戊申，上命图画功臣赵公长孙无忌、赵郡元王孝恭、莱成公杜如晦、郑文贞公魏征、梁公房玄龄、申公高士廉、鄂公尉迟敬德、卫公李靖、宋公萧瑀、褒忠壮公段志玄、夔公刘弘基、蒋忠公屈突通、郧节公殷开山、谯襄公柴绍、邳襄公长孙顺德、郧公张亮、陈公侯君集、郯襄公张公谨、卢公程知节、永兴文懿公虞世南、渝襄公刘政会、莒公唐俭、英公李世勣、胡壮公秦叔宝等于凌烟阁。
雩尉游文芝上告代州都督刘兰成谋反，戊申，刘兰成被处以腰斩。右武候将军丘行恭取出刘兰成的心、肝吃掉；太宗听说后责备他说：“兰成谋反，国家有规定的刑罚，何至于如此！如果以此来表示忠孝，则应该是太子和诸亲王先吃，岂能轮到你呢？”丘行恭惭愧，磕头谢罪。
二月，壬午（初二），太宗问谏议大夫褚遂良：“舜帝制造漆器，谏阻的有十多个人。这有什么值得进谏的？”答道：“穷奢极欲，是造成危亡的根源；漆器不能满足，便会进一步用金玉。忠臣敬爱君主，定要防微杜渐，如果祸乱已经形成，就用不着再去行谏了。”太宗说：“是这样。朕一有过失，你也应当谏于初发时。朕观察前代拒谏的帝王，多说‘已经那样做了’，或说‘已经应允的事’，最终不加改悔，这样一来，想要不出现危亡，能做得到吗？”
当时做都督、刺史的皇子们大多年纪幼小，褚遂良上书道：“汉宣帝曾说：‘与我共同治理天下的，就是那些称职的郡守啊！’如今皇子们年幼，还不知道如何从政，不如暂且将他们留在长安，教他们治国方略，等到长大以后再派到各地。”太宗认为很有道理。
壬辰（十二月），任命太子詹事张亮为洛州都督。侯君集自以为有功而被拿到职司衙门，内心怨恨而产生反叛之心。张亮出任洛州，侯君集刺激他说：“什么人排挤你？”张亮说：“不是你又是谁呢？”侯君集说：“我刚刚平定一国归来，即遭圣上嗔怪如铺天盖地一般，怎么还能排挤你呢？”因而挽起袖子说道：“整天郁闷过不下去了，你能造反吗？我与你一同反！”张亮密报给太宗。太宗说：“你与侯君集都是朝廷的功臣，说话时身旁没有别人，如果审讯他，君集必然不服。那样，事情就不一定能弄清楚，你暂且不要说出去。”太宗仍象以前那样待侯君集。
州都督尉迟敬德上表请求告老还乡；乙巳（二十五日），朝廷任命敬德为开府仪同三司，五天一上朝。
丁未（二十七日），太宗说：“君主只有一颗心，而攻心的却有很多人。有的以勇武力量，有的只凭口才，有的以谄谀逢迎，有的以奸诈邪恶，有的以嗜好欲望，各类人凑在一起，各自兜售自己的一套，以图取得恩宠。君主稍有松懈，而接受其中的一类人，则危亡随之而来，这便是君主行事之难呐！”
戊申（二十八日），太宗命人在凌烟阁画上朝廷的大功臣。他们是：赵公长孙无忌、赵郡元王李孝恭、莱成公杜如晦、郑文贞公魏徵、梁公房玄龄、申公高士廉、鄂公尉迟敬德、卫公李靖、宋公萧瑀、褒忠壮公段志玄、夔公刘弘基、蒋忠公屈突通、郧节公殷开山、谯襄公柴绍、邳襄公长孙顺德、勋公张亮、陈公侯君集、郯襄公张公谨、卢公程知节、永兴文懿公虞世南、渝襄公刘政会、莒公唐俭、英公李勣、胡壮公秦叔宝等二十四人。
齐州都督齐王李祐，性情轻狂急躁，他的舅舅、尚乘局直长阴弘智劝他说：“您的兄弟较多，陛下一旦驾崩，您应当召募壮士来自我保护。”李祐深以为是。弘智进而荐举妻兄燕弘信，李祐很喜欢他，赏赐很多金玉，让他暗中召募壮士。
太宗挑选刚直的人来辅佐众位亲王，做长史和司马，诸亲王如有过失即禀报太宗。李祐亲近小人，又喜好打猎，长史权万纪直言切谏，不听其言。壮士昝君謩、梁猛彪得到李祐的宠幸，权万纪弹劾他们，并将他们赶走，李又暗中将他们召回，更加宠幸。太宗多次寄书责备李，权万纪担心会与李祐一同获罪，便对李祐说：“亲王如果确实能悔过自新，我就请求到朝廷为您言明其事。”于是条陈李祐的过失，逼迫他上表自首，李祐内心恐惧便应允。权万纪到达长安，对太宗说李祐肯定能改过自新。太宗大为高兴，嘉勉权万纪，而数落李祐以前的过失，手书敕文告诫他。李祐听说此事后，勃然大怒，说：“权长史出卖我！劝我悔改而却自己居功，我一定要杀了他。”太宗认为校尉、京兆人韦文振谨慎正直，任用他为齐王府典军，韦文振多次进谏，李祐也讨厌他。
权万纪性情偏狭，专以刻薄约束李祐，城门外都不让他出去，将鹰犬等放掉，又斥责昝君謩、梁猛彪不让他们见李祐。恰巧权万纪宅院夜里落下土块，权万纪认为君謩、猛彪二人想谋害自己，便将他们拿入狱中，急发驿传文书上报太宗，并弹劾李祐一同为非作歹的几十人。太宗派部尚书刘德威前往按察，上告事多有验证，太宗下诏令李祐与权万纪一同入朝。李祐对权万纪积怨较深，便和燕弘信的哥哥燕弘亮等密谋杀掉权万纪。权万纪奉诏令先行一步，李派燕弘亮等二十多人乘马追上，将权万纪射死。李祐同党一起逼迫韦文振让他与他们合谋，韦文振不从命，骑马逃奔几里地，被追上杀死。其他僚属十分害怕，爬在地下磕头，不敢仰视。李祐进而私自署为上柱国、开府等官职，大开府库物品行赏，又将百姓赶到城内，全副武装、修缮兵器、城楼，并设置拓东王、拓西王等官职。官吏百姓抛弃妻子儿女相继在夜间吊下绳索出城墙外逃，李祐不能禁止。三月，丙辰（初六），太宗诏令兵部尚书李勣等人征发怀、洛、汴、宋、潞、滑、济、郓、海九州兵马讨伐李祐。太宗赐给李祐手书敕文说：“我经常告诫你不要亲近小人，正是为此呀！”
