康熙二十年，康熙帝用八年时间肃清三藩割据的内患。日夜悬于他心头的三件大事——三藩、河务、漕运，终于完成了最重要的一件。借着捷战余威，康熙帝又将如炬的目光，锁定在大陆之外的东南海岛——台湾。
废除三藩，清王朝的地方建制，得到统一规划，对澄清吏治、恢复经济与安定民心都有着重要意义。不过，大清王朝并未实现真正的大一统，统治台湾的“明郑”，成了最大的威胁。
明朝灭亡后，江南地区建立的南明小朝廷，成为抗清的主要力量。隆武帝时期，出了一位鼎鼎有名的大将军郑成功，因为被南明皇帝赐朱姓，封为延平郡王，故世称“国姓爷”或“郑延平”。
随后，郑氏一直以恢复明朝为使命，成为孤悬海外的一支反清力量。但随着永历帝和郑成功的去世，郑成功之子郑经即位后，“明郑”集团实际上成为割据一方的隐患，与清廷对峙二十多年。
先礼后兵
后来三藩之乱平定，国家只剩下郑氏盘踞台湾，为害福建一带。想要除掉郑氏，非你施琅出马不可。——康熙帝
康熙二年十月，清廷与荷兰联军，攻克郑氏在厦门、金门的据点，继续派使臣第二次招抚。郑经仍然坚持藩属国的待遇，声称“若欲削发登岸，虽死不允”。于是，清廷又击破郑氏在沿海最后的据点厦门，郑经逃回台湾。
第四次招抚，由康熙帝掌握大权后亲自主持。康熙帝做出最大的让步，允许郑经镇守台湾。但是郑经本就是国人，不应按照藩属国的体例归顺。由于郑经固执己见，谈判又陷入僵局。
三藩作乱之际，郑经也趁机起反。康熙十六年（1677年），清廷进行第五次招抚。郑经则变本加厉，又提出割地的无理要求，又是不了了之。
老当益壮
将军施琅，熟悉海岛地形及人事，凡事都一定要和他商议。——康熙帝
等到康熙二十年（1681年），康熙帝接到了姚启圣等人的密报，明郑集团内部出现重大变故。郑经在本年正月病故，大将冯锡范等人发动事变，绞死郑之长子，拥立十二岁的次子郑克塽即位。
郡王年幼，内部必然生乱，正是出兵的大好时机。加上三藩废除，国内大定，康熙帝决定把握时机，挥师台湾。他调派总督姚启圣、巡抚吴兴祚等人，相机行事，准备攻取澎湖和台湾；并嘱咐他们“剿抚并用，底定海疆”。
澎湖大战
臣今年六十二岁，气血未衰，尚能够报效国家。现在如果不让臣趁机剿灭郑氏，再过上几年，臣就年老无所用了，所以深恐时不我待，这次出征誓要平定敌军。——施琅
明郑这边，在康熙二十年九月派重兵驻守澎湖，严阵以待，坐镇的主将是刘国轩。郑军在澎湖很有地利优势，在最易船只登岸的娘妈宫驻扎，并设置重重防御措施。施琅在海峡彼岸，也抓紧造船练兵，打造船坚炮利的平叛水师。
二十二年六月十四日，两万多名清军、两百余艘战船，从铜山出发，会师于八罩岛，虎视郑军。十六日黎明，海风吹送着大小战舰，锣鼓声震天动地，施琅带领着浩浩荡荡的清朝水师，向澎湖岛发起猛攻。
十八日，施琅用甲衣包裹着头部，召集诸将，按律进行赏罚。他大赏重伤的蓝理和援军，拟把战中退缩的将领处斩，因其匍匐请命，允许他们戴罪立功。施琅还重新部署作战计划。清军士气复振，很快攻取虎井屿。
大战过后，施琅放下个人恩怨，并没有继续追击、将郑氏赶尽杀绝，而是依照康熙帝的谕旨，着重安抚民心。几次谈判之后，郑克塽于七月十五投降，八月十八日剃发易服，明郑时代正式终结。
伍子胥是春秋时代吴国的将领，楚国国君杀了伍子胥的父亲和兄弟，伍子胥历尽千辛万苦灭了楚国复仇，最后掘开楚王墓，鞭尸三百才肯罢休。所以施琅对郑氏表现出的态度和胸怀，是很令人动容的。
弃留之争
臣认为，放弃台湾将酿成大祸，守住台湾才能让边陲永固。——施琅
等到施琅大捷的讯息传出，大家才恍然大悟：这是天妃娘娘带领众仙，在海上施展神通，庇佑清军打胜仗呢！天妃娘娘就是妈祖，是中华东南沿海一带信奉的神明，被视为海上的保护神。
妈祖的庇佑不止于此，施琅军队驻扎的八罩岛和虎井屿，原本淡水资源匮乏，但是施琅每每在潮退时掘井，不过一尺多就有甘甜的淡水涌出，保障了军队的补给。而当施琅大军进驻台湾后，那里的水源就瞬间消失了。
在攻克澎湖之前，有官员梦到妈祖显圣，告诉他：“你们二十一日必得澎湖，七月就可以平定台湾。”原来，康熙帝重用施琅，平定台湾，不仅是英明的决策，也是受到神明庇佑的正义之战。
当平定台湾的捷报传到京城后，康熙帝大喜，论功行赏时授施琅为靖海将军，封靖海侯，世代罔替；其部下在一般赏赐的基础上，将领加封一级，兵丁再赏一次，表示对海战大捷的特殊奖赏。
