大受打击呢，软件下载、安装、激活、添加镜像这些让我反复了几次，尽力为之
一 conda
- Anaconda 是一个python的发行版，支持 Linux, Mac, Windows, 包含了众多流行的科学计算、数据分析的 Python 包。包括了python和很多常见的软件库, 和一个软件包管理器conda
-
Conda其涵盖诸多领域的软件包管理器，如windows上的软件管家和苹果上的Apple store。Miniconda 是一个 Anaconda 的轻量级替代，默认只包含了 python 和 conda，但是可以通过 pip 和 conda 来安装所需要的包，主要管理生信领域软件。
Snipaste_2019-11-27conda与miniconda.png
二 miniconda
- 下载miniconda&安装:百度/google搜索“miniconda清华”（putty上输入命令 uname -a查看自己服务器是多少位的，对应版本复制下载链接）
- 在biosoft目录下（在home目录下cd b tab，自动补全为cd biosoft）下载并安装
- 下载：wget +粘贴下载链接（NOTE:conda的复制粘贴不同于windows中ctrl+c/v或者 Mac的cmd + c /+v,而是鼠标左键点一下是复制，右键点一下是粘贴）
- 安装：bash +安装包的名称（同你下载的软件包名，sh是脚本文件的后缀）。NOTE:安装过程中根据提示按ENTER和yes
- 激活软件：source ~/.bashrc来激活conda,再输入conda查看是否激活的同时查看版本信息。
Snipaste_2019-11-27成功安装.png
- 添加镜像，一般使用清华镜像(不同项目同一个软件不同版本，根据项目需要安装不同的版本，即软件分身即不同的“conda environment”)
conda config --add channels [https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free](https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free)
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
Snipaste_2019-11-27添加清华镜像.png
- 开始使用conda
- 查看当前所有软件列表 conda list
Snipaste_2019-11-27查看当前所有软件列表.png
- 搜索软件conda search 软件名称（ fastqc）【数据质控软件fastqc】
- 安装软件 conda install 软件名称（fastqc -y） 【加上-y是自动安装】
默认安装最新版本，但是有的软件新版本bug比较多，可能需要用到老版本，要指定版本号，conda install fastqc=0.11.7 - - 卸载软件 conda remove 软件名（fastqc -y）
- 软件更新 ： conda update 软件名
- 卸装conda:rm -rf ~/miniconda3
- 查看当前conda有哪些环境:conda info --envs (结果中前面带*的就是默认的)
- 创建一个新的环境：conda create 环境名称
- 激活新的conda环境：conda activate 环境名称
NOTE ：安装好的conda软件，以及镜像，重新进入putty后只需要重新激活即可
