韦恩图是用来展示不同组数据间交集和差异的一种可视化方法。比如我们有三组数据，分别是A，B，C。A里的数据是1,2,3。B里的数据是2,3,4。C里的数据是3,4,5,。那么AB有两个交集，BC有两个交集，AC有1个交集，ABC之间有1个交集。那么用韦恩图展示就是下面的效果
image.png
R语言里画韦恩图的包我目前知道的有五个，分别是
- VennDiagram
- ggvenn
- ggVennDiagram
- yyplot
ggvenn()函数 - ChIPseeker
vennplot()函数
yyplot画韦恩图可以参考 https://guangchuangyu.github.io/cn/2018/04/ggvenn/
这个画出来的韦恩图每个圈好像是按实际数据多少的比例来画的。
image.png
而其他几个韦恩图画出的圈的大小都是一样的。
ChIPseeker 画韦恩图可以参考 https://mp.weixin.qq.com/s/MqpfgkMJSFj0pYwcEjV9kQ?
代码
x1 <- list(A=sample(genes,300),B=sample(genes,525),C=sample(genes,440))
BiocManager::install("ChIPseeker")
library(ChIPseeker)
help(package="ChIPseeker")
install.packages("Vennerable", repos="http://R-Forge.R-project.org")
ChIPseeker::vennplot(x1,by='Vennerable')
image.png
今天先介绍一下使用ggvenn这个包来画韦恩图的简单小例子。
ggvenn画韦恩图接受2—4组数据，输入数据可以整理成数据框或者列表格式。我个人感觉列表格式还是相对比较好用的。
比如先模拟生成数据
genes <- paste("gene",1:1000,sep="")
set.seed(20190708)
x <- list(A=sample(genes,300),B=sample(genes,525),C=sample(genes,440),D=sample(genes,350))
这个模拟生成数据的代码来自ggVennDiagram这个包的github主页 https://github.com/gaospecial/ggVennDiagram
画图
library(ggvenn)
ggvenn(x,c("A","B","C","D"))
image.png
还有很多参数可以设置来修改画图的细节，比如填充颜色，颜色的透明度，线条的颜色，线条的透明度等等。具体参数可以查看帮助文档。
image.png
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