稽核检查的执行是稽核日常工作的主体，占用稽核工作的三分之二的时间。无论是上述的内容，还是后续第四章的内容，都是为稽核检查的执行做铺垫和准备，或者是对稽核检查的执行结果的利用，所以，稽核检查的执行是整个稽核工作的核心。在之前的内容中，已经涉及稽核检查的执行中的一些内容，但是在这里进行一次集中的系统论述。
稽核检查的执行包括检查前的准备、执行检查、检查结果的反馈。
1、检查前的准备
稽核员在稽核前必须做好的“功课”是熟悉稽核内容、预估可能出现的问题以及稽核过程中可能遇到的阻力等。有些稽核员对此往往不重视，思想准备不足，在稽核过程中，遇到棘手问题就束手无策。例如：在稽核流程、制度的执行情况时，由于稽核人员本身对要稽核的流程内容不熟悉，所以遇到问题时就不知所措，更不用说对责任人进行指导、提出整改意见了。稽核员只有提前做好“功课”，才能有的放矢开展稽核工作，而且，不管遇到任何错综复杂的问题，都能妥善处理，稽核的效率自然就提高了。
在****项目，每天的早会就是检查前的准备工作。在项目的前期，每次早会稽核总监和稽核组长都会针对当天稽核员需要进行稽核检查的内容进行详细的讲解。稽核主任负责对稽核内容进行讲解，而总监则针对怎么查、查的过程中可能出现的问题和阻力、解决问题和阻力的方法进行讲解，保证稽核员在遇到问题时，不至于不知道该如何处理。
2、执行检查（检查与记录）
针对任何一个问题的调查可以有稽核员现场查看、查看相关记录报表、询问责任人、询问相关人员等多种方式。针对简单的问题，比如5S、岗位动作控制卡的执行等内容，通过稽核员的现场查看就能够明显检查出作业人员是否按照规定进行作业。但是，很多的稽核内容需要多种方式的共同运用，才能将稽核内容调查清楚。比如，任何一项任务的稽核，首先需要询问任务的责任人任务是否完成，在得到责任人肯定的答复后，找到任务的相关人员确定任务责任人的答复是否属实，同时检查任务所需记录的报表或者文件证据，查看任务是否完成到位。在任务的检查过程中就使用了后三种方法。
每一项稽核内容在稽核的过程和完成之后，必须进行记录（记录的目的在下面的内容中会提及）。记录的内容首先应该包括检查的时间和地点，其次对应于上述的四中稽核方式记录的内容也不相同：稽核员现场查看和查看相关记录报表记录的是查看内容与稽核员进行判断的依据；询问责任人和相关人员必须将责任人和相关人员的回答内容进行简要的记录。总之，每一项稽核内容完成之后，在记录上必须体现出稽核员稽核的大致过程以及对此项内容进行完成或者不完成判断的依据。
3、检查结果的反馈
检查结果的反馈就是对责任人进行奖励或者处罚。对责任人进行处罚是稽核检查的过程中最容易出现冲突的时候，因为责任人即被稽核人员经常会以各种各样的借口和理由避免处罚。但是，通过事实证据或者与相关人员进行对质，则可以避免这样的事情所导致的冲突。所以，要求稽核员简要记录稽核过程的原因也就在这里。除了稽核过程中的简要记录之外，照片、表单、文件等文字性的内容也是无可辩驳的证据。另外，在稽核的过程中可能出现没有无可辩驳的证据的情况，第一时间找到稽核内容的相关人员与责任人进行对质，也是非常好的方法。比如，稽核员在稽核车间报表提交的时候，检查发现车间的报表延迟一天才提交，但因为没有时间记录，车间报表提交人员在处罚时概不承认，拒交罚款。稽核员在第一时间将车间负责人或报表接收人员找来与报表提交人员当面对质，报表提交的确认时间，这种情况下，结果报表提交人在无可辩驳的情况下，才会上交罚款。
但是，有一种情况必须注意，就是在处罚责任人的过程中无论怎么样责任人都拒交罚款，甚至已经针对稽核员本身时，稽核员必须果断的停止处罚。将情况记录并反馈给稽核总监和相关的领导，由领导来解决。
