python安装导入openslide报错

做病理组学研究,需要安装和导入openslide包,但是这个包比较特殊,安装起来比较麻烦。记录如下。

安装

最开始通过conda安装,换了几个channel都没有找到,最后只能通过pip安装

pip install Openslide-python

但是导入的时候报错


报错

这条报错提示的是找不到OpenSlide的DLL文件,这很可能是openslide的安装不完整或者未设置DLL文件的搜索路径导致的。报错信息提示可以用os.add_dll_directory试一下。

添加环境变量

首先在官网下载Windows的包

https://link.zhihu.com/?target=https%3A//openslide.org/download/

解压缩之后,在环境变量中加入bin和lib这两个文件夹的地址,如下图所示。


环境变量

然后尝试导入openslide,还是出现同样的报错。

修复DLL路径

复制bin文件夹的地址,在导入openslide库之前,增加代码

import os
os.add_dll_directory(r'C:\Users\Crimson\Documents\openslide\bin')
from openslide import open_slide

再次尝试运行,成功了


成功了

在服务器上安装的注意事项

如果是在服务器上安装的话,需要先用conda装一些底层的库之类的

conda install -c conda-forge openslide

安装完之后再

pip install openslide-python
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