conda 安装笔记


1.  下载

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

2. 安装

chmod 755  Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

按照提示一直enter就行

3. 添加镜像

conda config --addchannels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

conda config --addchannels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

conda config --addchannels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

conda config --addchannels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

4. 新建环境

conda create --name your_env_name

your_env_name是环境名称

5. 激活环境

conda activate tumor


6. 安装

https://anaconda.org/bioconda/repo

这上面有很多可直接安装的包

安装R包:

conda install -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/linux-64/  bioconductor-bsgenome.hsapiens.1000genomes.hs37d5


anacanda上没有,则:

安装perl包方法1:

perl -MCPAN -e shell    

install Genome 


安装perl包方法2:

perl Makefile.PL

make

make test


安装perl包方法3:

perl Build.PL

./Build

./Build test

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