李祐召燕弘亮等五人住在卧室内，其他同党分别统领士兵，巡守城墙自我防御。李祐每天夜晚与燕弘亮等人对着妃子饮酒，得意洋洋；谈笑之际，说到官府军队，弘亮等说：“齐王不必忧虑。弘亮等右手端着酒怀，左手为王挥刀击退他们！”李祐非常高兴，以为确实能这样。又传布檄文到所属各县，但各县都不肯追从造反。当时李勣的兵马还未到，而青、淄等几州的兵众已聚集在齐州边境地带。齐王府兵曹杜行敏等人暗中谋划要抓住李祐，李祐身边的人及官吏百姓中非其死党者都群起响应。庚申（初十），夜间，四面击鼓呼叫，声闻达数十里。李祐同伙有居住在外面的，众人挥刀将他们杀死。李祐问这是什么声音，身边的人欺骗他说：“英公李勣统率飞骑兵已经登上城墙。”杜行敏分兵几路凿开城垣而入城，李祐与燕弘亮等披甲胄持兵器进入宫室内，关上门户抵抗，杜行敏等一千多人围攻，自早晨到中午，久攻不下。杜行敏对李祐说：“齐王从前为皇帝的儿子，如今乃是国贼，如不立即投降，将要被烧成灰烬。”于是命令士兵堆积柴草想要焚烧李祐藏身的房子。李祐从窗户里对杜行敏说：“我立刻开门，只是担心燕弘亮兄弟必死无疑。”杜行敏说：“一定会保全他们的性命。”李祐等人听此言便走出来。有人挖下燕弘亮的眼睛，扔在地上，其余的人则打折他的四肢，最后将他杀死。又将李祐捆绑起来带出衙署前示众，然后送回去，关押在东厢。齐州全部平定。乙丑（十五日），太宗敕令李勣等收兵。李祐被押解到长安，赐死在内侍省，同党被诛的有四十四人，其余的人都不追究。
李祐当初谋反时，齐州人罗石头曾当面数落其罪行，并抢枪在手，上去想要刺杀李祐，被燕弘亮杀死。李祐带领几名骑兵袭扰高村，村里人高君状站在远处责备他说：“当今皇上手提三尺剑打下江山，百姓们承蒙恩德，如对上天一般景仰。你忽然驱使城内数百人想要作乱以冒犯你的父王，这与用一只手摇撼泰山有什么不同，你怎么能如此不自量力呢？”李祐纵马出击，将其擒获，终因惭愧而没有杀他。太宗敕令追赠罗石头为毫州刺史。又任命高君状为榆社县令，杜行敏为巴州刺史，封为南阳郡公；合伙抓住李祐者都有不同的升官或赏赐。
太宗检核李祐家中文章奏疏，得到记室城人孙处约的谏书，颇为赞赏，几次升迁他官至中书舍人。庚午（二十日），追赠权万纪为齐州都督，赐爵位武都郡公，谥号为敬；韦文振为左武卫将军，赐爵襄阳县公。
起初，太子李承乾贪恋声色及打猎，极为奢侈，害怕被太宗皇帝知道，便对东宫臣僚时常谈论忠孝，有时甚至还要流泪，回到东宫，则与一群小人戏耍狎玩。宫中臣僚有人想要劝谏，太子先揣摸出他的意思，然后迎上前去行礼，面色凝重，正襟危坐，引咎自责，言辞颇多狡辩，进谏的臣僚急忙拜答，无暇再行劝。东宫内部的秘密，外面人无法得知，所以当时议论起来颇多称赞之词。
太子制作八尺高的铜炉和六隔大鼎，召募一些逃亡官奴偷盗民间的牛马，亲自烹煮，与宠幸的仆人们一同吃掉。又喜欢学说突厥语和穿戴其服饰，挑选身边容貌像突厥人的分五人为一落，梳上辫子穿上羊皮衣赶着羊，又制作五个狼头旗及长条旗，设立突厥人住的穹庐，太子自己身处其中，逮住羊烹煮，抽出佩刀割羊肉吃。又曾对身边的人说：“我试着假装可汗死了，你们众人模仿他们的丧礼。”于是僵卧在地上，众人都号啕大哭，跨上马环绕着他的身体，又贴近他的身体，用刀划他的脸。过了很久，太子突然坐起，说道：“我一旦拥有天下，当亲率数万骑兵狩猎于金城西面，然后解开头发做突厥人，委身于思摩，如果担当典兵将领，不会甘居人后。”
左庶子于志宁、右庶子孔颖达多次劝谏太子，太宗赞许他们，赐给二人金银财物以讽谕激励太子，并且改任于志宁为太子詹事。于志宁与左庶子张玄素多次上书直谏，太子暗中派人杀他们，没有成功。
汉王李元昌常做不法之事，受太宗多次责怪，从此心中怨恨。太子和他关系密切，朝夕相处游玩，分身边的人为二队，太子与李元昌各统领其中一队，身披毛毡甲胄，手拿竹制长矛，摆下战阵大声呼喊着交战，击刺流血，做为娱乐。有不听命令的，吊在树上抽打，甚至有人被打死。太子还说：“假如我今天做大唐天子，明天就在禁苑中设置万人营房，与汉王分别统领，观看他们厮杀，岂不痛快！”又说：“我要是做天子，必然任情纵欲，有劝谏者一律杀掉。也不过杀几百人，众人便会自守安定。”
魏王李泰多才多艺，得到太宗宠爱，他看见太子有脚病，便暗地里产生夺嫡而立的想法，于是折节礼贤下士而捞取名声。太宗让黄门侍郎韦挺管理魏王府中事务，后来又命工部尚书杜楚客取而代之，二人都为李泰联络朝中大臣。杜楚客有时怀揣黄金以贿赂权贵，对他们说魏王如何聪明，应当立为太子；文武大臣，各有所托，暗中结为朋党。太子害怕李泰威胁自己的位置，便派人诈称为魏王府典签上书言事，都拆说李泰的罪过，太宗敕令逮捕这些告状人，查无所获。
太子私下宠幸太常寺的乐童称心，与他同吃同住。道士秦英、韦灵符以妖法道术，得以亲幸太子。太宗听说后，勃然大怒，将称心等人全抓起来杀掉，连坐被斩首有数人，太宗并对太子大加斥责。太子认为是李泰告发的，怨恨更深，不停地思念称心，在东宫中特筑一小屋，立称心的像，早晚祭奠，徘徊在室内，痛哭流涕。又在宫苑内堆成一个小坟，私下赠予称心官爵树立石碑。太宗越来越不喜欢太子，太子也知道，动辄几个月称病不去朝见；暗中豢养刺客纥干承基等人及一百多名壮士，想要杀掉魏王李泰。
吏部尚书侯君集的女婿贺兰楚石为东宫府千牛，太子知道侯君集一直有积怨，便多次让贺兰楚石带引侯君集到东宫，向他询问自我保全的策略，侯君集认为太子愚昧低能，便想乘机利用他，于是劝太子谋反，他举起手来对太子说：“这一双好手，当为殿下使用。”又说：“魏王受皇上宠爱，我担心殿下会有隋太子杨勇被免为平民的灾祸，如有敕令宣召进宫，应当秘密加以防备。”太子大为赞同这种议论，用重礼贿赂侯君集以及左屯卫中郎将、顿兵人李安俨，让他们刺探太宗的心思，一有动静便告诉他。李安俨先前侍奉隐太子李建成，李建成败亡后，李安俨为李建成拼死搏斗，太宗认为他忠诚，所以特别信任他，让他掌管宿卫。李安俨便将身家性命寄托在太子身上。
汉王李元昌也劝说太子谋反，还说道：“近来看见皇上身旁有一个美人，善于弹奏琵琶，事成之后，希望将美人赐给我。”太子应允。洋州刺史、开化公赵节，是赵慈景的儿子，母亲是高祖女儿长广公主；驸马都尉杜荷，是杜如晦的儿子，娶城阳公主为妻，二人均被太子所亲近，参与谋反事宜。凡是同谋者都要割开手臂，用帛擦血，烧灰混在酒中喝掉，发誓同生死共患难，暗中谋划率领兵马进入西宫。杜荷对太子说：“天象有变化，应当迅即发兵以应天象，殿下只需称得暴病十分危险，皇上必然会亲自来探视，乘此机会可以得手。”太子听说齐王李祐在齐州谋反，对纥干承基等人说：“我住的东宫西墙，离皇上住的大内正好二十步左右，与你们谋划大事，岂是齐王所能比的！”正赶上处理李祐谋反的事，牵连到纥干承基，纥干承基因此被关押在大理寺牢狱中，按其罪行，应当处死。
