2019-08-01 SMRTlink7.0 安装超不顺利。。。

可参考安装流程:https://vcru.wisc.edu/simonlab/bioinformatics/programs/install/smrt.htm
遇到问题1

image.png

查找解决方式


image.png

root用户修改了
vim /etc/profile #修改
添加两行
ulimit -n 10240
ulimit -u 10240
source /etc/profile #运行


还是提示一个ERR

ps: 重新安装的话,每一次要把以前生成的文件夹删除掉y
ok
运行

$ cd smrtlink/admin/bin
$ ./services-start
$ ./import-canneddata

遭遇问题

image.png

输入ulimit -u10240 回车
重新 ./services-start
发现如果这样子,也许每次都要输入这个命令了,以后再检查下
参考修改后,重新运行./services-start
https://www.cnblogs.com/tbyang/p/4139884.html

10.0.1.63

SMRT Link Troubleshooting Guide (v6.0.0)

image.png

contos没有iptables,可能是个原因,试一下
可以试一下
检查是否安装了iptables
service iptables status

参考解决方案:
虚拟机新装了一个CentOs7,然后做防火墙配置的时候找不到iptables文件,解决方法如下:
因为默认使用的是firewall作为防火墙,把他停掉装个iptable
systemctl stop firewalld
systemctl mask firewalld
yum install -y iptables
yum install iptables-services
这些都可以正常运行,很多网页上给的不能运行。
作者:Mr_xie
链接:https://www.jianshu.com/p/4f837428dabc
来源:简书
简书著作权归作者所有,任何形式的转载都请联系作者获得授权并注明出处。

vim /etc/sysconfig/iptables 出现了iptables,不错,继续


s

然后,修改/etc/sysconfig/iptables文件,增加5432(PostGresql数据库需要)、9090和8243(软件网页端使用tomcat提供服务时需要9090和8423)端口。在该文件中正确的位置增加如下两行:
-A INPUT -m state --state NEW -m tcp -p tcp --dport 5432 -j ACCEPT
-A INPUT -m state --state NEW -m tcp -p tcp --dport 9090 -j ACCEPT
-A INPUT -m state --state NEW -m tcp -p tcp --dport 8243 -j ACCEPT
然后重启防火墙,让修改生效:

/etc/init.d/iptables restart

好像还需要装postgresql-server.x86_64
yum install postgresql-server.x86_64
yum install postgresql postgresql-server

service postgresql initdb
这个没做了

实在没招了,,删掉smrtlink目录,重新装一下,,一路顺风,居然成功了


image.png
image.png

总结下,,可能还是得先配置好该做的,然后再装软件。我是先装软件,再配置东西的,这样可能配置不能被软件读取。。以上

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