Hi-C由3C技术发展而来，3C即染色质构象捕捉技术（Chromosome conformation capture, 3C），Hi代表新技术是高通量的。因而，欲理解Hi-C技术原理及功能，学习3C技术的核心才是根本。
白墨石（CSCD博主）简述了从3C发展至Hi-C各技术的区别与各自功能，比较了各技术的异同[1]。简言之，3C仅检测指定序列片段内的潜在互作，依照技术规范开展实验，经PCR+二代测序，将结果map至基因组草图。若存在交互，即存在交联蛋白，那么序列末端便可按潜在的方式连接，于是将所得序列定位至参考基因组后可观察到预期的排列，即证明了该交互，亦获得了交互双方在基因组中的物理位置。
序列末端存在多种潜在的连接方式：如Naumova等[2] 图2中描述的那样，仅交叉末端的相连方属有效。网络有许多频繁转载的示意图，但常具误导性，因为它们让上游工序经内切酶切开的末端重新接上，而这实际为一无效连接，相关的文字表述又模糊不清。这一步Hi-C 实现了高通量，在随后的测序环节（原理描述及示意图见参考文献）[3]，基于二代测序原理[4]，可以推知map至参考基因组存在交互的有效双端（valid pairs）有四种排布模式[3]。安诺基因_discard[5] 整理了各类不合规连接，并对各连接导致的测序后异常序列排布进行展示，分析了常见异常出现的潜在原因。尽管该文的一些细节可能存在错误，但颇具提示意义。
最后是Hi-C实验的第一结果：热图。这一工序被称作Hi-C组装，但与基因组组装不同，这一步主要是将互作序列识别并定位到基因组草图中，制作序列互作的热图，进而将基因组组装至染色体水平。
参考文献
[1] 白墨石（CSCD博主）. Hi-C 测序技术（图解详解）[EB/OL]. 2021[2023-8-27]. https://blog.csdn.net/u011262253/article/details/113725316.
[2] Naumova N, Smith E M, Zhan Y, et al. Analysis of long-range chromatin interactions using Chromosome Conformation Capture[J]. NIH Public Access, 2012, 58(3):192-203.
[3] 生信师姐（简书博主）. Hi-C | 基础介绍[EB/OL]. 2022[2023-8-27]. https://www.jianshu.com/p/049330217e36.
[4] Yizhe_Lin（简书博主）. 新一代测序技术[EB/OL]. 2022[2023-8-27]. https://www.jianshu.com/p/0a00bc29109b.
[5] 安诺基因_discard. 如何获得高质量Hi-C数据？资深大神告诉你答案~ [EB/OL]. 2017[2023-8-27]. https://www.sohu.com/a/210740052_307557.
