进入内阁
张居正临行，荐举两人入阁，参预机务，一是礼部尚书马自强，一是吏部右侍郎申时行。神宗诏准，命马自强以礼部尚书兼文渊阁学士，申时行以吏部右侍郎兼东阁大学士，入阁办事。不久，申时行进为礼部尚书兼文渊阁大学士。
当时，张居正去后，内阁中还剩下吕调阳、张四维两位阁臣。马自强、申时行入阁，阁臣增为4人。吕调阳年迈多病，很少到内阁办公。在内阁办公的仅张四维、马自强、申时行3人。神宗皇帝有令，国家大事驰告张居正，叫他裁决；小事由张四维全权处理。申时行在内阁大臣中排名最后，仅充位而已。[4]
斗争言官
万历十年六月，张居正病死，他死后不久，便遭到反对派的诬陷。张四维出任内阁首辅。次年，张四维老父去世，他回家守丧。这时，吕调阳已辞官回家养病，马自强也已病死。内阁中就数申时行资格老了。于是，他继张四维出任内阁首辅。[5]
