听说你的单细胞对象需要一个思维导图？

在我们分析单细胞数据的时候，需要想象力的一点就是要理解数据结构，基于此有位老几还写了一篇为什么要以数据库的思维来理解单细胞数据。里面列出了常见的单细胞数据对象的结构。

平时我们都是如何看数据结构的呢？

library(Seurat)
library(tidyverse)
pbmc<-CreateSeuratObject(pbmc_small@assays$RNA@counts)
pbmc%>% NormalizeData() %>% FindVariableFeatures() %>%
  ScaleData() %>% RunPCA() %>% FindNeighbors() %>% RunUMAP(1:10) %>%
  FindClusters(dims=1:0)-> pbmc
pbmc

An object of class Seurat 
230 features across 80 samples within 1 assay 
Active assay: RNA (230 features)
 2 dimensional reductions calculated: pca, umap

在R里面我们用的是str(...),如：

str(pbmc)

Formal class 'Seurat' [package "Seurat"] with 13 slots
  ..@ assays      :List of 1
  .. ..$ RNA:Formal class 'Assay' [package "Seurat"] with 8 slots
  .. .. .. ..@ counts       :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots
  .. .. .. .. .. ..@ i       : int [1:4456] 1 5 8 11 22 30 33 34 36 38 ...
  .. .. .. .. .. ..@ p       : int [1:81] 0 47 99 149 205 258 306 342 387 423 ...
  .. .. .. .. .. ..@ Dim     : int [1:2] 230 80
  .. .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2
  .. .. .. .. .. .. ..$ : chr [1:230] "MS4A1" "CD79B" "CD79A" "HLA-DRA" ...
  .. .. .. .. .. .. ..$ : chr [1:80] "ATGCCAGAACGACT" "CATGGCCTGTGCAT" "GAACCTGATGAACC" "TGACTGGATTCTCA" ...
  .. .. .. .. .. ..@ x       : num [1:4456] 1 1 3 1 1 4 1 5 1 1 ...
  .. .. .. .. .. ..@ factors : list()
  .. .. .. ..@ data         :Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots
  .. .. .. .. .. ..@ i       : int [1:4456] 1 5 8 11 22 30 33 34 36 38 ...
  .. .. .. .. .. ..@ p       : int [1:81] 0 47 99 149 205 258 306 342 387 423 ...
  .. .. .. .. .. ..@ Dim     : int [1:2] 230 80
  .. .. .. .. .. ..@ Dimnames:List of 2
  .. .. .. .. .. .. ..$ : chr [1:230] "MS4A1" "CD79B" "CD79A" "HLA-DRA" ...
  .. .. .. .. .. .. ..$ : chr [1:80] "ATGCCAGAACGACT" "CATGGCCTGTGCAT" "GAACCTGATGAACC" "TGACTGGATTCTCA" ...
  .. .. .. .. .. ..@ x       : num [1:4456] 4.97 4.97 6.06 4.97 4.97 ...
  .. .. .. .. .. ..@ factors : list()
  .. .. .. ..@ scale.data   : num [1:230, 1:80] -0.409 1.64 -0.428 -1.375 -0.329 ...
  .. .. .. .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  .. .. .. .. .. ..$ : chr [1:230] "MS4A1" "CD79B" "CD79A" "HLA-DRA" ...
  .. .. .. .. .. ..$ : chr [1:80] "ATGCCAGAACGACT" "CATGGCCTGTGCAT" "GAACCTGATGAACC" "TGACTGGATTCTCA" ...
  .. .. .. ..@ key          : chr "rna_"
  .. .. .. ..@ assay.orig   : NULL
  .. .. .. ..@ var.features : chr [1:230] "PPBP" "IGLL5" "VDAC3" "CD1C" ...
  .. .. .. ..@ meta.features:'data.frame':  230 obs. of  5 variables:
  .. .. .. .. ..$ vst.mean                 : num [1:230] 0.388 0.6 0.7 13.425 0.3 ...
  .. .. .. .. ..$ vst.variance             : num [1:230] 1.025 1.281 4.365 725.463 0.871 ...
  .. .. .. .. ..$ vst.variance.expected    : num [1:230] 1.141 2.664 4.029 745.145 0.642 ...
  .. .. .. .. ..$ vst.variance.standardized: num [1:230] 0.898 0.481 1.083 0.974 1.356 ...
  .. .. .. .. ..$ vst.variable             : logi [1:230] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE ...
  .. .. .. ..@ misc         : NULL
  ..@ meta.data   :'data.frame':    80 obs. of  5 variables:
  .. ..$ orig.ident     : Factor w/ 1 level "SeuratProject": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
  .. ..$ nCount_RNA     : num [1:80] 70 85 87 127 173 70 64 72 52 100 ...
