2015ICDE-(高效度量空间索引)Efficient Metric Indexing for Similarity Search

标题:相似性查找的高效度量索引
本文作者来自浙江大学

编者的总结

  1. 本文达成的目的是度量空间(仅定义域和距离,距离满足三角不等式)上的相似性查找,包括KNN和range query,都是精确的。
  2. 方法上,分两步走。第一步选取部分pivots点,通过和这些pivots的距离引入到向量空间中。再将这些向量空间中的点通过空间填充曲线排成全序。最后利用B+树的形式和R树的剪枝思想完成存储和查询。
  3. 在同等的问题背景下,在文章发表年份2014年,这份工作的实验效果是远超其他方法的。

编者的思考

  1. 对于空间填充曲线,比如希尔伯特曲线,如何衡量他在本文中的应用的紧密型。数据集中近似的数据是否真的都存在附近的区域中,这一点没有实验表明。只看到希尔伯特曲线比z型曲线要好。
  2. 没有看到近似答案的效果如何。比如数据规模超大(超过1M个对象),精确计算没必要的情况,本方法的效率如何,效果如何?

Abstract

本文解决在度量空间中,进行相似性查找的问题。核心难点在于多种多样的数据类型和相似度量标准上。
本文提出SPB-Tree(Space-filling curve and Pivot-based B+-tree)解决方案:

  1. 基于称为pivot的小集合,减少距离计算;
  2. 基于空间填充曲线,聚集组织数据,提高存储效率;
  3. 底层使用B+树以及MBB(minimum bounding box)作为索引。

本文的设计很容易集成到现有的DBMS上。

I. INTRODUCTION

这里的度量空间不特指某种数据类型和相似性度量方式,只要度量满足三角不等式即可。比如向量的cos夹角,字符串的编辑距离。
对于度量空间上的相似访问,主要有两派方法。一派是搞分区,把全空间分成一些紧密的分区,查询时剪枝掉不可能的分区;另一派是基于pivot,主要是利用三角不等式的下界性进行裁剪。具体来说,给定两个点q,o, 根据三角不等式,一定有d(q,o) <= |d(q,p) - d(o,p)|,p是一个pivot。因此产生一个下界性,可以用于剪枝。
对于这两派方法,基于pivot的距离计算数量少,但是首先需要大量空间保存预计算的距离,而且会带来较多的随机I/O,因为数据不能好的聚集存储。反之,基于pivot方法的缺点正是分区方法的优点。

作者的方法,就是要结合两派方法的优势。挑战有以下3个:

  1. 如何支持高效检索。其实就是减少I/O和减少距离计算次数(CPU)。作者的方法是基于非常小而高效的一个pivot集,同时用一个空间填充曲线聚集数据。
  2. 如何尽量减少索引构建、存储、维护代价。作者的方法是用空间填充曲线对预计算的距离数据降维,然后存进B+树。
  3. 如何高效管理大量负责对象(DNA,图像等)。作者的方法是索引和数据分开存,非物化的方式,保证索引效率。数据放进独立的随机访问文件(RAF)中,索引对数据的MBB构建。

III. PROBLEM FORMULATION

度量空间由(M,d)构成,M是对象的域,d是距离函数。
d满足,对称性(a,b与b,a距离相同),非负性,唯一性(距离为0的只有自己),三角不等是。

查询有两种,range query和knn。

本征维数由

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计算而来,\mu是所有pair距离的均值,\sigma是标准差。

IV. THE SPB-TREE

A. Construction Framework

正如图1中所示,索引构建分三步走。
第一步:用一些精心挑选的pivots,把对象映射到向量空间去。因为向量空间才可以用几何方法,坐标系等概念。
第二步:用空间填充曲线把向量空间中的点映射到单维空间中的整数。
第三步:用B+树索引这些整数的MBB。也因此,数据的bulk-loading,增删操作都依赖于B+树。


