1.目的
使用phylosuite软件完成叶绿体基因组CDS与全长系统发育的基因矩阵准备。本教程针对的是windows版本的phylosuite使用。
2.使用
2.1导入数据
图一
如图一所示点击import files or IDs，然后会跳转到图二，①是从电脑文件中导入，导入的数据格式为gb文件，适合导入的数据类型为自己注释的叶绿体还未上传至NCBI（即未获得登录号）。②是使用Genebank登录号下载NCBI数据库中的数据，这种方法适用于数据量多，或者NCBI数据库上有登录号的数据，只需要把登录号粘贴到框中后点击Start便开始下载（如③）。
图二
2.2提取序列
当数据下载完成后会会在数据框中显示，如图三，选中其中一个数据Ctrl+A键全选
右键
Extract
默认参数
Strat
图三
2.3 mafft比对
如图四所示，先点击extract_result（①）文件夹选中要比对的文件夹
右键
import to MAFFT
图五
图四
如图五所示，如果只需要CDS建树就只进行一次比对，选择PCGs即可，如果需要全长建树，则还需要选择RNAs进行一次比对，且后续步骤需要分别对CDS和RNA进行处理。
图五
2.4Trim AI裁剪序列
当上一步完成后先点击mafft_results文件夹选中需要选中的文件
右键
Import to trimAI
再按图七操作
图六
图七
2.5 序列连接
对于CDS建树的，可以直接按图八进行操作，但对于全基因组建树，则需要先将RNA和CDS的裁剪结果放到同一个文件夹后再进行拼接
图八
