2000年农村税费改革取消了农村义务教育附加费和教育集资，在减轻农民负担的同时使得农村义务教育经费雪上加霜，以至于全国各地出现大面积拖欠教师工资、农村教育大量负债无力偿还等情况。
2001年5月，《国务院关于基础教育改革与发展的决定》，提出农村义务教育实行"在国务院领导下，由地方政府负责、分级管理、以县为主的体制。"，"将农村义务教育的办学经费和人事管理全部收归县管。"
如今，随着中国经济区域发展不平衡、城乡差异扩大、人口流动加快，在实践过程中基础教育"以县为主"的管理体制显得管理重心过低，加强省级统筹又称为时代的呼声。2011年，北京、上海、安徽、广东、云南、新疆、深圳成为省级政府教育统筹综合改革试点，探索统筹建立健全以政府投入为主、多渠道筹集教育经费、保障教育投入稳定增长的体制机制。
2013年10月底，全国建立中小学生学籍信息管理系统。