唐太宗贞观十七年（癸卯，公元643年）夏季四月，庚辰朔（初一），纥干承基上书告发太子李承乾谋反。太宗敕令长孙无忌、房玄龄、萧瑀、李勣与大理寺、中书省、门下省一同参与审问，谋反的情形已经昭彰。太宗对身边的大臣说：“你们看将如何处置承乾？”众位大臣不敢应答，通事舍人来济进言说：“陛下不失为慈父的形象，让太子享尽自然寿数，则善矣！”太宗听从其意见。来济是来护儿的儿子。
乙酉（初六），太宗下诏废黜太子李承乾为平民，幽禁在右领军府。太宗想要免除汉王李元昌的死罪，群臣执意争辩，于是便赐他在家中自尽，宽宥他的母亲、妻子儿女。侯君集、李安俨、赵节、杜荷等人皆处斩。左庶子张玄素、右庶子赵弘智、令狐德等人以不能劝谏太子，均获罪免为平民。其余应当连坐的，全部赦免。詹事于志宁因为曾多次劝谏，单独蒙受嘉勉。任命纥干承基为祐川府折冲都尉，封爵平棘县公。
侯君集被收入狱中，贺兰楚石又到宫阙前告发他谋反的事，太宗召见侯君集对他说：“朕不想让那些刀笔吏羞辱你，所以便亲自审问你。”君集起初不认罪。太宗便召见贺兰楚石详细陈述始末原委，又拿出与承乾来往的书信启给他看，君集理屈词穷，只得服罪。太宗对身边大臣说：“君集有功于大唐，乞求还他一条生路，可乎？”众位大臣都认为不可。太宗便对君集说：“与公长诀矣”因而流下眼泪。君集也磕头表示服罪，于是将他斩首于集市上。侯君集临刑前，对监刑的将军说：“君集我一时失足走到这一步！然而当年在秦王府时即侍奉陛下，又有攻取吐谷浑、高昌二国的功绩，请求保全我一个儿子以维持家族的祭祀烟火。”太宗便宽宥他的妻子和子女，将他们迁徙到岭南。没收他所有的家产，得到二个美女，从小喝人奶不吃别的食物。
起初，太宗让李靖教授侯君集兵法，侯君集对太宗说：“李靖将要谋反。”太宗问他是什么原因，侯君集答道：“李靖教我兵法时只教给我粗浅的内容，而隐匿精华，因此知道他要谋反。”太宗将这些话问李靖，李靖答道：“此乃是君集想要谋反。如今中原已经平定，我所教的兵法，足以制服四方民族，而君集执意请求倾尽我的谋略，这不是想要谋反又是什么呢？”江夏王李道宗曾经语气和缓地对太宗说：“侯君集志大才疏，自认为有些功劳，对于位居房玄龄、李靖之下感到羞耻，虽然身为吏部尚书，还是不能满足他的愿望。依我观察，他一定会叛乱。”太宗说：“依侯君集的才气，做什么不行呢！朕难道是珍惜高位不封予他？只是因为按顺序还排不到他，怎么可以随意猜忌，乱生疑惑呢？”等到侯君集因谋反伏诛，太宗便当面感谢李道宗说：“果然不出你之所料。”
李安俨的父亲，年高九十多岁，太宗怜悯他，赐给奴婢以侍奉他。
太子李承乾已经获罪幽禁，魏王李泰便每天进宫侍奉太宗，太宗当面许诺立他为太子，岑文本、刘洎也劝说太宗立李泰；长孙无忌执意请求立晋王李治。太宗对身边大臣说：“昨天李泰投到我怀里对我说：‘我到今天才得以成为陛下最亲近的儿子，此乃我再生之日。我有一个儿子，我死之日，当为陛下将他杀死，传位给晋王李治。’人谁不爱惜自己的儿子，朕见李泰这么做，内心十分怜悯他。”谏议大夫褚遂良说：“陛下此言大为不妥。希望陛下深思熟虑，千万不要出现失误。陛下百年之后，魏王占有天下，他怎么肯杀自己的爱子，将皇位传给晋王呢？从前陛下既立承乾为太子，又宠爱魏王，对他的礼遇超过承乾，以致造成今日的灾祸。承乾谋反的事刚刚过去，足可做为今日的借鉴。陛下如今要立魏王为太子，希望先安置好晋王，只有这样政局才得稳定。”太宗流着眼泪说：“朕不能这么做。”说完站起身，回到宫中。魏王李泰惟恐太宗立晋王李治为太子，对李治说：“你与李元昌关系密切，元昌谋反未成已自尽，你能够一点不担心吗？”李治听到这番话满脸忧愁。太宗感到奇怪，多次问他是什么原因，李治便将李泰对他说过的话告诉太宗；太宗很失望，开始后悔说过立李泰的话。太宗曾当面指责李承乾，李承乾说：“我身为太子，还有什么更多的要求！只是因为被李泰图谋，便常与朝廷大臣们谋求自我保存的策略，那些不逞之徒趁机唆我图谋不轨。如今若是立李泰为太子，那就正好落入他的谋划之内。”
李承乾被废掉太子后，太宗亲御两仪殿，群臣都退朝，只留下长孙无忌、房玄龄、李勣、褚遂良四人，太宗对他们说：“朕的三个儿子、一个弟弟，如此作为，我的心里实在是苦闷、百无聊赖。”于是将身体向床头撞去，长孙无忌等人争抢上前抱住他；太宗又抽出佩刀想要自杀，褚遂良夺下刀交给晋王李治。长孙无忌等请求太宗告知有什么要求，太宗说：“朕想要立晋王为太子。”无忌说：“我等谨奉诏令；如有异议者，我请求将其斩首。”太宗对李治说：“你舅父许诺你为太子，你应当拜谢他。”李治拜谢长孙无忌。太宗对长孙无忌等人说：“你们已经与朕的意见相同，但不知外朝议论如何？”答道：“晋王仁义孝敬，天下百姓属心很久了，望陛下召见文武百官试探问一下，如有不同意的，就是臣等有负陛下罪该万死。”太宗于是亲临太极殿，召见六品以上文武大臣，对他们说：“李承乾大逆不道，李泰也居心险恶，都不能立为太子。朕想要从众位皇子中选一人为继承人，谁可以为太子？你们须当面明讲。”众人都高声说道：“晋王仁义孝敬，应当做太子。”太宗十分高兴。这一天，李泰率领一百多骑兵到永安门；太宗敕令城门官员遣散李泰的护骑，带李泰进入肃章门，将其幽禁在北苑。丙戌（初七），太宗下诏立晋王李治为皇太子，太宗亲临承天门楼，大赦天下，饮宴三天。太宗对身边大臣说：“朕如果立李泰为太子，那就表明太子的位置可以苦心经营而得到。自今往后，太子失德背道，而潘王企图谋取的，两人都要弃置不用，这一规定传给子孙后代，永为后代效法。而且李泰为太子，则李承乾和李治均难以保全，李治为太子，则李承乾与李泰均安然无恙。”
