《乞恩暂容回籍就医养病疏》。在奏疏中，王阳明只表达了一个意思，那就是：疾病缠身，希望朝廷恩许回绍兴。
王阳明本来就有肺病，在绍兴有郎中的调理，已经渐好。可是因为出征在外，跟随的郎中因为水土不服而生病，就回到了绍兴。没有郎中在身边，王阳明也不敢擅自用药。再加上两广炎热的天气使王阳明病情复发，并进一步恶化。在炎热的天气中，王阳明时常卧病在床，不禁心烦意乱。他时睡时醒，有时还出现幻觉，顿感身体不妙。
朝廷在王阳明的几次报捷中，都看到王阳明提到自己疾病缠身，想尽快回到原籍。王阳明巨大的功绩和他多病的身体形成了鲜明的对比，让京城中的世宗和大臣都非常不相信。他们都没有回复王阳明的意思，想要拖着王阳明，观看王阳明的下一步行动。但他们不知道他们这一试，正是在煎熬王阳明的生命。
王阳明连续等了三个月，没有等到朝廷的任何回复，便作出了私自回绍兴的打算。嘉靖七年（1528年）十一月，王阳明感觉到身体状况有所回转，便放弃了等待朝廷回复的打算，踏上了北上归乡的路程。广东布政使王大用是王阳明的弟子，帮王阳明准备好了船只。他一路护送王阳明过南雄，翻过大庾岭，到南安府。
到了南安府，王阳明的病情进一步恶化。南安府推官周积也是王阳明的弟子，并为王阳明准备好了继续北上的船只。王阳明并没有在南安停歇，马上登上了继续北上的船只。因为一路北上，或乘船或陆行，王阳明有些吃不消。到了周积的船上，王阳明已经咳嗽不断，气喘体虚。
周积没想到当年在赣州衙门设帐讲学的恩师已经变得这样孱弱。王阳明因为受到病魔多年的折磨，早已经瘦骨嶙峋，经不起太多打击。周积精心地照顾王阳明，王阳明以虚弱的口气还询问周积的学问。周积抑制住悲伤的情绪，对王阳明讲述了自己为官为学的种种细节，深得王阳明的赞许。但极度虚弱的王阳明听着周积的讲述，就昏昏沉沉地睡着了。
等到了南安府青龙浦，王阳明突然由昏睡变得异常清醒。周积断定恩师这是回光返照，所以急忙附耳聆听。王阳明睁开双眼，想要说什么，又没有说出来。周积赶紧询问王阳明想要说什么，王阳明使尽全力，微笑着说：“此心光明，亦复何言？”在这样的时刻，王阳明还在想着他未完善的学说，并为此感到无尽的遗憾。
周积以为王阳明还会说些什么，或者交代某些遗嘱的内容，但什么都没有。嘉靖七年（1528年）十一月二十九日，王阳明带着满心的遗憾离开了人世。王阳明所不能预料的是，他身后还有那么多人因为自己的学说和功绩，展开了数十年的角逐。最大的反对派就是时任吏部尚书的桂萼，而匡扶王学的一派就是王阳明的弟子们。
桂萼得知王阳明病死在青龙浦，不禁心中窃喜。王阳明的死让桂萼获益良多。首先在心理上，桂萼非常高兴，有幸灾乐祸的意味。他恨王阳明不听自己的建议去征讨交趾国，更恨王阳明以孱弱的身体建立了卓越的功勋。而王阳明死了，纵然是建有再多功绩，都不会享受到封赏。
其次在客观上，王阳明突然去世，朝廷就永远弄不清王阳明在广西的实情。而且王阳明不能因为功绩进入内阁，跟桂萼分一杯羹。在入阁的道路上，桂萼算是少了一个强劲的对手。他在心理上诅咒王阳明早点死，在客观上盼到了，也真达到了自己入阁的目的。
最后在潜在利益上，桂萼可以用王阳明的死做文章，作为获得升迁的机会。桂萼以议大礼得到世宗的赏识，所作所为都被世宗认可。在王阳明死后，桂萼就向刚刚死去的王阳明发难了。他不仅将王阳明的学说诬蔑为异端邪说，还将王阳明的功绩一并抹杀。世宗本来对王阳明就不太信任，听了桂萼的奏言，便对死后的王阳明做了盖棺定论：保留王阳明“新建伯”的爵号，但不允许子孙世袭，也免去给王阳明死后的任何抚恤。桂萼因此加太子少保兼武英殿大学士，成为深得世宗信赖的股肱之臣。
