偶然发现2021年9月底10月初lefse基于python3版本重构了，意味着不用再为了兼容语法和包不断的找python2的资源了（喜大普奔！！！），接下来看一下重构后的lefse版本安装与使用
安装可以说是非常简单了，本文利用conda安装，命令行如下：
conda create -n lefse ###建议创建独立的lefse环境哦，避免base环境下安装的东西太乱，崩溃后不好修补哦！！！
conda activate lefse
conda install -c bioconda lefse
接下来就是下载要进行分析的demo数据：
wget https://github.com/biobakery/biobakery/raw/master/demos/biobakery_demos/data/lefse/input/hmp_small_aerobiosis.txt -O hmp_aerobiosis_small.txt
开始分析：
lefse_format_input.py hmp_aerobiosis_small.txt hmp_aerobiosis_small.in -c 1 -s 2 -u 3 -o 1000000 ###表格处理，将下载的表格处理成lefse后面几个脚本分析需要使用的特定格式，-c 1表示利用第一行作为分组的大类（主要分组）；-s 2表示表格第二行作为分组的小类（次级分组），-u 3表示样本名称在第三行，其中，-s和-u参数如果没有需要给定参数值为-1（不可以不写哦）；-o 参数表示对样本中同一分类层级的物种使其总丰度为1000000，在差异物种较多时，调用该参数
lefse_run.py hmp_aerobiosis_small.in hmp_aerobiosis_small.res ###进行统计分析
lefse_plot_res.py hmp_aerobiosis_small.res hmp_aerobiosis_small.png ###基于统计分析的结果绘制bar图
lefse_plot_cladogram.py hmp_aerobiosis_small.res hmp_aerobiosis_small.cladogram.png --format png ###基于统计分析的结果绘制分类树图
mkdir biomarkers_raw_images ###为下一步的每个物种分布bar图绘制创建文件夹
lefse_plot_features.py hmp_aerobiosis_small.in hmp_aerobiosis_small.res biomarkers_raw_images/ ###每个物种分布bar图绘制创建文件夹
lefse_plot_res.py脚本生成图片
lefse_plot_cladogram.py脚本生成图片
lefse_plot_features.py脚本生成的其中一张图片
有些小伙伴问可不可以将下面的表格转成lefse可以用的样子
以上两个表格转化成下面这张图的样子
结论是，当然可以啦，本人写了个脚本，python字典实现，版权问题，不展示啦！