  .. ..$ nFeature_RNA   : int [1:80] 47 52 50 56 53 48 36 45 36 41 ...
  .. ..$ RNA_snn_res.0.8: Factor w/ 3 levels "0","1","2": 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 ...
  .. ..$ seurat_clusters: Factor w/ 3 levels "0","1","2": 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 ...
  ..@ active.assay: chr "RNA"
  ..@ active.ident: Factor w/ 3 levels "0","1","2": 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 ...
  .. ..- attr(*, "names")= chr [1:80] "ATGCCAGAACGACT" "CATGGCCTGTGCAT" "GAACCTGATGAACC" "TGACTGGATTCTCA" ...
  ..@ graphs      :List of 2
  .. ..$ RNA_nn :Formal class 'Graph' [package "Seurat"] with 7 slots
  .. .. .. ..@ assay.used: chr "RNA"
  .. .. .. ..@ i         : int [1:1600] 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 ...
  .. .. .. ..@ p         : int [1:81] 0 10 17 40 57 101 124 141 153 178 ...
  .. .. .. ..@ Dim       : int [1:2] 80 80
  .. .. .. ..@ Dimnames  :List of 2
  .. .. .. .. ..$ : chr [1:80] "ATGCCAGAACGACT" "CATGGCCTGTGCAT" "GAACCTGATGAACC" "TGACTGGATTCTCA" ...
  .. .. .. .. ..$ : chr [1:80] "ATGCCAGAACGACT" "CATGGCCTGTGCAT" "GAACCTGATGAACC" "TGACTGGATTCTCA" ...
  .. .. .. ..@ x         : num [1:1600] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
  .. .. .. ..@ factors   : list()
  .. ..$ RNA_snn:Formal class 'Graph' [package "Seurat"] with 7 slots
  .. .. .. ..@ assay.used: chr "RNA"
  .. .. .. ..@ i         : int [1:4174] 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 ...
  .. .. .. ..@ p         : int [1:81] 0 68 132 181 230 277 326 375 424 487 ...
  .. .. .. ..@ Dim       : int [1:2] 80 80
  .. .. .. ..@ Dimnames  :List of 2
  .. .. .. .. ..$ : chr [1:80] "ATGCCAGAACGACT" "CATGGCCTGTGCAT" "GAACCTGATGAACC" "TGACTGGATTCTCA" ...
  .. .. .. .. ..$ : chr [1:80] "ATGCCAGAACGACT" "CATGGCCTGTGCAT" "GAACCTGATGAACC" "TGACTGGATTCTCA" ...
  .. .. .. ..@ x         : num [1:4174] 1 0.6 0.6 0.6 0.538 ...
  .. .. .. ..@ factors   : list()
  ..@ neighbors   : list()
  ..@ reductions  :List of 2
  .. ..$ pca :Formal class 'DimReduc' [package "Seurat"] with 9 slots
  .. .. .. ..@ cell.embeddings           : num [1:80, 1:50] 3.12 3.56 2.4 3.43 2.78 ...
  .. .. .. .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  .. .. .. .. .. ..$ : chr [1:80] "ATGCCAGAACGACT" "CATGGCCTGTGCAT" "GAACCTGATGAACC" "TGACTGGATTCTCA" ...
  .. .. .. .. .. ..$ : chr [1:50] "PC_1" "PC_2" "PC_3" "PC_4" ...
  .. .. .. ..@ feature.loadings          : num [1:230, 1:50] 0.05711 0.00738 0.03005 -0.04766 0.05598 ...
  .. .. .. .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  .. .. .. .. .. ..$ : chr [1:230] "PPBP" "IGLL5" "VDAC3" "CD1C" ...
  .. .. .. .. .. ..$ : chr [1:50] "PC_1" "PC_2" "PC_3" "PC_4" ...
  .. .. .. ..@ feature.loadings.projected: num[0 , 0 ] 
  .. .. .. ..@ assay.used                : chr "RNA"
  .. .. .. ..@ global                    : logi FALSE
  .. .. .. ..@ stdev                     : num [1:50] 5.75 5.21 4.32 3.62 2.77 ...
  .. .. .. ..@ key                       : chr "PC_"
  .. .. .. ..@ jackstraw                 :Formal class 'JackStrawData' [package "Seurat"] with 4 slots
  .. .. .. .. .. ..@ empirical.p.values     : num[0 , 0 ] 
  .. .. .. .. .. ..@ fake.reduction.scores  : num[0 , 0 ] 
  .. .. .. .. .. ..@ empirical.p.values.full: num[0 , 0 ] 
