linux系统安装软件

day3 思维导图.jpg

Miniconda 软件管理器 （相当于app store）

名词理解

• conda：软件包管理和应用系统
• bioconda：为conda的镜像，针对生信分析的软件包
• anaconda：anaconda相当于conda+python+pip+一堆python科学计算常用包
• miniconda：最小的conda安装环境
  miniconda相当于conda+python+pip，轻量级，生信分析用的多
  -ana和mini之间区别：ana的安装包和数据包都较大不方便，而mini更具针对性，方便。
  
  简书.png

miniconda安装

在清华的conda镜像网站中下载安装，步骤如下：

1. 搜索 miniconda 清华
2. uname -a查看服务器多少位
3. 找到对应latest版本，复制链接
4. 服务器进入biosoft目录，wget 复制的链接--下载
5. 安装：bash 文件全名
   
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6. 安装后激活
   source ~/.bashrc 回车 命令行输入conda，满屏信息说明激活成功
7. 添加镜像网站：镜像网站--主网站副本，国内镜像下载速度 > 国外主网站

# 使用中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

使用conda

1. 当前服务器所安装软件列表：conda list
2. 安装软件：conda install fastqc -y (-y表示yes，安装过程中所有问题全部回答yes)
3. 确认 fastqc 安装成功：是否能引出help fastqc --help
4. 卸载软件：conda remove fastqc -y

conda环境

相当于conda不同分身，当需要不用版本软件时，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，可以使用分身，安装不同软件。

1. 查看当前环境
   conda info --envs (前面带*的就是默认的)
2. 创建rnaseq环境，指定python版本为3，并安装fastqc和trimmomatic软件
   conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y(-n 指name，具体参照conda create -h)
   （指定python版本是因为有的软件是基于python开发的，不是要你学python或者用它干什么）
3. 再次查看环境，发现多一个
4. 激活新环境
   conda activate rna-seq，*转移至rna-seq，输入fastqc，出现一大片信息说明可用
5. 退出当前环境：
   conda deactivate