丁亥（初八），任命中书令杨师道为吏部尚书。起初，长广公主嫁给赵慈景，生下赵节；赵慈景死后，长广公主改嫁杨师道。杨师道曾与长孙无忌等人一道审讯承乾太子的狱案，暗中为赵节开脱罪责，由此获罪。太宗到公主住所，公主以头触地，哭泣着为儿子的罪过道歉，太宗回拜并流着泪说：“赏赐不回避仇敌，惩罚不袒护亲属，这是天下至公至正的道理，不敢违背，因此有负于姐姐。”
己丑（初十），太宗下诏任命长孙无忌为太子太师，房玄龄为太傅，萧瑀为太保，李勣为太子詹事，萧瑀、李勣同为同中书门下三品。同中书门下三品这一位同宰相的要职从此开始。又任命左卫大将军李大亮领右卫率，前任太子詹事于志宁、中书侍郎马周为左庶子，吏部侍郎苏勖、中书舍人高季辅为右庶子，刑部侍郎张行成为少詹事，谏议大夫褚遂良为太子宾客。
李勣曾得暴病，药方说“胡须烧成灰可治疗”，太宗剪下自己的胡须，为他配药。李勣连连磕头哭谢，直至头颅出血。太宗说：“这是为了社稷江山，并非为你个人，有什么可谢的？”李勣曾侍奉太宗饮宴，太宗和缓地对他说：“朕一心想找到一个可以托孤的大臣，没有人能超过你的，往年你曾经不负于李密，岂能辜负朕！”李勣流着泪辞谢，咬破指头沾血为誓，喝得酩酊大醉，太宗解下身上的皇袍给他披上。
癸巳（十四日），太宗下诏解除魏王李泰的雍州牧、相州都督、左武候大将军等职务，降爵位为东莱郡王。李泰王府的僚属中凡是李泰的亲信，都迁徙流放到岭南；杜楚客因兄长杜如晦有功，免去死罪，废为平民。给事中崔仁师曾私下请求立魏王李泰为太子，降职为鸿胪寺少卿。
庚子（二十一日），规定太子见三师的礼仪：在殿门外迎接，太子先拜，三师答拜；每道门都要让三师先行。三师坐下后，太子才能坐下。太子给三师的书启，前后自称名字加“惶恐”二字。
五月，癸酉（二十五日），太子上表章，言道：“李承乾与李泰只有随身几件衣服，饮食也不能对口味，幽禁忧愁可怜，请求敕令有关官署，优厚供给他们。”太宗应允。
黄门侍郎刘洎上书言道：“太子应当勤学好问，亲善师友。如今太子入侍宫闱，动辄超过十天半个月，太师太保以下官员，很少与太子应对答问，希望能稍微抑制一下对子孙的爱心，弘扬传之久远的规制，则是天下百姓的幸事。”于是太宗让刘洎与岑文本、褚遂良、马周几个人轮流到东宫，与太子相处谈论政事。
丁亥（初九），太常寺丞邓素出使高丽回到朝廷，请求太宗在怀远镇增派戍边兵力以威逼高丽，太宗说：“孔子说：‘远方的人不服从，则勤修文德来招抚他们’，未听说靠一二百个士兵就能威镇远方的。”丁酉（十九日），尚书右仆射高士廉请求退职，太宗应允，开府仪同三司的职衔和勋位封邑仍保留，而且仍是同门下中书三品，参知政事。闰六月，辛亥（初四），太宗对身边大臣说：“朕自从立李治为太子，遇见任何事情都亲加教诲，看见他用饭，就说：‘你知道耕稼的艰难就能常吃上这些饭。’看见他骑马，就说：‘你知道马要劳逸结合，不耗尽马的力量，就能经常骑着它。’看见他坐船，则说：‘水能够载船，也能够翻船，百姓便如同这水，君主便如同这船。’见到他在树下休息，则说：‘木头经过墨线处理才能正直，君主能纳谏者才为圣君。’”
丁巳（初十），太宗下诏让太子掌管左、右屯营兵马事宜，屯营大将军以下的官员都要受其节制。
薛延陀真珠可汗派他的侄子突利设到唐朝纳聘礼，拟献马五万匹，牛、骆驼一万头，羊十万只。庚申（十三日），突利设献上食物，太宗亲临相思殿，大宴群臣，设立十部乐曲，突利设再次行礼祝寿，太宗赏赐突利设十分丰厚。
契苾何力上书言道：“不可与薛延陀通婚。”太宗说：“朕已经答应他们，怎么可以身为天子而却自食其言呢？”何力答道：“我不是想要陛下立刻回绝他们，只是希望暂且延缓此事。我听说自古有迎亲礼仪，假如陛下敕令夷男让他迎亲，即使不到长安来，也要到灵州；夷男必定不敢前来，则回绝他有理由。夷男性情刚直暴戾，既然不能与大唐通婚，其部下又怀有二心，不过一二年便会病死，他的二个儿子争夺王位，到那时陛下可以轻易制服他们。”太宗听从其意见，于是征召真珠可汗让他前来迎亲，又发布诏书说将要在灵州与他相见。真珠十分高兴，想要亲到灵州，其大臣劝谏说：“倘若被对方扣留，到那时后悔都来不及！”真珠说：“我听说大唐天子有圣王的德行，我能亲自前去见他一面，至死都无遗憾。而且漠北必然会有人主事，我去的决心已定，不必再多说了。”太宗接连三次派使节，接受薛延它所献的牲畜。薛延陀先前库房没有马厩，真珠可汗便征调各部落马牛羊等，往返一万多里，途经沙漠地带，没有水和草，牲畜消耗损失将近一半，过了迎亲期限没有到。有人议论认为聘礼未准备齐便与之通婚，这会使北方少数族轻视唐朝。太宗于是下诏回绝其婚姻，停止巡幸灵州，并追还三次派出的使节。
褚遂良上奏疏认为：“薛延陀可汗本来是突厥的一个首领，陛下当年荡平沙漠，万里萧条少有人烟，殊余势力奔波投靠，须有一个酋长，于是才赐给他鼓和大旗，立为可汗。近来又降下大恩，应允与他们通婚，西面告知吐番，北面通知思摩，连大唐朝中的儿童也都知道此事。陛下又行幸北门，接受他们敬献食物，群臣与边远地区，都整日宴饮庆贺。都说陛下为安抚天下百姓，不爱惜自己的女儿，芸芸众生，谁不感恩戴德。如今一朝陡生变化，有改悔之意，我深深为朝廷的声誉受损而惋惜；这样一来得到的很少，而失去的却很多，也会产生隔阂，必然会遭致边境不安宁。薛延陀深怀被欺辱的怨恨，百姓也感受到背约的羞愧，恐怕这不是绥服远方、训教边兵的办法。陛下即位治理天下已有十七年，以仁义恩惠交结百姓，以诚信礼义安抚边远地区，天下百姓没有不佩服的。背约实在是没有道理，为什么就不能善始善终呢？龙沙城以北，薛延陀的部落众多，朝廷想要讨伐他们，终究不能全都消灭干净，应当对他们抚以德义，使正义掌握在朝廷手中而不是在对方手中，失信的在对方而不在我方。做到这些，则是尧、舜、禹、汤等人远不及陛下。”太宗不听其谏议。
