教你用科学杂志喜欢的配色作图——R包ggsci

ggsci是ggplot的主题包,它提供一系列高质量的调色板,其灵感来自于科学期刊、数据可视化库、科幻电影和电视节目中使用的颜色。ggsci中的调色板可以作为ggplot2 scales使用。

所有调色板通用格式为:

scale_color_palname()

scale_fill_palname()

使用的时候将palname替换为调色板的名称即可

目前ggsci一共含有18中配色方案,具体目录如下:

以点图和柱状图为例,展示部分调色板的颜色:

首先画一个点图和柱状图:

library("ggsci")

library("ggplot2")

library("gridExtra")

data("diamonds")

p1 =ggplot(subset(diamonds, carat >=2.2),aes(x = table, y = price, colour = cut)) + geom_point(alpha=0.7) + geom_smooth(method="loess", alpha =0.05, size =1, span =1) + theme_bw()

p2 =ggplot(subset(diamonds, carat >2.2&depth >55&depth <70),aes(x = depth, fill = cut)) + geom_histogram(colour="black", binwidth =1, position ="dodge") + theme_bw()

NPC调色板的灵感来源于NATURE

p1_npg =p1+scale_color_npg()

p2_npg =p2 +scale_fill_npg()

grid.arrange(p1_npg, p2_npg, ncol =2)

AAAS 调色板的灵感来源于Science

 p1_aaas =p1 +scale_color_aaas()

p2_aaas =p2 +scale_fill_aaas()

grid.arrange(p1_aaas, p2_aaas, ncol =2)

NEJM调色板的灵感来源于新英格兰医学杂志

p1_nejm =p1 +scale_color_nejm()

p2_nejm =p2 +scale_fill_nejm()

grid.arrange(p1_nejm, p2_nejm, ncol =2)

Lancet调色板的灵感来源于柳叶刀杂志

p1_lancet =p1 +scale_color_lancet()

p2_lancet =p2 +scale_fill_lancet()

grid.arrange(p1_lancet, p2_lancet, ncol =2)

JAMA调色板的灵感来源于美国医学协会杂志

p1_jama =p1 +scale_color_jama()

p2_jama =p2 +scale_fill_jama()

grid.arrange(p1_jama, p2_jama, ncol =2)

其他调色板

JCO调色板的灵感来源于临床肿瘤杂志。

UCSCGB调色板的灵感来源于UCSC 基因组浏览器,用于表示染色体的颜色。

D3调色板的灵感来源于D3.js使用的分类颜色。有四种调色板类型(category10、category20、category20b、category20c)。

LocusZoom调色板的灵感来源于LocusZoom网站,其提供GWAS结果的快速可视化。

IGV调色板来自整合基因组查看器用于表示染色体的颜色。

UChicago调色板的灵感来源于芝加哥大学。

StarTrek调色板的灵感来源于《星际迷航》。

TronLegacy调色板的灵感来源于《创战记》,它适用于在使用暗主题时显示数据。

Futurama调色板的灵感来源于电视《Futurama》。

Rick and Morty调色板的灵感来源于电视《 Rick and Morty》。

TheSimpsons调色板的灵感来源于电视《辛普森一家》。

此外,对于非ggplot2的图,ggsci还提供把调色板的颜色单独提取成颜色代码。

例如:从NPC调色板中提取9个颜色

mypal =pal_npg("nrc", alpha =0.7)(9)

mypal

系统给出的NPC调色板中的9个颜色为:

## [1] "#E64B35B2" "#4DBBD5B2""#00A087B2" "#3C5488B2" "#F39B7FB2""#8491B4B2"

## [7] "#91D1C2B2" "#DC0000B2" "#7E6148B2"

具体的颜色展示为:

library("scales")

show_col(mypal)



资料来源:

https://cran.r-project.org/web/packages/ggsci/vignettes/ggsci.html#introduction

©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 203,547评论 6 477
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 85,399评论 2 381
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 150,428评论 0 337
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 54,599评论 1 274
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 63,612评论 5 365
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 48,577评论 1 281
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 37,941评论 3 395
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 36,603评论 0 258
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 40,852评论 1 297
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 35,605评论 2 321
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 37,693评论 1 329
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 33,375评论 4 318
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 38,955评论 3 307
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 29,936评论 0 19
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 31,172评论 1 259
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 43,970评论 2 349
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 42,414评论 2 342

推荐阅读更多精彩内容