孟德尔随机化(随笔待整理)2

工具选择

UKB,FinnGen

何为因果关系

寻找合适的变量

工具变量的选择

强相关,阈值

独立性,不存在任何关联

排他性,不存在任何相关性


寻找合适的工具变量  遗传变异  SNP,GWAS

OpenGWAS,GWASCatalog,UK BioBank

已发表的文献,使用的数据

P值,5E-8,可以用1E-5,,看F值阈值10,大于10.

phenoscanner,,第二章最后一章有点难啊

步骤以及涉及到的统计方法是什么?

暴露因素:生物标志物或生活方式

孟德尔随机化就是利用基因的随机性来帮助我们理解某些因素(比如饮食或者锻炼)是否真能导致某些结果(比如疾病或者身体状况)

比如吃糖与肥胖之间的关系,吃糖是暴露因素是否会导致肥胖(结局)。

我们引入了一个基因(工具变量),这个基因会让人喜欢吃糖),随后我们看看有这个基因的人是否更容易肥胖。 因为基因是随机分配的,去GWAS里面去分析,全基因组关联分析。

计算暴露变量对结果变量的因果效应,需要涉及到一些模型和方法

5种方法

二阶段最小二乘法(2SLS),逆方差加权法(IVW),加权中位数法(Weighted Median),模型选择法(MR-Egger)),简单模式(Simple Mode)

一文理解孟德尔随机化,相关概念与工具 (360doc.com)

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