刘小泽写于19.10.28
相信大家都遇到过，这个烦人的loading~
烦人的loading
这是因为IGV的设计者默认全球都能访问他们的网站，但是，广大的国内用户做不到啊！
IGV启动每次都要加载一下基因组和注释文件，我们每次都要在loading上面浪费大量的时间，那么这个问题怎么破？
思前想后，我认为这个是一条最快的途径
第一步 断网
网络是loading的根源，断了网，它想访问也没用
第二步 重新打开IGV
一定会出现一个“报错“，说找不到这个基因组文件。但这个报错我们选择无视他，然后很快就能打开这个程序
很快打开，报错无视
打开以后，就可以重新开启网络了
第三步 自己从本地加载基因组，一劳永逸
以人类基因组为例：
# 最好先用samtools 的faidx构建一个.fai索引文件
# for hg19 genome
cd ~/reference/genome/hg19
wget -c http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/hg19.fa.gz
gunzip hg19.fa.gz && rm hg19.fa.gz
samtools faidx hg19.fa
# for hg38 genome
cd ~/reference/genome/hg38
wget -c http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/hg38.fa.gz
gunzip hg38.fa.gz && rm hg38.fa.gz
samtools faidx hg38.fa
把fa和它的索引.fai放在本地，然后只需要通过Genomes=>Load Genome from File，导入FASTA文件
本地加载
另外，还需要基因的注释，即加载基因组GTF文件
例如下载人类基因组基因注释文件：
wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_human/release_32/gencode.v32.annotation.gtf.gz
gunzip gencode.v32.annotation.gtf.gz
File => Load from file => 选择解压后的GTF文件，这是为了能看到基因的信息（如下图底部记录）
基因组和GTF都有了，就可以载入bam文件查看了
不过好像不能按照基因名查找，但是查看bam文件是绰绰有余了
得到结果
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