当此时，众位大臣大都说道：“朝廷既然答应与他们通婚，又接受人家的聘礼，就不可失信于薛延陀，以免又生边乱。”太宗说：“你们这些人都是只知古而不知今。从前汉初匈奴强大，中原汉王朝削弱，所以要装扮子女，送金银财物以做为诱饵，在当时是合乎时宜的。如今中原强大，北方少数族削弱，以我大唐的一千步兵，可以击败他们的数万骑兵，所以薛延陀肯卑躬屈膝，满足我们的要求，不敢稍有傲慢，是因为他们刚刚立了可汗，属下杂姓部族不少，想要借着大唐的势力以威慑制服他们。他们中的同罗、仆骨、回纥等十多个部族，各有兵力几万人，如果他们合力攻打薛延陀，可以立即攻破取胜，之所以不敢轻举妄动，是因为畏惧是我大唐所立的可汗。如今将宗室女嫁给他，他们必然自恃是大国的女婿，其他部族谁还敢不服！这些戎狄人面兽心，一旦稍不满意，必会反咬一口，造成祸害。现在我们回绝其婚姻，停止接受他们的聘礼，其他部族得知我们抛弃他们，很快会将他们瓜分豆剖，你们只须记住朕说过的话。”
太宗说：“盖苏文杀死高丽国王而独掌国政，实在是不能忍受，以我方今日的兵力，攻取他们并不难，只是不想劳扰百姓，朕想暂且先让契丹、骚扰他们，怎么样？”长孙无忌说：“盖苏文自己也知道罪行严重，害怕大国的讨伐，必然要严加防备，陛下稍稍容忍一些，他得以自我保全，必然会更加骄横，更加无恶不作，此后再去讨伐，也不算晚啊。”太宗说：“很好！”戊辰（二十一日），太宗颁布诏令封高丽王高藏为上柱国、辽东郡王、高丽王，派使节携带旌节前往册封。
丙子（二十九日），改封东莱王李泰为顺阳王。
起初，太子李承乾德行丧失，太宗私下对中书侍郎兼左庶子杜正伦说：“我儿承乾如果仅有脚病倒还说得过去，只是他疏远贤良，亲近小人。你应当加以监察，如果真不可教诲，请你来告诉我。”杜正伦多次劝谏李承乾都不听，杜正伦便将太宗对他讲的话告诉承乾。太子上表章给太宗，太宗责怪杜正伦泄露此事，杜正伦答道：“我想用陛下的话恐吓他，希望他能弃恶从善。”太宗大怒，降杜正伦为谷州刺史。等到李承乾谋反事败露，秋季，七月，辛卯（十四日），又将杜正伦降职为交州都督。起初，魏徵曾经推荐杜正伦与侯君集有宰相之才，请求任命侯君集为仆射，而且说：“朝廷安定不忘危亡，不可以没有大将，各宿卫兵马应该委派君集专管。”太宗认为君集喜欢自我夸耀，没有重用。等到后来杜正伦因泄露罪被贬职，侯君集因参与谋反被处死，太宗开始怀疑魏徵有结党营私之嫌。又有人上书言称魏徵自己抄录前后在朝中的谏言给起居郎褚遂良看，太宗更加不高兴，于是罢除魏徽的儿子魏叔玉娶公主一事，并毁坍所撰碑石。
起初，太宗曾对以宰相身份监修国史的房玄龄说：“前代史官所记的吏事，都不让君主看见，这是为什么？”答道：“史官不虚饰美化，也不隐匿罪过，如果让皇上看见必然会动怒，所以不敢进呈。”太宗说：“朕的志向不同于前代君主。朕想亲自翻阅当朝国史，知道先前的过失，以做为以后的借鉴，希望你撰写完成后上呈给朕看看。”谏议大夫朱子奢上书言道：“陛下身怀圣德，行动没有过失，史官所记述的，按理都是尽善尽美的事。陛下惟独要翻阅《起居注》，这对史官记事当然无所损失，假如将此规定传示给子孙后代，恐怕到了曾孙，玄孙之后偶有并非最明智的君主，掩饰过错袒护短处，史官必然难以避免身遭刑罚诛戮。如此下去，则史官们都顺从旨意行事，远避危害，那么悠悠千载的历史，有什么可相信的呢？所以说前代君主不观看国史，正是为了这个缘故。”太宗不听其谏言。房玄龄便与给事中许敬宗等删改成《高祖实录》和《今上实录》；癸巳（十六日），书写成，呈上太宗。太宗见书中记载武德九年六月四日玄武门之变，用辞多隐讳曲折，便对房玄龄说：“历史上周公诛灭管叔、蔡叔以定周朝，季友毒死叔牙以保存鲁国，朕当年的所作所为，正与此类似，史官有什么可隐讳的！”立即命令删削浮华之词，秉笔直书杀李建成、李元吉事。
八月，庚戌（初三），朝廷任命洛州都督张亮为刑部尚书，参预朝政；任命左卫大将军、太子右卫率李大亮为工部尚书。李大亮身居三项要职，宿卫两宫，谦恭忠正谨慎，每次护卫值勤，必定坐着假寐直到天亮。房玄龄非常敬重他，多次称李大亮有王陵、周勃的气节，可以担当大的职位。
起初，李大亮为庞玉的兵曹，被李密抓获，原来的同伙都被处斩，大将张弼见李大亮而将其释放，二人遂定交情。等到李大亮身居显贵，开始寻找张弼，想报答他的救命之恩，张弼当时官做将作监丞，自己隐匿不说。李大亮在道上遇见张弼而认出他来，扶着张弼掉泪，并将自己的家产送给张弼，张弼拒不接受。李大亮将此事上禀太宗，请求将自己的官职爵位全都授予张弼，太宗为了李大亮的缘故提拔张弼为中郎将。当时人都称赞李大亮不负恩情，也赞扬张弼不自我炫耀。
九月，庚辰（初四），新罗派使节来称百济攻取他国中四十多座城，又与高丽国联合，图谋断绝新罗到唐朝的通道，因而请求派兵救援。太宗命令司农寺丞相里玄奖带皇帝玺书前往高丽，对他们说：“亲罗归顺我大唐，每年不停朝贡，你们与百济都停止兵战，假如再行攻打，明年大唐就要发兵攻伐你们国家。”
癸未（初七），将李承乾流放到黔州。甲午（十八日），将顺阳王李泰流放到均州。太宗说：“父子之情，是出自于自然。朕如今与李泰生而离别，还有什么心思自处！然而朕为天下人的君主，只要能使百姓生活安宁，私情也当割舍呀。”又将李泰所上表文拿给身边大臣看，并说：“李泰实在是有才智，朕常常念叨他，你们也都知道，但是为社稷江山，不得不以道义与他断绝亲情，让他居住在遥远的地方，这也是两全之策呀。”
先前，各州的长官和高级佐僚年初亲自带着贡品进京，称之为朝集使，也称为考使。京城没有官邸，便大都租房子与商人们杂处在一起。此时太宗命令有关部门为他们修建宫邸。
