1. 软件介绍
IGV（The Integrative Genomics Viewer）是一个将基因组学数据可视化的可交互工具，具有图形界面，高性能且易于使用。可用于展示和查看基因表达、突变、融合、甲基化、探针等多种信息的软件，是展示NGS数据和分析结果的一项重要工具。
- 软件界面
2. 下载与安装：
安装JAVA环境
https://java.com/en/download/IGV下载
http://software.broadinstitute.org/software/igv/download （有Windows，MAC，Linux系统对应的版本）如图IGV安装
安装Java 8.0后，下载Windows版本，右键以管理员身份运行，双击IGV图标，首次打开会下载human的参考基因组。
3. 软件使用
IGV支持的文件格式
- 工作界面
基因组序列导入
从服务器中导入参考基因组
-
从本地导入参考基因组
选择Genomes >Load Genomes From Files 导入本地的基因组fa文件。
image.png -
导入注释文件
选择File > Load From FileL导入本地的注释文件。
选中左侧的gff文件，右击，选择“Expanded”展开可以看到详细的注释信息：
image.png
如果选择ALL，可以看到整体的基因分布密度情况，如下图：
- image.png
如果选择单个染色体，可以看到密密麻麻的基因注释信息：
- image.png
实际应用
1. 查找基因组上某个基因
例如，可以在检索框中输入基因号，如LOC110678942，会自动定位到该基因所在的染色体的区间以，如下图：
2. 查找多个基因
在查找栏中输入不同基因，以空格分隔，如"LOC110678942 LOC5564594"
此时，单击该基因名称，则会弹出Ref Seq对话框
当放大倍数调至最大时，可以看见碱基序列信息，如下图：
然后仔细观察，左侧箭头表示序列信息的方向，此处指的是5'-3'，如果需要展示互补链，可以单击更改方向
在任意核苷酸位置单击，会出现三行氨基酸序列，展示3种不同起始位点的核苷酸翻译结果。如果是起始密码子，则显示为绿色，如果是终止密码子，则显示为红色的*。
修改文本显示方式：
3. 导入测序数据
选择File > Load From FileL导入本地的注释文件。
从本地导入gtf文件，gtf需要是经过sort之后的。可以通过IGV自带的工具转换。具体操作如下：
Tools > Run Igv tools，Command选择sort，然后选择gtf文件，点击Run，如下图：
-
image.png
结束后，File > Load from File，选择sort.gtf，载入IGV。
4.RNAseq数据比对
IGV经常用于NGS测序数据的可视化，导入比对生成的Bam文件，即可查看到你想要位置的序列比对信息，示例如下：
载入bam文件后会产生3个相关的tracks:
Alignment track :显示每个的reads的比对情况
Coverage track：显示测序深度
Splice Junction Track：跨越剪切位点(spanning splice junctions)的reads视图。
Splice Junction Track 可以通过设置，使其在IGV视图中展示或者隐藏。右键选择Show 或者Hide。
5. 序列检索功能
Tools > Find motif，在弹出的对话框中输入序列信息，如下图：
- image.png
参考资料：