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  • Pivot Mapping
    这一步是在度量数据集上选择一组点,作为pivots,对于原数据集某一个点,依次和每一个pivot计算距离,得到的一个距离向量,就是向量空间中的坐标。如下图。也就是说,pivot的个数,就是向量空间的维数。

    image.png

    对于向量空间中的距离计算,采用的是L_\inf范数,也就是取各个维度差的绝对值的最大值,因为三角不等式,所以无论哪个维度(即哪个pivot),其距离都不会超过两个对象原本在度量空间中的距离。因此,度量空间中的距离是向量空间中距离的下界。随着pivot数量选的越来越多,这个下界会越来越紧(可能不变)。

  • Space-Filling Curve Mapping
    空间填充曲线可以将多维数据点降成一维全序的。
    但是这也有条件,多维数据点必须是离散的整数。而很多度量空间的距离不是整数,而是连续的实数,此时怎么办?
    作者的方式是\epsilon-近似。即给定一个\epsilon参数,所有距离都除以\epsilon然后向下取整,得到离散整数距离。举个例子,如果\epsilon=1,那么这个近似就是向下取整。
    \epsilon参数很关键。取的太小,整个向量空间范围太大,太稀疏,搜索空间就会很大;去的太大,很多点就分不开了,会在向量空间的一个格子里碰撞,最后增大距离计算量。

    image.png

B. Pivot Selection

对于Pivots如何选取,首先给出一个衡量Pivots质量的公式。
OP是一个给出的一组对象对集合,就用这个对pivots的质量做度量,衡量下界的紧密型。这个precision越接近1越好。


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具体选取多少个pivots呢,由本征维数给出的,上面给出过公式。这个本征维数是作者直接拿过来用的,之前应该有对其的证明。无论如何,pivots的个数就确定了。
但是即使确定了pivots个数,排列组合所有可能的pivots计算量也是爆炸。考虑到性质良好的pivots通常是数据集中的异常点,所以作者首先用一个HF算法(之前一篇论文里的算法)选取出一组给定数量的异常点,再用贪婪算法选出从这组异常点中逐个选出能使收益最大的点作为pivot,直到选够为止。


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还有一点要注意的是,pivots理论上也未必是数据集上的点,所以之后的插入和删除也无需改变选出来的pivots。

C. Indexing Structure

总体来说,索引结构包含三个部分,pivots表,B+树,RAF。


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RAF按照空间填充曲线的映射值(SFC)来进行单维排序,pivots表不必多说,重点说一下这个改造的B+树。B+树的叶子节点很容易理解,节点里面每一个条目对应着SFC(key)和文件位置指针。有所改造的是中间节点,这些中间节点里的条目不止记录了SFC(key)和下一级节点的指针,还记录了对应叶子节点的MBB,也就是找到叶子节点中所有对象在向量空间中的MBB,记录左下和右上两个顶点的值。


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V. SIMILARITY SEARCH

A. Range Query

假设query的对象为q,查找距离范围r以内的所有点。
首先定理1(必要条件):如果d(q,o)<r,也就是说在度量空间中距离<r,那么在向量空间中,D(\phi(q),\phi(r))<r。这个很好理解,因为向量空间中有距离的下界性,向量空间里距离不足r,度量空间里才有可能距离不足r。

根据这个定理,我们就可以把刚才的B+树当R树用。首先在向量空间中找到q的位置,以r为距离画个方框,称为RR(r)。把B+树从根节点开始进入一个队列。依次出队,如果出队的是中间节点,就遍历它的每一个条目,如果对应的MBB和RR(r)有交集,就放入队列,否则剪枝掉。
如果出队的是叶子节点,我们就要将MBB(N)和RR(r)交集中的数据点,依次带回度量空间中进行计算。

这个距离计算量也是颇大的,我们引入定理2进一步对此进行剪枝。

定理2(充分条件):对于一个对象o,一个query对象q,如果存在一个pivot p_i,满足d(p_i,o) + d(p_i, q) <= r,根据三角不等式,必然有d(o,q) < r