冬季，十一月，己卯（初三），太宗到圜丘祭祀。起初，太宗与隐太子李建成、巢刺王李元吉有隔阂，密明公赠司空封德彝暗中骑墙。杨文叛乱后，太上皇李渊想要废掉隐太子李建成而改立太宗，封德彝执意劝谏而停止。此事非常隐秘，太宗并不知道，等德彝死后才知道。壬辰（十六日），治书侍御史唐临开始追究弹劾其事，请求罢黜封氏官职爵位。太宗让文武百官商议此事，尚书唐俭等人议论道：“德彝的罪过暴露在他死后，恩义结于生前，历任各种官职，不宜追究夺回，请求降赠官改封谥号。”太宗下诏罢除所赠官职，改谥号为缪，削掉所得食邑和实封户。
太宗敕令遴选大族良家女子以充实太子东宫；癸巳（十七日），太子派左庶子于志宁辞谢。太宗说：“我不过是不想让子孙们生于微贱之人。如今既然致书辞退，理当遵从其本意。”太宗怀疑太子过于仁义软弱，私下里对长孙无忌说：“你一再劝我立李治为太子，李治过于懦弱，恐怕他不能守护好社稷江山，怎么办呢？吴王李恪英武果断很象我，我想要立他为太子，怎么样？”长孙无忌执意争辩，以为不能这么做。太宗说：“你因为李恪不是你的外甥吗？”无忌说：“太子仁义厚道，真正是守成的有文才的君主；太子皇储的位置至关重大，怎么可以多次更改呢？望陛下再细细考虑这件事。”太宗于是不再有此种想法。十二月，壬子（初六），太宗对吴王李恪说：“父子之间虽然是至亲，一旦犯罪，则天下的法令不能够偏私。汉朝已立昭帝，燕王刘旦不服，暗中图谋造反，霍光以一封便笺就杀了他。为人臣下，不能不深以为诫！”
庚申（十四日），太宗车驾巡幸骊山温泉；庚午（二十四日），回到宫中。
贞观十八年（甲辰，公元644年）春季，正月，乙未（二十日），太宗车驾行幸钟官城；庚子（二十五日），临幸县；壬寅（二十七日），游幸骊山温泉。
相里玄奖到达平壤，莫离支已经率领部队进攻新罗，攻下两座城，高丽王派人召兵，这才回师。玄奖传谕使他们不要再攻打新罗，莫离支说：“以前隋朝东征高丽，新罗乘机侵蚀高丽土地五百里，如果他们不归还侵占我们的土地，恐怕难以休战。”玄奖说：“既往的事何必再去追究呢？至于说辽东各城，本来都是中原帝国的郡县，中原帝国尚且没有过问，高丽怎么可能一定要回故有的地地呢？”莫离支最后没有听其劝告。
二月，乙巳朔（初一），相里玄奖回到京城，详悉禀报出使高丽的情况。太宗说：“盖苏文杀死其国王，迫害高丽大臣，残酷虐待百姓，如今又违抗我的诏令，侵略邻国，不能不讨伐他。”谏议大夫褚遂良说：“陛下麾旗所指则中原大地平定，眼睛一转则四方民族归服，威望无与伦比。如今却要渡海远征小小的高丽，如果捷报指日可待还可以；万一遭遇挫折，损伤威望，再引起百姓起兵反抗，则朝廷的安危难以预测呀！”李勣说：“当年薛延陀进犯，陛下想要发兵讨伐，魏徵谏阻而作罢，使之直到今日仍为祸患。那时如果采用陛下的策略，北方边区可保安宁。”太宗说：“是这样。这一点实在是魏徵的过失；朕不久即后悔而不想说出来，是怕因此而堵塞进献良策的缘故。”
太宗想要亲自去征伐高丽，褚遂良上奏疏说：“天下便如同人的整个身体：长安洛阳，如同是心脏；各州县如同四肢；四方少数民族，乃是身外之物。高丽罪恶极大，诚然应当陛下亲去讨伐，然而命令二三个猛将率领四五万士兵，仰仗着陛下的神威，攻取他们易如反掌。如今太子刚刚封立，年龄还很幼小，其他藩王情况，陛下也都清楚，一旦离开固守的安全地域，越辽海的险境，身为一国之主，轻易远行，这些都是我所深觉忧虑的事。”太宗不听他的谏议。当时大臣们多有谏阴太宗征伐高丽的，太宗说：“八个尧帝，九个舜帝，也不能冬季种粮；乡村野夫及儿童少年，春季播种，作物才生长，这是得其时令。天有它的时令，人有他的功效。盖苏文欺凌国王暴虐百姓，老百姓翘首企盼救援，此正是高丽应当灭亡的时令，议论者纷纭不休，只是因为未看到这个道理。”
己酉（初五），太宗巡幸灵口；乙卯（十一日），回到宫中。三月，辛卯（十七日），任命左卫将军薛万彻暂时代理右卫大将军。太宗曾对身边的大臣说：“当今的著名将领，只有李勣、李道宗、薛万彻三人称得上，李勣、道宗不能取得大胜，但也没有大败，万彻则不是大胜就是大败。”
四月，太宗亲临两仪殿，皇太子在旁侍奉。太宗对众大臣说：“太子的性情，外面的人可曾听说过吗？”司徒长孙无忌说：“太子虽然没有出过宫门，天下人无不敬仰其德行。”太宗说：“我像李治这个年龄，不能够循规蹈距，照常规办事。李治自幼就待人宽厚，古谚说：‘生男孩如狼，还担心他象羊一样。’希望他稍大些，自然有所不同呀。”长孙无忌说：“陛下神明英武，乃是拨乱反正的大才；太子仁义宽厚，实是守成修德之才，志趣爱好虽然不同，但也各当其职分，此乃是皇天保护大唐国位而又降福于万民百姓。”
辛亥（初八），太宗巡幸九成宫。壬子（初九），到了太平宫，对身边的大臣们说：“大臣们顺从旨意的居多数，犯颜强谏者极少，如今朕想要听到关于朕的过失的话，诸位当直说无所隐瞒。”长孙无忌等都说：“陛下没有过失。”刘洎说：“近来有人上书不合陛下圣意的，陛下都当面百般责备，上书者无不惭愧恐惧而退下，恐怕这不是广开言路的办法。”马周说：“陛下近来赏罚，略有因个人喜怒而有所高下的情况，此外没有见到过失。”太宗都予以接受。
太宗喜欢文学而又思维敏捷善辩论，众位大臣上书言事，太宗引征古今事例以驳难，臣下多答不上来。刘洎上书劝谏道：“帝王与平民，圣哲与庸人愚夫，上下相差悬殊，无与伦比。由此可知以至愚对至圣，以最卑贱的对最尊贵的，白白地想着自强，也不可得到。陛下降下恩旨，和颜悦色，倾听劝谏之言，虚心接纳臣下的意见，还担心臣下们未敢应对；何况陛下又灵动神思，发挥天辩巧慧，修饰辞藻以批驳他们的道理，引征古事以排解众议，这让凡夫百姓如何应答呢？而且博闻多记则损伤心思，多说话则伤气，心气损伤，形神劳顿，起初还没有察觉，以后必然成为牵累，望陛下为社稷江山而自爱身体，岂能为兴趣爱好而自伤身体呢？至于秦始皇能言善辩，因自我夸耀而失去民心；魏文帝宏才伟略，因虚言妄论而有负众望。这些由于辩才而受害的情形，还历历在目。”太宗书写飞白书答道：“没有思考则无法治理臣下，没有言语则无法表述思虑，近来议论国事，过分烦苛，高傲轻视他人，恐怕即由此产生，至于心神，则不是由此劳顿。如今听到你的直言谠论，当虚心改正。”己未（十六日），车驾到显仁宫。
