提取出Seurat中的umap信息用ggplot绘图

Seurat中的DimPlot固然能够绘制出相当不错的图，但是，DimPlot仍有着一些不可避免的缺陷。例如，不够灵活。
DimPlot也是基于ggplot的绘图方式，导出Seurat的RunUMAP结果，用ggplot进行绘图则更加容易美化。

1. 导出数据

umap = rna.exp@reductions$umap@cell.embeddings %>%
  as.data.frame() %>% 
  cbind(tx = rna.exp@meta.data$seurat_clusters) # tx可替换为你所希望的列名

2. 绘图

ggumap <- ggplot(u.map, aes(x = UMAP_1, y = UMAP_2, color = tx)) + 
  geom_point(size = 5 , alpha =1 ) + 
  geom_text_repel(aes(label = rownames(umap)), # 添加数据标签 | repel为去除标签重叠
                  force = 3, size =3, fontface = "italic", #斜体
                  arrow = arrow(length = unit(0.02, "npc"), type = "open", ends = "last"), 
                  nudge_x = 0.1, nudge_y = 0.06) # 调整标签位置

结果如下所示

添加数据标签的结果