将bedtools获得的gene.fa文件用blast与其比较相近的物种进行比对。
1 下载有关的物种rna信息
比如（下同）：Glycine max
wget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/Glycine_max/RNA/rna.fa.gz
cicer arietinum;
Medicago truncatula;
vitis japonicus;
Homo sapiens;
Citrus sinensis;
Theobroma cacao;
Zea mays；
2 下载安装blast
（见软件安装）
3 Blast+建库
makeblastdb -in db_rna.fa -input_type fasta -dbtype nucl -title db_rna -parse_seqids
4 blastn使用
blastn -query AER314_4_gene.fa -db db_rna.fa -out db_blast -evalue 1e-5 -num_threads 1
参考命令：
makeblastdb -in TECRL-genome -dbtype nucl
blastn -query region -db TECRL-genome -outfmt '6 staxids qseqid sseqid pident length mismathch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore qcovs' -evalue 1e-10 -max_target_seqs 1 -out region.nt.txt -num_threads 10
结果图
image.png
blastn -query AER314_4_gene.fa -db db_rna.fa -out db_blast2 -evalue 1e-10 -num_threads 1
结果图
image.png
好像没什么差别
结果查看不方便
使用blastn
命令如下：
blastn -query AER314_4_gene.fa -db db_rna.fa -out db_blast3 -outfmt 7 -evalue 1e-10 -num_threads 4
结果是一张表格：
blast比对最终结果.png
