linux系统安装软件
day3 思维导图.jpg
Miniconda 软件管理器 （相当于app store）
名词理解
- conda：软件包管理和应用系统
- bioconda：为conda的镜像，针对生信分析的软件包
- anaconda：anaconda相当于conda+python+pip+一堆python科学计算常用包
- miniconda：最小的conda安装环境
miniconda相当于conda+python+pip，轻量级，生信分析用的多
-ana和mini之间区别：ana的安装包和数据包都较大不方便，而mini更具针对性，方便。
简书.png
miniconda安装
在清华的conda镜像网站中下载安装，步骤如下：
- 搜索 miniconda 清华
-
uname -a查看服务器多少位 - 找到对应latest版本，复制链接
- 服务器进入biosoft目录，
wget 复制的链接--下载 - 安装：
bash 文件全名
微信图片_20210926202559.png - 安装后激活
source ~/.bashrc回车 命令行输入conda，满屏信息说明激活成功 - 添加镜像网站：镜像网站--主网站副本，国内镜像下载速度 > 国外主网站
# 使用中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
使用conda
- 当前服务器所安装软件列表：
conda list - 安装软件：
conda install fastqc -y(-y表示yes，安装过程中所有问题全部回答yes) - 确认 fastqc 安装成功：是否能引出help
fastqc --help - 卸载软件：
conda remove fastqc -y
conda环境
相当于conda不同分身，当需要不用版本软件时，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，可以使用分身，安装不同软件。
- 查看当前环境
conda info --envs(前面带*的就是默认的) - 创建rnaseq环境，指定python版本为3，并安装fastqc和trimmomatic软件
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y(-n 指name，具体参照conda create -h)
（指定python版本是因为有的软件是基于python开发的，不是要你学python或者用它干什么） - 再次查看环境，发现多一个
- 激活新环境
conda activate rna-seq，*转移至rna-seq，输入fastqc，出现一大片信息说明可用 - 退出当前环境：
conda deactivate
