在战争的黑暗里，幸福就像萤火虫，发出一点一点绿光，以为触手可及，却永远遥远。它用微弱的光照亮飞机轰炸的天空，却照亮不了无助、饥饿和绝望的人类。两个稚嫩的孩子用幼小脆弱的眼睛纯粹地去看战争，真实而可怖。漫天的萤火虫，虚幻的渴望，在残酷的战争里是怎样不切实际的悲伤。
喧嚣的车站边，清太紧握装着妹妹节子骨灰的水果糖罐，安静地死去了。小说以此开头，缓缓倒叙清太与节子兄妹二人在二战中的悲惨遭遇。清太和节子生活在一个幸福富裕的家庭，爸爸是海军大尉，会时常寄来上海的巧克力，会陪着孩子一起去南京町的黑市吃中国料理；妈妈体弱却温柔，会把自己的鸡蛋夹给清太，会在“约海姆”蛋糕店关门之前买一块蛋糕带给孩子。这样的幸福中断，在神户遭到轰炸的那天。妈妈因烧伤导致衰竭，断了气，。爸爸的巡洋舰永远沉没在了海里。兄妹二人在无助中去投靠亲戚。寄人篱下、冷嘲热讽、无人问津的生活，逼迫着他们躲到了防弹的坑道。夏日潮湿的坑道里，头顶响着轰炸机的“隆隆”声，清太在机枪猛扫中趁乱偷各种食物喂给骨瘦如柴，濒临死亡的妹妹吃。夜里有萤火虫守望着，他们习惯了坑道里的朝朝夕夕。而节子因为饥饿，终于轻轻地死在了哥哥的身旁。
黑暗中漫天的萤火虫啊，把他们都带去了天国。那里没有战争，也不会再现从前的幸福。那些夏日里的欢乐，被永远地埋葬在了飞满轰炸机的天空。清太和节子太小，他们不懂战争，不懂战争是黑暗，是猛兽，会吞噬爸爸和妈妈，会吞噬他们拥有过的短暂幸福。他们带着人类最原始的渴望，没日没夜的饥饿无止境地折磨着他们，淹没了失去父母的苦痛。因为饥饿，可以把妈妈留下来的遗物卖掉换新鲜的大米，可以去偷拿别人的食物和衣服，或吃或卖，减轻饥饿感。
清太最后靠在车站旁的柱子上在饥饿与腹泻中屈辱地死去了。战争剥夺的不仅仅是亲人，还有诚信和尊严。那是一个孩子最珍贵的东西。战争中的成长仿佛黑暗中的萤火虫，过了一夜就熄灭光亮，纷纷坠落。节子为萤火虫造墓，把妈妈的骨殖也放了进去。泥土掩埋的是他们最后的光亮，也是一对孩子的天真与成长。
鲁迅先生说：悲剧就是把美好的东西毁灭给人看。清太和节子是在战争中被毁灭的美好的小小缩影。他们由萤火虫守望，时间定格在那个满天绿光的夏夜。可
这世界上的战争从未被定格，它们从未停止。遥远的阿富汗，依旧战火纷飞。胡尼塞在《追风筝的人》中说：阿富汗有很多儿童，却没有童年。稚嫩、纯洁、飞舞的灵魂被战争一一摧毁。那里没有萤火虫，有的，只是无际的沙漠和蚀骨的饥饿，他们又由谁来守望呢？