  .. .. .. .. .. ..@ overall.p.values       : num[0 , 0 ] 
  .. .. .. ..@ misc                      :List of 1
  .. .. .. .. ..$ total.variance: num 230
  .. ..$ umap:Formal class 'DimReduc' [package "Seurat"] with 9 slots
  .. .. .. ..@ cell.embeddings           : num [1:80, 1:2] 5.07 5.31 4.72 5.06 5.45 ...
  .. .. .. .. ..- attr(*, "scaled:center")= num [1:2] 1.78 -8.75
  .. .. .. .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  .. .. .. .. .. ..$ : chr [1:80] "ATGCCAGAACGACT" "CATGGCCTGTGCAT" "GAACCTGATGAACC" "TGACTGGATTCTCA" ...
  .. .. .. .. .. ..$ : chr [1:2] "UMAP_1" "UMAP_2"
  .. .. .. ..@ feature.loadings          : num[0 , 0 ] 
  .. .. .. ..@ feature.loadings.projected: num[0 , 0 ] 
  .. .. .. ..@ assay.used                : chr "RNA"
  .. .. .. ..@ global                    : logi TRUE
  .. .. .. ..@ stdev                     : num(0) 
  .. .. .. ..@ key                       : chr "UMAP_"
  .. .. .. ..@ jackstraw                 :Formal class 'JackStrawData' [package "Seurat"] with 4 slots
  .. .. .. .. .. ..@ empirical.p.values     : num[0 , 0 ] 
  .. .. .. .. .. ..@ fake.reduction.scores  : num[0 , 0 ] 
  .. .. .. .. .. ..@ empirical.p.values.full: num[0 , 0 ] 
  .. .. .. .. .. ..@ overall.p.values       : num[0 , 0 ] 
  .. .. .. ..@ misc                      : list()
  ..@ images      : list()
  ..@ project.name: chr "SeuratProject"
  ..@ misc        : list()
  ..@ version     :Classes 'package_version', 'numeric_version'  hidden list of 1
  .. ..$ : int [1:3] 3 1 2
  ..@ commands    :List of 7
  .. ..$ NormalizeData.RNA       :Formal class 'SeuratCommand' [package "Seurat"] with 5 slots
  .. .. .. ..@ name       : chr "NormalizeData.RNA"
  .. .. .. ..@ time.stamp : POSIXct[1:1], format: "2020-06-01 22:43:27"
  .. .. .. ..@ assay.used : chr "RNA"
  .. .. .. ..@ call.string: chr "NormalizeData(.)"
  .. .. .. ..@ params     :List of 5
  .. .. .. .. ..$ assay               : chr "RNA"
  .. .. .. .. ..$ normalization.method: chr "LogNormalize"
  .. .. .. .. ..$ scale.factor        : num 10000
  .. .. .. .. ..$ margin              : num 1
  .. .. .. .. ..$ verbose             : logi TRUE
  .. ..$ FindVariableFeatures.RNA:Formal class 'SeuratCommand' [package "Seurat"] with 5 slots
  .. .. .. ..@ name       : chr "FindVariableFeatures.RNA"
  .. .. .. ..@ time.stamp : POSIXct[1:1], format: "2020-06-01 22:43:28"
  .. .. .. ..@ assay.used : chr "RNA"
  .. .. .. ..@ call.string: chr "FindVariableFeatures(.)"
  .. .. .. ..@ params     :List of 12
  .. .. .. .. ..$ assay              : chr "RNA"
  .. .. .. .. ..$ selection.method   : chr "vst"
  .. .. .. .. ..$ loess.span         : num 0.3
  .. .. .. .. ..$ clip.max           : chr "auto"
  .. .. .. .. ..$ mean.function      :function (mat, display_progress)  
  .. .. .. .. ..$ dispersion.function:function (mat, display_progress)  
  .. .. .. .. ..$ num.bin            : num 20
  .. .. .. .. ..$ binning.method     : chr "equal_width"
  .. .. .. .. ..$ nfeatures          : num 2000
  .. .. .. .. ..$ mean.cutoff        : num [1:2] 0.1 8
  .. .. .. .. ..$ dispersion.cutoff  : num [1:2] 1 Inf
  .. .. .. .. ..$ verbose            : logi TRUE
  .. ..$ ScaleData.RNA           :Formal class 'SeuratCommand' [package "Seurat"] with 5 slots