在桂萼等人对王阳明进行诋毁的同时，京城外的百姓和士子们却表现出了绵绵的温情。周积等人将王阳明收殓入棺，并将王阳明的棺椁送回绍兴。一路上经过赣州、吉安、南昌，死后的王阳明受到了沿途百姓的迎送。百姓自愿地为王阳明抬棺，就像王阳明出征前过这些地方一样，奉王阳明为圣人。失去圣人，百姓们痛苦万分，呼天抢地，动情地将泪水洒尽。
退休的大学士费宏曾经竭力阻止王阳明进京为官，后因为议大礼而被迫致仕。当他听闻王阳明突然死于青龙浦时，便在龙溪迎候王阳明，与这个旷世奇才道别。在弋阳的汪俊听到王阳明的死讯，有些不敢相信。想王阳明前往广西的途中，特意到弋阳看望自己，自己却避而不见。如今突然听到王阳明已经仙游，汪俊万念俱灰，泪水不禁夺眶而出。他也在贵溪迎候王阳明，算是对当年好友表示忏悔。
钱德洪和王畿本来要参加殿试，刚刚离开绍兴就听闻了王阳明去世的消息，于是放弃了殿试。他们二人一边向同门发出王阳明去世的消息，一边与王阳明养子正宪到弋阳迎接。经过一路的颠簸，王阳明终于回到了他向往已久的绍兴，只可惜他已经看不到了。他看不到他的妻儿，也看不到他的弟子，永远地将记忆定格在了往昔。
嘉靖八年（1529年）二月四日，王阳明的葬礼正式开始，前来吊唁的人络绎不绝。前来凭吊的有王阳明的好友，比如湛若水、伍文定、刘节、龙光等；有官场上的同僚及有司官员，比如来自江浙、两广等省的官员和来自绍兴、杭州、山阴、会稽、余姚等府县的官员；有王阳明的弟子，比如方献夫、黄绾、欧阳德、邹守益、魏良弼、薛侃、王臣、黄宗明、陆澄等。
直到是年十一月十一日，王阳明才下葬，可见百姓和士人对他的敬重。根据《左传》对下葬时间的记载：天子死后七个月后安葬，诸侯五个月后安葬，士大夫三个月后安葬，士一个月后安葬。从二月四日到十一月十一日，王阳明的葬礼总共用了九个多月，可算是盛荣之至。世宗与朝廷中的很多重臣并没有前来吊唁，表现出了让人难以忍受的冷漠。
弟子黄绾首先向朝廷上疏，捍卫王阳明的正面形象。在事功方面，黄绾历数了王阳明四大军功，分别为：平定南赣汀漳的“山贼”，平定宁王朱宸濠叛乱，招抚思田卢苏、王受的起义，平定断藤峡、八寨的瑶民暴动。在学问方面，黄绾分别指出王阳明引起争议的三个命题：“致良知”、“亲民”、“知行合一”。
黄绾认为致知之说出自孔子，良知之说出自孟子，王阳明正是继承了孔孟的圣学，才提出了“致良知”。“亲民”出自《大学》旧本，是圣学的要旨，王阳明加以发挥，使之更加具有现实意义。“知行合一”是发展了朱熹的知先行后的学说，是为了治疗学术研究中知行脱节的问题。
王阳明在学问上真正地继承了圣人的衣钵，将圣人之道发挥到了极致；在事功上更是以一个文人的身份建立了前所未有的功绩。黄绾说的话句句在理，有理有据，足以给王阳明正名。他还抨击了桂萼的小人行为，也提及王阳明为国尽忠而客死异乡的忠诚和王阳明家中无人抚恤的事实。
黄绾本来希望通过奏疏让世宗明白何为忠臣，何为奸佞，但并没有起到作用。世宗既没有跟黄绾计较，也没有给出回应。在世宗一朝，王学一直被称为邪说。虽然有王阳明弟子到处奔走呼号，却依然没有效果。但是很多弟子为了传播王阳明的学说，都不遗余力地建立书院，宣传王学，使学习王学蔚然成风。
