生物信息学基础知识（二）

序列比对

一、序列比对及计分矩阵

1、全局比对

针对全长序列进行比对

2、局部比对

得到序列比对中得分最高的片段##

常用比对软件

bwa

blast系列

hisat2

bowtie2

minimap2

diamond

系统发生树构建

一、基于SNP

1、距离矩阵法

（1）UPGMA法

（2）邻接法

（3）最小进化法

2、最大似然法

3、最大简约法

4、贝叶斯法

二、基于字符串

1、基因组组分矢量法

常见组学

基因组

转录组

表观组

蛋白质组

代谢组

单细胞组

免疫组

微生物组

#生物信息

人面猴
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