Spine
2035年人类因为空气中的一种病毒只能生活在地下，科学家利用时光机器，将志愿者送往病毒被释放的1996年进行调查，以找到纯病毒进行研究。
Act1
2035年，因为地表空气中的一种病毒，人类只能生活在地下。科学家正在利用时光机器，将志愿者送往病毒被释放的1996年进行调查，以找到纯病毒进行研究。詹姆士是一名刑期25年的囚犯，这天他被挑选为病毒调查的志愿者，科学家向他许诺借此他可以获得刑期减免。詹姆士踏上了时光之旅。
Act2
詹姆士意外被送到了1990，他因为袭警又一直扬言50亿人会死亡被关进了疯人院，这里他遇到了自己的心理医生瑞丽和病友Jeffrey，Jeffery是一个动物保护主义，对电视里关于使用动物做药物实验的报道深恶痛绝。詹姆士在精神类药物的作用下向Jeffrey说出了病毒杀死全人类的想法。詹姆士被送回2035年并再次踏上时光旅途，这次他先是意外来到一站战场并腿部中弹，然后被送到1996年。詹姆士在瑞丽的一场演讲结束后劫持了瑞丽并带着他踏上了寻找病毒的释放源头“十二只猴子”军队的旅途。他们发现“十二只猴子”的发起人就是Jeffrey，而Jeffrey所反对的就是那个用动物做药物试验的父亲，一位诺贝尔病毒学家。詹姆士感觉是1990年的自己毁灭了人类。通过腿部的一战弹药，瑞丽也终于相信了詹姆士来自未来，而詹姆士也发现自己爱上了瑞丽。回到了2035年的詹姆士已经被赦免罪行，但因为留恋地表生活留恋爱人，也因为不敢面对过去自己犯下的错误，詹姆士希望再次回到过去并留在过去。过去不能被改变，人类依然会因为病毒大量死亡，瑞丽决定带詹姆士去看看他梦寐的大海，在去机场的路上他们发现“十二只猴子”军队的目标其实只是释放动物和病毒无关，机场瑞丽发现了Jeffrey父亲的助手，并意识到他才是真正的病毒释放者。
Act3
詹姆士告诉了未来的人们真正的病毒释放者，并在追逐他的过程中被警方射杀。未来的科学家已经出现在飞机上，坐在了病毒释放者的隔壁。
