将bed文件转换为gtf文件

https://anaconda.org/网站下载bedToGenePred和genePredToGtf

修改为可执行权限:

#!/bin/bash
chmod +x bedToGenePred
chmod +x genePredToGtf

转换:先转换为GenePred,再转换为gtf

#!/bin/bash
bedToGenePred input.bed output.GenePred
genePredToGtf file output.GenePred output.gtf
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