利用 PCR 进行基因定点突变主要有以下几种方法，以重叠延伸 PCR 定点突变法为例，具体步骤如下：
设计引物：根据需要突变的位点设计两对引物，一对是正向引物和反向突变引物，另一对是正向突变引物和反向引物。突变引物中含有需要引入的突变位点，且在引物的 5' 端和 3' 端分别有一段与模板 DNA 互补的序列，以便能与模板 DNA 特异性结合。
第一轮 PCR：进行两轮独立的 PCR 反应。第一轮 PCR 分别以含有目的基因的质粒或 DNA 片段为模板，用正向引物和反向突变引物、正向突变引物和反向引物进行 PCR 扩增，得到两个 PCR 产物，这两个产物在突变位点处有部分重叠。
产物回收：将第一轮 PCR 得到的两个产物进行回收纯化，去除反应体系中的引物、dNTP、酶等杂质。
第二轮 PCR：将回收的两个 PCR 产物混合作为模板，加入正向引物和反向引物进行第二轮 PCR。在第二轮 PCR 中，由于两个 PCR 产物在重叠区域会发生退火，然后在 DNA 聚合酶的作用下延伸，从而得到含有定点突变的完整目的基因。
产物鉴定：对第二轮 PCR 产物进行鉴定，可采用琼脂糖凝胶电泳检测产物的大小是否正确，还可通过测序来验证突变位点是否正确引入。
克隆与表达：将鉴定正确的突变基因克隆到合适的载体中，转化到宿主细胞中进行表达，从而获得含有定点突变的蛋白质，可进一步对其功能进行研究。
此外，还有基于 PCR 的 QuikChange 定点突变法等。QuikChange 定点突变法使用一对含有突变位点的互补引物，以双链 DNA 为模板进行 PCR 扩增，扩增产物经 DpnI 酶切消化去除模板 DNA，然后转化到宿主细胞中进行复制和表达。这种方法操作相对简便，突变效率较高。
