ENA数据库:European Nucleotide Archive:隶属EBI (European Bioinformatics Institute),由 EBI 负责维护,优点是可以下载fastq文件。
网址:https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/
如下载的项目编号:PRJEB29049
找到所有要下载的文件格式和需要的信息,打钩
可以下载含有文件下载链接的TSV文件,文件不多的话也可以直接下载。
包含下载链接的TSV文件如下
选择fastq那一列的文件格式单独放进一个download.txt
download.txt如下
for i in `cat download.txt`;
do
wget $i
done
欢迎关注~参考:
https://www.jianshu.com/p/cf0a7b937413
http://www.chenlianfu.com/?p=2319