分享零编程语言基础的菜鸡在学习qiime2遇到的问题
——实战Moving pictures
附qiime2官方教学网站 “Moving Pictures” tutorial — QIIME 2 2019.10.0 documentation
我们都知道qiime2要在Ubuntu系统下运行,需要你输入命令执行每一步动作。。。好在咱们的ubuntu桌面版还给我这个菜鸡留了点操作空间
哦豁,问题来了。。。在学习人体微生物组Moving pictures这一章节时,我发现,从浏览器上下载sample-metadata.tsv文件后,通过鼠标点选进行重命名操作的话会出现问题。。话不多说,上图
1,浏览器下载文件直接重命名
对下载的原文件“Moving Pictures sample-metadata”直接重命名为“sample-metadata.tsv”
2,demux操作失败
运行日志显示找不到sample-metadata.tsv文件,这。。我刚刚明明复制进来了啊
3,既然找不到,那我用ls命令查看一下,是不是真的不存在
结果是当真没有,,在我们的工作目录下,其实没有把sample-metadata.tsv文件copy过来
4,正确的做法
首先,利用move命令,将“Moving Pictures...”文件重命名
然后,利用cp命令,把“sample-metadata.tsv”文件拷贝到我们创建的工作目录
哦豁,这下子demux操作顺利完成
接下来,就继续按照网页教程上的命令run就可以啦
5,总结
单个文件的重命名、复制最好还是用命令进行,避免像我一样一直出错。。。
ps:当qiime2的输出文件类型是qzv的时候,可以用输入指令 qiime tools view +文件名,就可以在浏览器上看到运行的结果了
qiime2学习——从菜鸡到菜鸟