学习GSEA富集分析图
1、基因集富集分析（GSEA，Gene Set Enrichment Analysis）的结果通常由以下三个部分组成：
富集分数（Enrichment Score，ES）：这是分析的核心结果，反映了目标基因集在排序的基因列表中的富集程度。ES的值随着基因排序的变化而变化，通常在特定的基因集区域达到最高或最低，显示了基因集与排序基因之间的相关性。
累积富集分数（Running Enrichment Score）：这是ES计算过程中基因集被逐步增加的富集分数。这个分数随着基因排序逐渐变化，显示了富集趋势。富集分数通常会随着目标基因出现的序列逐渐增大或减小。
正负峰值（Leading Edge）：这是定义目标基因集和富集分数的关键部分。它包含了GSEA分析中最能代表富集的基因，它们对富集分数的贡献最大。通过分析这些基因，可以更好地理解特定基因集的富集模式。
2、通常显示：
基因排名图：基因按照某一指标（如log2FoldChange）排序，基因集的富集分数沿着基因排序线变化。
富集分数曲线：这条曲线展示了基因集在不同基因排序位置的富集情况，通常以绿色曲线的形式展示。
目标基因标记：特定基因集的成员被标记为目标基因，这些基因在富集分数曲线附近会显示峰值。
今天绘制一个简单的。
一、代码
（1）数据
（2）代码
数据处理
绘图代码
（3）结果
富集曲线图（p1）：
绿色曲线：表示富集分数（Enrichment Score, ES）随着基因排序位置的变化。富集分数反映了目标基因集（比如某个特定通路中的基因）在整个排序基因集合中的富集程度。
水平虚线：y=0的虚线，用来指示富集分数的零点，通常这个点代表了富集分析中的“转折点”。
黑色垂直线：这些线表示目标通路基因的位置，即哪些基因属于分析的目标通路。这些基因在排序中的位置与富集分数的变化相关。
紫色点：紫色点标记了富集分数为零的位置，这也是“要点交叉”，即富集分析中的关键转折点。
基因排序指标图（p2）：
红色和蓝色条形图：这些条形表示基因排序中的排名情况。红色代表上调基因，蓝色代表下调基因。这些条形表示不同基因在排序中的位置，以及它们的上调或下调趋势。
y轴：表示每个基因的排名指标（rank score），通常是根据基因的表达变化（比如log2FC值）来排序的。
注意：
富集曲线（p1）：
如果绿色曲线在中间区域有很大的波动，且波动越接近零点（水平虚线），则说明该目标基因集的富集程度较高。
通常，在富集分数较高的位置，黑色垂直线（通路基因位置）越密集，这意味着该通路的基因在排序中表现出强烈的富集趋势。
如果富集分数在某一位置大于零，并且该位置正好经过大量的通路基因，那么该基因集可能与这个位置（或区域）显著相关。
基因排序指标（p2）：
红色条表示上调基因，这些基因在整个基因集合中可能具有较高的表达水平，蓝色条则表示下调基因。
基因排序的方向与富集分析中的曲线（绿色曲线）有关系，通常上调基因会出现在富集分数较高的位置，表示目标通路的基因在这一位置上有显著富集。
生物信息学领域非常广泛，难以一次说尽。我们下次继续更新，一起深入学习生物信息学的内容！
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