寡糖-病毒相互作用生物信息学
A Bioinformatics View of Glycan-Virus Interactions
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31018588/
2019年4月的一篇综述，有关糖在病毒-宿主互作中所起的作用，其中包括众多相关数据库的介绍。
前言
病毒与寡糖相互作用的位置：细胞外；
主要形式：糖萼（glycocalyx）或粘蛋白（mucins）(可溶的)。
作用（两面性）：阻止病毒进入细胞的屏障，病毒结合的靶点 。
寡糖在病毒与宿主的相互作用中是动态和多面的：
- 结合感染细胞，例如：人的轮状病毒结合血A抗原
- 宿主免疫系统通过病毒颗粒表面的寡糖，识别病毒，例如：HIV、Ebola病毒、HCV、流感病毒、SARS病毒
- 以上机制被病毒利用（exploit），进入巨噬细胞或DC细胞复制，例如：Ebola病毒、SARS病毒
- 病毒将表面蛋白覆盖宿主的寡糖，从而逃脱宿主免疫识别和清除，也就是“寡糖铠甲”（glycan shield），例如：HIV和Lassa病毒
以上这些功能对绝大多数致病病毒的复制是十分重要的，因此可以作为抗病毒靶点和抗病毒分子。
分子糖病毒学（Molecular Glycovirology）目前相关生信资源
概述
相关数据库资源囊括：
- 免疫
- 吸附
- 进入
- 释放
- 糖蛋白的合成
ViralZone ViralZone (expasy.org)
病毒序列、分类等相关信息，病毒蛋白质信息链接UniProtKB
UniProtKB UniProt
病毒和宿主蛋白序列和功能相关信息
neXtProt neXtProt Search
宿主是人的蛋白的更加细节的相关信息
GlyConnet GlyConnect Homepage (expasy.org)
糖蛋白数据库
CAZy www.cazy.org
登录不上
糖基化酶数据库，绝大部分病毒使用宿主的糖基化酶系统。
GlyTouCan Glycan Repository (glytoucan.org)
最详细的寡糖结构库
SugarbindDB SugarBind (expasy.org)
病毒识别宿主表面寡糖的信息
使用受限
MatrixDB MatrixDB (univ-lyon1.fr)
细胞外基质蛋白、蛋白聚糖（proteoglycans）和多糖（polysaccharides）的数据库
UniLectin http://www.unilectin.eu/
登录不上
所有物种的糖结合蛋白、凝集素（lectin）
International Immuno-Genetics information system (IMGT) IMGT Home page
免疫球蛋白、抗体数据库及工具
Immune Epitope Database (IEDB) IEDB.org: Free epitope database and prediction resource
抗原数据库及工具
Database of Anti-Glycan Reagents (DAGR) DAGR: Database of Anti-Glycan Reagents (cancer.gov)
抗寡糖抗原数据库
ChEBI Chemical Entities of Biological Interest (ChEBI)
化合物库
PubChem PubChem (nih.gov)
化合物库
Rhea Rhea.org
酶催化反应
LiteMol LiteMol / 3D macromolecular data in the browser
可视化大分子3D结构
GlyS3 Substructure Search (expasy.org)
糖基亚结构分析
GlycoPattern 403 Forbidden (emory.edu)
登录不上
分析寡糖芯片信息
GLAD GLAD: Glycan Array Dashboard | GlycoToolKit
分析寡糖芯片信息
Glycome Atlas 404 Not Found (soka.ac.jp)
可视化寡糖芯片信息
