随着测序成本的不断下降，转录组测序分析已然成为生物学及医学研究不可或缺的技术手段。但是，对于大多数初学者来说，会遇到各种各样的问题。今天DLAB实验室就给大家重点介绍和汇总一下转录组测序分析的相关知识。包你理解和吸收相关知识，再也不用为基本知识犯愁！
1.转录组到底是什么？
专家解答：1.转录组广义上指在某一生理条件下，细胞内所有转录组产物的集合，包括：mRNA、ncRNA、rRNA等；狭义上指所有mRNA的集合。我们通常检测的转录组指的是mRNA。
2.mRNA：在分子生物学中，信使核糖核酸（mRNA）是RNA的单链分子，对应于基因的基因序列，在合成蛋白质的过程中被核糖体读取。mRNA是在转录过程中产生的，其中酶（RNA聚合酶）将基因转化为初级转录本mRNA（也称为pre-mRNA）。
2转录组测序到底做什么？
专家解答：
1.转录组测序：转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，包括mRNA和非编码RNA。转录组研究是基因功能及结构研究的基础和出发点，通过新一代高通量测序，能够全面快速地获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本及基因序列，已广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。
2.延伸解答：有参转录组测序与无参转录组测序有何区别？如果所研究的物种有组装注释质量较好基因组序列，且和该基因组序列比对效率较高，那么可以采用有参转录组的分析策略，直接进行分析。反之，则需要按照无参转录组的分析策略进行转录本组装，构建unigene库，然后进行后续分析。
3转录组测序建库是什么流程？
专家解答：
真核转录组建库是是先打断，然后再反转录，建库流程如下：
（1）mRNA富集
RNA检测合格后，首先用带有Oligo（dT）的磁珠，通过A-T互补配对与mRNA的ployA尾结合的方式富集真核生物的mRNA；
（2）片段化
加入fragmentation buffer试剂将mRNA打断成短片段；
（3）反转录
以mRNA为模板，用六碱基随机引物（random hexamers）合成一链cDNA，然后加入缓冲液、dNTPs和DNA polymerase I合成二链cDNA，随后利用AMPure XP beads纯化双链cDNA；
（4） 末端修复
末端补齐，再纯化修复后的cDNA，cDNA3‘端加A（dA - tailing）；
（5）连接接头
每个接头都有一个6bp的index，也叫barcode，每个样品用不同index接头，这样即使将不同样品混在一同测序（混之前要归一化），也可以再根据index区分出来。
（6）片段选择和PCR富集
用AMPure XP beads进行片段大小选择，最后进行PCR富集得到最终的cDNA文库用于测序。
构建原理图如下：
6. 链特异性建库：可以确定转录本来自正链还是负链。操作原理是首先利用随机引物合成RNA的一条cDNA链，在合成第二条链的时候用dUTP代替dTTP，加adaptor后用UDGase处理，将有U的第二条cDNA降解掉。降解发生之后，双链的文库就只剩下了一条链（负链）。首先利用随机引物合成RNA的一条cDNA链，在合成第二条链的时候用dUTP代替dTTP，加adaptor后用UDGase处理，将有U的第二条cDNA降解掉。降解发生之后，双链的文库就只剩下了一条链（负链）。
4转录组拼接与比对到底是什么？
专家解答：
1.Illumina：拼接，能够将绝大多数的所有读取映射回组装，且匹配到的映射片段中70-80％应为成对匹配。
2.Alignment：比对，通过算法获取两个或多个序列之间的相似性以至于同源性。
5最低且优质的全转录组测序？
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