image.png
从上到下依次是:名字,物种,实验类型,对整个文章的概述
image.png
image.png
image.png
数据下载
image.png
sra下载
image.png
aspera下载
-
右上角输入编号image.png
-
展开image.png
-
选择需要下载的列image
点击TSV
-
下载TSV,到自己电脑,
然后用Xftp传输到服务器,放在sra目录下,方便管理
image.png
- 查看
less -S filereport_read_run_PRJNA229998_tsv.txt
image.png
-
文件参数
image.png
#下载代码
ascp -k 1 -QT -l 300m -P33001 -i ./miniconda3/envs/rna/etc/asperaweb_id_dsa.openssh
era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/srr/SRR103/000/SRR1039510 .
#-k 1 表示断点续传;-QT是传输策略 -P3301是端口 era前是自己的密钥
#最后的.表示在当前目录
image.png
outputdir=~/project/Human_16-Asthma-Trans/data/rawdata/sra #设置目录
cat sra.url |while read id
do
echo "ascp -k 1 -QT -l 300m -P33001 -i ~/biosoft/miniconda3/envs/rna/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@${id} ${outputdir}"
done >sra.download.sh
#提交后台下载
nohup bash sra.download.sh >sra.download.log &
数据的完整性检验
数据完整性检验(非常重要!!!)
得到md5值
cat md5.txt
image.png