Linux结构化语句

• 条件语句 if
• 循环语句: for 循环和 while循环

条件语句 if

if 条件语句的常见格式如下，注意空格

生信技能树小郭老师的课件图-if条件语句

有头有尾，一个if 就要对应一个 fi 。有三种结构：

• if语句的第一种结构：条件成立做什么事情

 if [ condition ]
then
    commands
fi
## condition是条件
##then条件成立
##fi退出

• if语句的第二种结构：条件不成立又要做什么事情

if [ condition ]
then
    commands
else
    commands
fi
##第二个command是第一个条件不成立之后写的命令

• if语句的第三种结构：嵌套结构

if [ condition ]
then
    commands
else
    if [ condition ]
    then
        commands
    fi
fi
#####(else if 可以缩写为 elif )，如下：
if [ condition ]
then
    commands
elif [ condition ]
    then
        commands
    fi
fi
##有多少个if就要有多个fi，第一个if与最后一个fi对应，第二个if与第一个fi对应

if 条件语句的常见条件：数值判断、字符串判断、文件判断

• 数值判断:

注意细节：[ N1 -eq N2 ]，[与N1之间必须有空格、N2与]之间必须有空格；-eq有时候用=替代，但是规范的写法还是-eq；有时候网上教程把[ N1 -eq N2 ]写成[[ N1 -eq N2 ]]集两个中括号[[ ]]，有时候还有人用小括号(),

示例：

# 数值判断
if [ 1 -eq 1 ]
then
  echo  "Welcome to Biotrainee() !"
else
  echo  "**************"
fi

if数值判断示例

if [ 1 -eq 1 ]
> then
> echo "Welcome to Biotrainee() !"
> else echo "**************"
> fi
##> 大于号是系统自动出现，表示命令没有完成
##用双引号，双引号里变量会被解释，单引号里变量不会被解释

if数值判断简单例子演示

可以用一整句代码完成，用分号隔开，if...; then...; else...; fi

if [ 1 -eq 2 ]; then echo "abc"; else echo "123"; fi
##用分号，一整句代码的好处是，可以修改。

if数值判断一句代码

# 结合状态参数 $?
if [ $? -eq 0 ]
then
  touch  ok.txt
fi
##$?表示的是上一句代码是否执行成功，为0表示执行成功
##有时候处理需要分成很多步，通过if语句判断上一句命令是否成功
##以后自己写流程写pipline时，自己去探索

结合状态参数 $?示例

• 字符串判断

做数据处理时不常用，可能运维工程师可能用到，做生信分析不常用到。

• 文件判断

-a：判断文件FILE是否存在
-d：是否存在一个文件夹FIL
-f：判断一个普通文件，就是文本文件，上一个流程完成应该生成一个文件，用if判断，如果那样的文件，就可以往下一个流程走。

if [ $? -eq 0 ]; then touch ok1.txt; fi
ls
##以上步骤生成一个ok.txt

# 文件判断
if [ ! -f ok.txt ]
then
  touch  ok.txt
fi

if判断存在以及创建文件命令

循环语句

for循环语句

• for循环语句的常见格式

for i in list
do
   commands
done

##list是循环的条件，一个样本提交一个命令

初学者if语句用得比较少，循环语句用得比较多。

for i in  1 2 3 4 5 
do
  echo ${i} "Welcome to Biotrainee() !"
done

for i in {1..10}
do
  touch  file${i}
done
ls
###等差创建10个文件

list="CDS exon gene start_codon stop_codon transcript UTR"
for i in ${list}
do
  echo  "This feature is ${i}"
done
##用双引号，双引号里变量会被解释，单引号里变量不会被解释
##循环的结尾为done
##循环语句很长时，赋值给list变量。

循环语句的演示

自己很好奇，因为if语句能写成一整句代码，试了看看能不能用循环也写成一整句代码，结果是不行，list和分隔符；不能被识别，循环不能写成一整句代码，得一步步来。

循环语句不能写成一整句代码

• 其它循环条件表示方法

用优先级命令来作为循环条件，优先级符号``

ls
ls file*
for i in `ls file*`
> do
> mv ${i} ${i}.txt
> done
ls *txt
#file1.txt   file2.txt  file4.txt  file6.txt  file8.txt  ok.txt
#file10.txt  file3.txt  file5.txt  file7.txt  file9.txt  readme.txt
###ls file*把这个结果作为条件，
###用反引号``把ls file*括起来，里面的代码有最高优先级，`ls file*`会被优先执行，把10个结果当成条件，放到i in的后面，i在这10个条件里循环
##对10个文件可以进行一些操作，如删除，这里演示的是重命名mv ${i} ${i}.txt，把fiel1..file10重命名为fiel1.txt..file10.txt

优先级循环方法

while 循环

• while循环语句的常见格式:

while read id 
do
     commands
done
##id相当于i，自定义的一个变量，可以随便命名，

原来的格式：（比较老，不常用）

while command 
do
    other commands
done

示例

ls file* | while  read  id;
do 
  mv ${id} ${id}.txt ; 
done

##传参
ls  file* > config
cat config | while  read id
do 
  mv  ${id}  ${id%.txt}
done
## ${id%.txt}的后缀名去掉
##单独运行cat config显示一个文件就是单独一行，共10行，ls file*出的结果占一行，主要是ls根据窗口大小去调。如果把窗口设置小也是10行。

ls  file* > config
cat config | while  read id
do 
  mv  ${id}  ${id/txt/csv}
done
ls
##${id/txt/csv}把txt变为csv
##while循环是怎么传递的：
#cat config | while  read id，其中cat config 产生10行，一行就是一个id

ls  file* > config
cat config | while  read id
do 
  mv  ${id}  ${id.*}
done
ls

while循环的一个例子

while循环去掉后缀

while批量给文件加后缀和替换后缀

while加后缀和替换后缀

while循环结合*去掉文件后缀

while循环结合*去掉后缀

结构化语句练习:

1.运行下面两句命令

id=example
fastqc ~/Data/${id}.fq

练习题1

2.用 if 判断 $? 的是否为0，如果是，输出yes，如果否，输出no

if [ $? -eq 0 ]
> then
> echo "yes"
> else
> echo "no"
> fi
#yes
##if语句里的[]记得与其它字符之间要有空格

结构语句练习题2

1到2题的答案:

id=example
fastqc ~/Data/${id}.fq
if [ $? -eq 0 ]
then
  echo "yes"
else 
  echo "no"
fi

3.生成10个文件，file1~10

 touch file{1..10}

批量创建10个文件

#touch file{1..10}
##在第三题上创建的10个文件进行操作
ls
 ls file* >config
 cat config
  cat config | while read id
> do
> echo "hello welcome to Biotrainee()!" >${id}
> done
cat config
cat file1
##hello welcome to Biotrainee()!
######以上是自己一步步探索，作为除学者，多敲些代码
  ls file* | while read id
> do
> echo "hello welcome to Biotrainee()!" >${id}
> done
cat file1
##>表示重定向，也可以用>>追加，添加内容

结构化练习题4

3到4题的答案：

touch  file{1..10}

ls file* | while read id
do 
  echo  "xxx"  > ${id}
done

• 尝试批量查看文件

cat fiel{1..10}
##报错，不能这么用
cat file*
##可以查看，对于内容简单的文本，可以这么看，要是内容多，没意义，会刷屏

自己试试批量查看纯文本文件

说明

以上内容是听生信技能树小郭老师授课内容以及参考课件。