太宗将要征伐高丽，秋季，七月，辛卯（二十日），敕令将作大监阎立德等人到洪、饶、江三州，造船只四百艘用来载运军粮。甲午（二十三日），太宗下诏派营州都督张俭等率领幽州、营州二个都督府的兵马以及契丹、奚、靺鞨族士兵先行进攻辽东，以观察形势。任命太常寺卿韦挺为馈运使，民部侍郎崔仁师为副使，河北各州都接受韦挺节制统辖，听从他随时调遣。又任命太仆寺少卿萧锐运送河南各州粮草入海。萧锐是萧瑀的儿子。
八月，壬子（十一日），太宗对司徒长孙无忌等说：“人们苦于不自知过错，你可以为联言明。”无忌答道：“陛下的文德武功，我们这些人承顺都应接不暇，又有什么过错可言呢？”太宗说：“朕向你们询问我的过失，你们却要曲意逢迎使我高兴，朕想要当面列举出你们的优缺点以互相鉴诫改正，你们看怎么样？”众大臣急忙磕头称谢。太宗说：“长孙无忌善于避开嫌疑，应答敏捷，断事果决超过古人；然而领兵作战，并非他所擅长。高士廉涉猎古今，心术明正通达，面临危难不改气节，做官没有私结朋党；所缺乏的是直言规谏。唐俭言辞敏捷善辩，善解人纠纷；事奉朕三十年，却很少批评朝政得失。杨师道性情温和，自身少有过失；而性格实怯懦，缓急之务不可依托。岑文本性情质朴敦厚，文章做的华美；然而持论常依远大规划，自然不违于事理。刘洎性格最坚贞，讲究利人；然而崇尚然诺信用，对朋友有私情。马周处事敏捷，性情正直，品评人物，直抒胸臆，朕近来委任他做事，多能称心如意。褚遂良学问优于他人，性格也耿直坚贞，每每倾注他的忠诚，亲附于朕，如同飞鸟依人，人见了自然怜悯。”
甲子（二十三日），太宗回到京城。丁卯（二十六日），任命散骑常侍刘洎为侍中，代行中书侍郎职务的岑文本为中书令，太子左庶子中书侍郎马周暂时代理中书令。
岑文本官拜中书令后，回到家中，面有忧色。他的母亲问他是什么原因，文本说：“我不是勋臣也不是故旧，枉蒙如此恩宠，官位高责任重，所以忧心忡忡。”亲属宾客中有来称贺的，文本说：“现今只接受问，不接受贺喜。”
岑文本的弟弟岑文昭官做校书郎，喜欢结交宾客，太宗听说后很不高兴；曾经和缓地对文本说：“你的弟弟过分沉溺于交往，恐怕会牵累到你，朕想让他到外地去做官，你看怎么样？”文本哭泣着说：“我弟弟年少时父亲即去世，我的老母亲特别钟爱他，从未让离开身边超过两天。如今若是外出为官，母亲必然忧愁憔悴，倘如没有这位弟弟在身边，也会没有老母亲了。”因而泣不成声，太宗怜悯他的孝心而打消原来的想法。只是召见岑文昭严厉训斥，文昭也终没有犯错误。九月，任命谏议大夫褚遂良为黄门侍郎，参预朝政。
焉耆国同时臣服于西突厥，西突厥大臣屈利啜为自己的弟弟娶焉耆王的女儿为妻，从此焉耆对唐朝的贡赋多有缺漏；安西都护郭孝恪请求派兵讨伐。太宗降诏任命郭孝恪为西州道行军总管，统率三千步骑兵出银山道进攻焉耆。正赶上焉耆王的弟弟颉鼻兄弟三人路经西州，孝恪便让颉鼻的弟弟栗婆准做向导。焉耆城四面环水，仗恃地势险恶而不加防备。郭孝恪部队昼夜兼程急行军，夜晚到达城下，命令将士们囚水渡河，将近拂晓时，登上城楼，抓获焉耆王突骑支，打死打伤七千人，留下栗婆准代理国政，领兵马还师。郭孝恪离开后三天，屈利啜带兵前来救授，已经迟了一步，便抓起栗婆准，令五千轻骑兵追赶到银山，郭孝恪领兵还击，将屈利啜打得大败，又追击数十里。
辛卯（二十一日），太宗对身边大臣们说：“郭孝恪近日上奏称八月十一日前去进攻焉耆，二十日应该到达该国，必定会在二十二日攻城取胜，朕计算其来回里程，使者今日也该前来报喜了。”话还没说完，驿站快骑就到了。
西突厥处那啜让其手下将领代理焉耆国政，并派使者入朝进贡。太宗责备他们说：“我发兵击败焉耆，你们是何人，敢占据其国土？”那位将领十分害怕，返回突厥。焉耆拥立栗婆准堂兄薛婆阿那支为国王，仍然依附于处那啜。
乙未（二十五日），鸿胪寺奏称：“高丽国莫离支进贡白金。”褚遂良说：“莫离支杀死其国王，东方各族不会宽容他，如今将要讨伐他而又要收纳其贡品，这就如同春秋时鲁桓公向宋国取郜鼎一样，我觉得不能接受。”太宗听从他的意见。太宗对高丽国使者说：“你们都事奉前高丽国王高武，并有官爵。莫离支有杀君之罪，你们不能报仇，如今还要为他游说来欺骗我泱泱大国，罪恶极大。”将使者们全部交付大理寺关押。
甲寅（十四日），太宗车驾行幸洛阳，命令房玄龄留守京师，右卫大将军、工部尚书李大亮为副留守。
郭孝恪押送焉耆王突骑支及其妻子儿女到了太宗行幸的洛阳，太宗敕令宽宥他们。丁巳（十七日），太宗对太子说：“焉耆王不去访求贤臣辅政，不用忠良谋划国事，自取灭亡，颈手被捆束，漂泊万里。人们因这件事而想到畏惧，也就懂得什么是畏惧了。”
己巳（二十九日），太宗在渑池县的天池打猎。十一月，壬申（初二），回到洛阳行宫。前宜州刺史郑无璹已经退休在家，太宗因为他过去曾跟从隋炀帝讨伐高丽，特意将他召到行宫，问他讨伐高丽的计策，郑元璹答道：“辽东路途遥远，运粮较为艰难。高丽人善于守城，攻城不能很快攻下。”太宗说：“今日已非隋朝时候可比，你只等着听好消息吧。”
张俭等率领的部队正赶上辽水发大水，长时间渡不了河，太宗认为他们害怕对方，急召张俭到洛阳。张俭到后，详细陈述山川地势的险恶与平易，水草的丰美与恶劣，太宗听后很高兴。
