DBCURE-MR: An efficient density-based clustering algorithm for large data using MapReduce

DBCURE-MR:

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abstract

本文提出了一种新的基于密度的聚类算法,DBCURE,对于不同密度具有较好的鲁棒性,并且能够使用MapReduce并行处理(DBSCURE-MR),实验证明不会影响聚类结果。此外,DBSCAN-MR对于不同规模和密度的数据集不敏感。

introduction

聚类算法大概分为四类:

  • 基于划分
  • 基于层
  • 基于密度
  • 基于网格。

其中,基于划分的例如K-means算法,只能发现球形(凸形)的类簇。基于层次的聚类依赖于前面的计算结果,不利于并行计算。基于密度的DBSCANOPTICS可以发现任意形状的类簇,能够通过分解dataset实现并行计算。

本文做出的贡献:

  1. 本文在DBSCAN的基础上引入了一个椭圆近邻(ellipsoidal)参数\tau -- neighborhoods 并且利用R*树结构来实现高维空间近邻点的快速查找。

  2. 本文提出了一种并行算法DBCURE-MR,该算法可以使用MapReduce来实现并行加速计算,最终聚类准确性和DBCURE差不多。

  3. 本文提出的DBCURE-MR和DBCURE算法对于不同密度的样本表现都很不错,相比于OPTICS更加容易并行计算加速

  4. 本文提出的MapReduce并行算法也可以单独用于传统的DBSCAN算法,速度比当前的最新的DBSCAN算法都要快

related work

传统的DBSCAN和基于高斯核分布的DENCLUE方法对密度参数十分敏感,为了解决密度参数的敏感问题,提出了一种OPTICS的方法,该方法可以改变\epsilon参数的大小,来根据不同的dataset来改变密度参数,但是该方法不能并行计算。

OPTICS方法和DBSCAN的方法原理差不多,本身不对样本数据直接排序,但是可以根据排序后的结果,加上\epsilon参数就可以得到不同的分类结果,所以这里说该方法对密度不敏感

在大规模的数据场景下,DBSCAN的计算速度将变得异常缓慢,计算距离矩阵的时间复杂度是n^2, 为了加快DBSCAN的计算速度,可以采用抽样法、单独建立一个空间索引(spatial index)的方法,例如R*树,但是比较难以用于MapReduce计算框架中

并行DBSCAN的方法的思路一般分为两个步骤,第一步将数据集进行分割,然后将分割之后的数据集分别单独做DBSCAN聚类,然后将单独聚成的类进行合并操作。

DBCURE

本文作者提出的方法,the density-based clustering algorithm using ellipsoidal \epsilon -- neighborhoods

Definition

  1. 样本点集:D=\{p_1,...,p_n\}, p_i \in Dd维空间下的一个点,记为<p_i(1), p_i(2),...,p_i(d)>

  2. p_i 的 \tau 邻域:

image.png
  1. 核心点(core point)和边界点(border point)

核心点:|N_\tau(p_i) | + 1 >= \delta
边界点:|N_\tau(p_i) | + 1 < \delta

  1. 直接密度可达(directly density-reachable):
    p_i \to _t,_\delta p_j表示从p_j 点是p_i点的领域内的点

  2. 密度可达(density-reachable):
    p_i \Rightarrow _t,_\delta p_j 表示通过中间点,p_i能够到达p_j

  3. 密度相连(desity-connected):
    如果点p_k能够密度可达p_i点,同时p_k点能够密度可达p_j点,则称p_ip_j密度相连

近邻点协方差矩阵的估计

p_i的近邻点的协方差矩阵\sum i 表示近邻点的分布。

image.png

u_ip_i点的近邻点的平均值,其中w_{ij}为对应近邻点的权重,该值通过MBR网格是否包含来确定其值为1或者0,由此我们可以得到近邻点的协方差矩阵公式:

image.png

proposed clustering algorithm

整体思想和DBSCAN一样,替换其中的近邻点的计算方法如下:
采用R*树来搜索近邻点,对每个点的每一维度的数据做如下限制,得到一系列满足条件的\tau邻域点

image.png

example:

image.png
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DBCURE-MR

算法的并行版本一共分为如下四步:

  • 并行计算每个点的近邻点方差矩阵
  • 计算椭圆\tau近邻,发现所有的满足近邻条件的样本点对
  • 根据\delta的大小(DBSCAN中的MinPts)来确定核心点
  • 逐个遍历核心点,将非核心点依次合并到核心点中,剩下的为噪声点(outliner点)

example:

image.png

DBCURE-Overview:

image.png
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cluster 融合策略:

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局部map:


image.png

全局map:


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final:

image.png

experiments

参数:\tau = 4, \delta = 10, m = 50

image.png

reference

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