因此对于备选的点,我们可以在向量空间中和query点的各个维度加和,如果一个维度不超过r,则不必计算,直接按阳性处理。

对于定理2也无法满足的点,只能硬算距离了。


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B. k Nearest Neighbour Search

kNN相比之下要更tricky一点。
首先给出定理3(必要条件):如果B+树中间节点的一个entry,即MBB,和query对象点在向量空间中的最小距离,也比当前BSF要大的话,那这个entry可以被剪枝掉。
因此我们的算法通过维护一个最小堆和最小堆中的最大值来计算KNN,堆的排序准则就是向量空间中的最小距离。首先入堆根节点,出堆,如果是中间节点或者叶子节点,然后对每个entry,如果不被定理3剪枝,就入堆;如果是叶子节点的entry,就在度量空间中计算真实距离,更新KNN。如果出堆的节点最小距离已经>KNN中的所有距离了,算法终止。
可以证明的是,这个堆的算法,只会去计算向量空间中RR(DIST_k)这个范围内的点。其他范围的点会因为最小距离太大放到堆的后面,最终被early abondon而不会执行,这个容易理解,不再证明了。可以确定的是,算法的效率是足够的,因为计算的范围其实只有很小一部分(图中灰色方框范围)。

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这种方法也存在问题。问题就是,一个叶子节点中的多个entry会被多次访问入堆,造成随机I/O。K小一些还好,可以用缓存来缓解这个问题。K大一些,缓存也不够了,那就在叶子节点时,如果最小距离合格,算法不会终止,就不再入堆叶子节点的entry,直接把叶子节点的所有entry算一遍,一起更新KNN,这样虽然多算了一些距离,但是避免了大量的随机I/O,整体上效率还是提升了的。

C. Cost Models

根据概率给出了range query,KNN的距离计算次数和I/O次数(包括B+树页面访问和RAF页面访问)

VI. EXPERIMENTAL EVALUATION

A. Effect of Parameters

首先是希尔伯特曲线和z型曲线的PK,各方面比较下来还是希尔伯特曲线比较好。作者给出的原因是连续性,另一方面聚集性也更好一些。


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接下来是Pivots选择的PK。

  1. 首先是pivots越多,距离计算越少,这是肯定的,因为下界越来越紧,剪枝越来越多。但是page access和总的查询时间要么恒定,要么不变,说明下界效果基本已经稳定收敛了,更多的pivots只会带来更多的存储代价,而不是收益。这个拐点就在所谓的本征维数。
  2. 第二就是本文的HFI方法,比其他pivots选取都要好。原因就是HFI目标导向明确,就为了下界紧密而设计的。
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    然后是cache size的抉择。
    cache size越大,页面访问越少,总的query time也在变少,在32页左右收敛,因此cache是必要的。
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    正如前文所说,KNN的K太大时,用贪婪算法更好,比如下表中的DNA数据集,页面访问量,贪婪算法少了一大截。
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    最后来看看,实数距离公式中,参数\epsilon的影响:
    \epsilon比较小时,整个向量空间域都比较稀疏,剪枝会更高效一些,距离计算少,但是页面访问量会增加,query time是比较高的。随着\epsilon增加,整体时间会逐渐收敛。
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B. Comparisons with Other MAMs

效率对比上来看,本文方法SPB-Tree有绝对优势。

  1. 构建速度快,主要是归功于B+树;
  2. 存储开销小,主要归功于维度削减和空间填充曲线。


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  3. 对于页面访问量减少,有两个原因。一个是无论索引还是数据,存储都比较紧密,所以访问较少;另一个,由于索引只存单维的顺序,所以索引变得很小。
  4. 对于距离计算少,主要归功于pivot选择的好,下界够紧密。


    image.png

C. Scalability of the SPB-tree

可扩展性基本上是线性的。


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