太宗听说州刺史程名振善于用兵打仗，便召见他问以方略，赞扬他才思敏捷，慰勉他，说道：“你有将相之才，朕将要对你有所任用。”程名振失礼不拜谢，太宗假装恼怒，以观察他的态度，说道：“关东一个山村野夫，得到一个刺史职位，便认为是富贵之极！你竟敢在天子身边，言语粗鲁，而且还不拜谢！”程名振谢罪道：“我本是粗疏之臣，未曾亲身恭奉过皇上的垂问，刚才只想着如何对答，所以忘了拜谢。”举止自如，应答更为清楚。太宗于是感叹道：“房玄龄在朕身边二十多年，每次看见朕斥责别人，脸色惶恐不能自持。程名振平生未曾见过朕一面，朕一时责怪他，竟会毫无惧色，言语没有差错，真是天下的奇人！”当日即拜官为右骁卫将军。
甲午（二十四日），任命刑部尚书张亮为平壤道行军大总管，率领江、淮、岭、峡四州兵马四万人，又在长安、洛阳召募士兵三千人，战舰五百艘，从莱州渡海直逼平壤；又任命太子詹事、左卫率李勣为辽东道行军大总管，率领步骑兵六万人以及兰、河二州投降的胡族兵马进逼辽东，两支部队合围并进。庚子（三十日），各路大军会集在幽州，太宗派行军总管姜行本、少府少监丘行淹先行在安罗山监督众工匠制造练习登高冲锋用的云梯。当时远近的勇士纷纷应召当兵以及献出各种攻城器械不计其数，太宗都亲自加以挑选淘汰，取其方便简易的器械。又手书诏令传令天下，说道：“高丽盖苏文杀死君王肆虐百姓，其情形实在是忍无可忍！如今朕要亲自巡幸幽、蓟二州，向辽东、碣石一带兴师问罪，所经过之地的营房，不要过于劳费百姓。”而且说：“从前隋炀帝残暴百姓，高丽王却对百姓仁爱，以人心思乱的军队去进攻求安思和的民众，所以不能取得胜利。现在朕略说必胜之道有五条：一是以强大进攻弱小，二是以顺应时势去讨伐倒行逆施，三是以安定去乘机进攻敌方的内乱，四是以逸待劳，五是以百姓悦服的国家去进攻百姓积怨的国家，何愁不能取胜！以此布告黎民百姓，不要产生疑惧。”于是各种行军征战的物资费用减少了一大半。
十二月，辛丑（初一），武阳懿公李大亮在长安去世，遗书请求停止进攻高丽。他家中只剩余五斛米，三十匹布。亲属早死成为孤儿，被李大亮收养的十五个人，如同死了自己的父亲一样服丧。
壬寅（初二），前太子李承乾死于黔州，太宗为此不上早朝，以国公礼安葬。
甲寅（十四日），太宗下诏令各路大军以及新罗、百济、奚、契丹分兵几路进攻高丽。
起初，太宗派突厥俟利苾可汗北渡黄河，薛延陀真珠可汗担心自己部落叛归其原来的主子，内心十分不满，便在漠北埋伏下轻骑兵，想要袭击俟利苾。太宗派使者传文告诫，不得相互攻伐。真珠可汗答道：“大唐天子有命，怎么敢不遵从呢？然而突厥人反复无常，当年没有灭亡的时候，年年进犯唐朝，杀人成千上万。我认为大唐帝国打败他们，应当将他们全部降为奴隶，赐给唐朝百姓；却反而抚养他们如同自己的儿子一般，对他们的恩德太过分了，最后结社率还是反叛。这些人都是人面兽心，怎么能用人的道理对待他们呢？我承荷大唐深厚的恩德，请求为大唐天子诛灭他们。”从此多次相互攻伐。
俟利苾北渡黄河后，拥有十万民众，士兵四万人，俟利苾不能安抚统御，众人都不服从命令。戊午（十八日），众人都抛下俟利苾南渡黄河，请求居住在胜、夏二州之间，太宗答应他们。众位大臣都认为：“陛下刚刚派兵远征辽东，而又将突厥人安置在河南一带，离京师很近，怎么能不成为后患呢？望陛下留下来镇守洛阳，派遣各位将领东征高丽。”太宗说：“夷狄族也是人呐，其人情与中原人没有什么大的差别。身为君主应该忧虑恩德不施及百姓，而不必对少数族人横加猜忌。勤施恩德，则四方民族可以使他们如同一家；多加猜忌，则亲骨肉也不免成为仇敌。隋炀帝暴虐不道，早已失去民心，隋朝东征高丽，百姓们都断手足以逃避兵役，杨玄感率领运送粮食的士卒在黎阳造反，并非夷狄等族制造祸患。朕现今征伐高丽，都是征发愿意从军打仗的，召募十人得百人，召募百人得一千人，没有征召从军的，都满腹怨言，岂能与隋朝东征时百姓怨恨相比？突厥本是贫弱的民族，我大唐接收并养护他们，估计他们感恩戴德的想法刻骨铭心、深入骨髓，怎么肯成为祸患呢？而且突厥人与薛延陀欲望爱好大略相同，他们并没有北面投奔薛延陀而却南下归顺我们，可见其真情实意。”回头对褚遂良说：“你掌管起居注，记上我说的话：从今往后十五年，可保没有突厥的祸患。”俟利苾已经失去部众，便轻骑入京朝见，太宗任命他为右武卫将军。
贞观十九年（乙巳，公元645年）春季，正月，韦挺犯有渎职罪，因事先没有巡视漕渠，运送大米的六百多条船只在卢思台旁边搁浅。他带上刑具被押送到洛阳；丁酉（二十八日），韦挺被除名罪官，由将作少监李道裕代替他的职务。崔仁师也因此免官。
沧州刺史席辩犯有贪污受贿罪，二月，庚子（初二），太宗诏令朝集使前往刑场观看，当众斩首。
庚戌（十二日），太宗亲自统率各路大军从洛阳出发东征，任命特进萧瑀为洛阳皇宫的留守。乙卯（十七日），太宗下诏：“朕从定州发兵后，便由皇太子监国。”开府仪同三司致仕尉迟敬德上书言道：“陛下亲自征伐辽东，皇太子在定州，长安、洛阳两地内部空虚，恐怕会发生象杨玄感那样的变乱。而且高丽是个地处边陲的小国，不足以由皇上去辛苦操劳，希望陛下派一支部队征伐，指日可灭。”太宗不听从。任命尉迟敬德为左一马军总管，让他随行。
丁巳（十九日），太宗下诏追谥殷商的太师比干为忠烈，有关部门为比干修墓，春秋两季用猪羊祭祀，又命附近五户人家常年扫墓。
太宗离开京城时，命令房玄龄相机处理政务，不必再去上奏请示。有人到房玄龄留守处声称有密谋，玄龄问密谋人是谁，答道：“是你本人。”玄龄让驿传送到太宗的行宫。太宗听留守处有上表送来告密人，非常恼怒，让人手持长刀立于帐前，而后见到告密人，问他告谁，答道：“房玄龄。”太宗说：“果然不出所料。”喝令将告密人腰斩。又亲下玺书责备房玄龄不能自信，称：“再有类似的事情，你可以独自处置。”
癸亥（二十五日），太宗到达邺县，亲自撰文祭奠魏太祖，评价道：“临危处理急变，料敌设置奇兵，作为一位将领智慧有余，作为帝王则才智不足。”
