1. 下载
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
2. 安装
chmod 755 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
按照提示一直enter就行
3. 添加镜像
conda config --addchannels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --addchannels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --addchannels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --addchannels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
4. 新建环境
conda create --name your_env_name
your_env_name是环境名称
5. 激活环境
conda activate tumor
6. 安装
https://anaconda.org/bioconda/repo
这上面有很多可直接安装的包
安装R包:
conda install -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/linux-64/ bioconductor-bsgenome.hsapiens.1000genomes.hs37d5
anacanda上没有,则:
安装perl包方法1:
perl -MCPAN -e shell
install Genome
安装perl包方法2:
perl Makefile.PL
make
make test
安装perl包方法3:
perl Build.PL
./Build
./Build test