“会读质粒图谱才能用好质粒。”
前面介绍了质粒图谱中复制起点，启动子，抗性基因和蛋白纯化标签四个元件，在蛋白质检测过程中常会遇到不好买的目的蛋白抗体，这个时候蛋白检测标签的价值就体现了出来。
标签蛋白质序列DNA编码序列
FLAGDYKDDDDKGATTACAAGGACGACGATGACAAG
3XFLGDYKDDDDKGDYKDDDDKIDYKDDDDKGATTACAAGGATGACGACGATAAG
GAGATTACAAGGATGACGACGATAAG
GATCGATTACAAGGATGACGACGATAAG
MycEQKLISEEDLGAGCAGAAACTCATCTCTGAAGAGGATCTG
HAYPYDVPDYATACCCATACGACGTCCCAGACTACGCT
V5GKPIPNPLLGLDSTGGTAAGCCTATCCCTAACCCTCTCCTCGGTCTCGATTCTACG
HSVQPELAPEDPED
XpressDLDDDDK/DLYDDDDK
S TagKETAAAKFERQHMDS
SB1PRPSNKRLQQ
ThrombinLVPRGS
Protein CEDQVDPRLIDGK
BADGLNDIFEAQKIEWHE
VSV-GYTDIEMNRLGK
FLAG-Tag
Flag标签蛋白为编码8个氨基酸的亲水性多肽(DYKDDDDK/Asp-Tyr-Lys-Asp-Asp-Asp-Asp-Lys)，同时载体中构建的Kozak序列(是位于真核生物mRNA 5‘端帽子结构后面的一段序列，通常是GCCACCAUGG，它可以与翻译起始因子结合而介导含有5‘端帽子结构的mRNA翻译起始)简单点来说，它使得带有FLAG的融合蛋白在真核表达系统中表达效率更高。
FLAG-Ta中连着的四个天冬氨酸让整个标签蛋白具有很好的亲水性，其通常不会与目的蛋白相互作用并且通常不会影响目的蛋白的功能、性质，这样就有利用研究人员对融合蛋白进行下游研究。
FLAG-Tag它本身有免疫原性，可以被抗FLAG的抗体识别，这样就方便通过Western Blot、ELISA等方法对含有FLAG的融合蛋白进行检测、鉴定。
FLAG-Tag可以进行亲和层析，但是实验表明FLAG的特异性结合能力没有His-Tag那么强，融合蛋白的纯度也只能达到90%，因此3xFLAG被设计出来。大多数情况下FLAG标签会构建到蛋白的N端或者C端，而且大多数情况下蛋白的N端或者C端是游离在蛋白表面的，那么在这种情况下FLAG和3xFLAG没有什么区别，抗体都能结合得到。但是也有时候蛋白末端会被折叠到蛋白内部，或者被其他结合蛋白所遮蔽，那么更长的FLAG更有利于抗体结合表位的暴露，从而被抗体所结合。
融合在N端的FLAG，其可以被肠激酶切除（DDDK），从而得到特异的目的蛋白。因此现FLAG标签已广泛的应用于蛋白表达、纯化、鉴定、功能研究及其蛋白相互作用等相关领域。
Myc-Tag
Myc标签相当于人的c-Myc 410-419位肽段（序列为：EQKLISEEDL），有的说是 408-437(AEEQKLISEEDLLRKRREQLKHKLEQLRNS)，还有的说C端的(AEEQKLISEEDLL)，总之就是410-419附近了。c-Myc基因参与细胞的增殖，多与肿瘤相关，人的c-Myc蛋白分子量在50-70kDa。Myc标签可放在C端或N端，但Myc重组蛋白的低pH洗脱条件往往会降低蛋白质的活力，因此Myc标签系统广泛应用于检测但很少用于纯化，现在比较常用在鉴定过程中如WB，流式细胞，免疫功沉淀等技术中。
FLAG和Myc双标签
HA-Tag
HA(hemagglutinin antigen)标签蛋白，标签序列YPYDVPDYA，源于流感病毒的红细胞凝集素表面抗原决定簇，9个氨基酸，对外源靶蛋白的空间结构影响小, 容易构建成标签蛋白融合到N端或者C端。易于用Anti－HA抗体检测和ELISA检测。
V5-Tag
V5多肽是从猿猴副流感病毒 5(SV5)的 P 蛋白和 V 蛋白中分离得到的第 95～108 位氨基酸残基组成的多肽。V5 标签常被融合表达于靶蛋白的 N 末端或者 C 末端，以便对靶蛋白进行分析和鉴定。
HSV-Tag(单纯疱疹病毒)
HSV 来源于糖蛋白 D 前体包膜蛋白并且短(QPELAPEDPED),所以它不太可能干扰蛋白质结构或功能。
VSV-Tag
VSV-G,来源于水泡性口炎病毒的融合性外壳G糖蛋白，常被用于逆转录病毒和慢病毒载体的生物医学研究。VSV-G标签通常融合于目的蛋白的N-或者C-端，以便使用免疫组化方法来进行观察和分析。
上面简单介绍了几种常见的蛋白标签，像FLAG-Tag既可以用来检测又可以用来亲和层析纯化，有的像V5-Tag常用来WB/FC检测鉴定。这么多蛋白标签怎么选择比较好呢？
1. 第一步肯定是要确定你融合标签的目的，蛋白纯化首选His-Tag，WB优先选Flag-Tag。
2. 其次蛋白标签对目的蛋白的影响：标签可能会干扰蛋白的正确折叠，因此需要考虑添加的标签是否对目的蛋白的表达有影响。
3. 确定蛋白标签位置是在N-端还是C-端：根据蛋白结构、定位的特性选择标签蛋白标记的具体位置。
上面只是简单介绍，更多细节还是要根据自己的需求来。
