革命声势一天大过一天，清廷旨派陆军大臣荫昌南下。然而，荫昌号令完全不行，北洋军全部停留在信阳和孝感之间，兵车阻塞不通。荫昌在孝感满头大汗，跳着脚骂人。
27日，清廷解除了荫昌的督帅职务，派袁世凯为钦差大臣，节制水陆各军。袁世凯在洹上村遥领圣旨，马上奏请由冯国璋接任第1军总统，段祺瑞为第2军总统。当日，袁世凯从洹上村抱着脚向北洋军发出秘密指示：要拿点颜色给革命军看看。冯国璋指挥3协北洋军轮番猛攻，占领了汉口大智门。
30日，冯国璋率2万多清军进逼汉口市中心，革命军面对北洋军的猛烈攻势，化整为零，躲在汉口街道两边的建筑物内顽强阻击北洋军的进攻。北洋军采取焚烧一段街道前进一段的办法，满街举火。烈火由北而南，由东而西，一时间整个汉口成了火海，烟雾蔽天，民众救火遭到枪杀。大火整整燃烧3天3夜，十里繁华街市化为一片瓦砾，成为一片焦土；成千上万的家庭遇难，很多无辜的民众死亡受伤。11月1日，汉口被清军占领。
2日，黎元洪派人迎黄兴到武昌，议守汉阳方略。3日，举行隆重的“拜帅大典”。
武昌阅马厂搭起“拜将台”，将台上高悬“战时总司令黄”六字大旗，放置高桌，桌子罩着黄布，周围是雄赳赳气昂昂的武装士兵。从都督府到将台，两旁站满文武官吏。黎元洪和黄兴并辔而出，黄兴身形魁梧，目光坚毅。文官行脱帽礼，武官行撇刀礼，兵士行举枪礼，气象庄严隆重。
典礼开始，宣读任命状，任命黄兴为总司令。黎元洪都督授令、授旗、训话，黄兴总司令答礼、答词：“兴誓从黎都督与诸同志后，直捣虏廷，恢复神州！”黎都督退席，黄总司令骑着高头大马，绕场巡行，全场官兵举枪致敬。
仪式结束，黄兴连夜前往汉阳，设总司令部于昭忠祠。
短时间内，全国有十几个省区宣布脱离清政府而独立，苏、浙、沪三地都督邀请各省代表到上海开会，讨论组织统一机构的问题。
11月6日，清廷为了挽回颓势，宣布开放党禁，释放政治犯。汪精卫和黄树中获释，黄树中改名黄复生。北京各界1000余人前往法部大狱门前欢迎这两位刺杀摄政王的义士。