  .. .. .. ..@ name       : chr "ScaleData.RNA"
  .. .. .. ..@ time.stamp : POSIXct[1:1], format: "2020-06-01 22:43:28"
  .. .. .. ..@ assay.used : chr "RNA"
  .. .. .. ..@ call.string: chr "ScaleData(.)"
  .. .. .. ..@ params     :List of 10
  .. .. .. .. ..$ features          : chr [1:230] "PPBP" "IGLL5" "VDAC3" "CD1C" ...
  .. .. .. .. ..$ assay             : chr "RNA"
  .. .. .. .. ..$ model.use         : chr "linear"
  .. .. .. .. ..$ use.umi           : logi FALSE
  .. .. .. .. ..$ do.scale          : logi TRUE
  .. .. .. .. ..$ do.center         : logi TRUE
  .. .. .. .. ..$ scale.max         : num 10
  .. .. .. .. ..$ block.size        : num 1000
  .. .. .. .. ..$ min.cells.to.block: num 80
  .. .. .. .. ..$ verbose           : logi TRUE
  .. ..$ RunPCA.RNA              :Formal class 'SeuratCommand' [package "Seurat"] with 5 slots
  .. .. .. ..@ name       : chr "RunPCA.RNA"
  .. .. .. ..@ time.stamp : POSIXct[1:1], format: "2020-06-01 22:43:29"
  .. .. .. ..@ assay.used : chr "RNA"
  .. .. .. ..@ call.string: chr "RunPCA(.)"
  .. .. .. ..@ params     :List of 10
  .. .. .. .. ..$ assay          : chr "RNA"
  .. .. .. .. ..$ npcs           : num 50
  .. .. .. .. ..$ rev.pca        : logi FALSE
  .. .. .. .. ..$ weight.by.var  : logi TRUE
  .. .. .. .. ..$ verbose        : logi TRUE
  .. .. .. .. ..$ ndims.print    : int [1:5] 1 2 3 4 5
  .. .. .. .. ..$ nfeatures.print: num 30
  .. .. .. .. ..$ reduction.name : chr "pca"
  .. .. .. .. ..$ reduction.key  : chr "PC_"
  .. .. .. .. ..$ seed.use       : num 42
  .. ..$ FindNeighbors.RNA.pca   :Formal class 'SeuratCommand' [package "Seurat"] with 5 slots
  .. .. .. ..@ name       : chr "FindNeighbors.RNA.pca"
  .. .. .. ..@ time.stamp : POSIXct[1:1], format: "2020-06-01 22:43:29"
  .. .. .. ..@ assay.used : chr "RNA"
  .. .. .. ..@ call.string: chr "FindNeighbors(.)"
  .. .. .. ..@ params     :List of 13
  .. .. .. .. ..$ reduction   : chr "pca"
  .. .. .. .. ..$ dims        : int [1:10] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
  .. .. .. .. ..$ assay       : chr "RNA"
  .. .. .. .. ..$ k.param     : num 20
  .. .. .. .. ..$ compute.SNN : logi TRUE
  .. .. .. .. ..$ prune.SNN   : num 0.0667
  .. .. .. .. ..$ nn.method   : chr "rann"
  .. .. .. .. ..$ annoy.metric: chr "euclidean"
  .. .. .. .. ..$ nn.eps      : num 0
  .. .. .. .. ..$ verbose     : logi TRUE
  .. .. .. .. ..$ force.recalc: logi FALSE
  .. .. .. .. ..$ do.plot     : logi FALSE
  .. .. .. .. ..$ graph.name  : chr [1:2] "RNA_nn" "RNA_snn"
  .. ..$ RunUMAP.RNA.pca         :Formal class 'SeuratCommand' [package "Seurat"] with 5 slots
  .. .. .. ..@ name       : chr "RunUMAP.RNA.pca"
  .. .. .. ..@ time.stamp : POSIXct[1:1], format: "2020-06-01 22:43:33"
  .. .. .. ..@ assay.used : chr "RNA"
  .. .. .. ..@ call.string: chr "RunUMAP(., 1:10)"
  .. .. .. ..@ params     :List of 20
  .. .. .. .. ..$ dims                : int [1:10] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
  .. .. .. .. ..$ reduction           : chr "pca"
  .. .. .. .. ..$ assay               : chr "RNA"
  .. .. .. .. ..$ umap.method         : chr "uwot"
  .. .. .. .. ..$ n.neighbors         : int 30
  .. .. .. .. ..$ n.components        : int 2
  .. .. .. .. ..$ metric              : chr "cosine"
  .. .. .. .. ..$ learning.rate       : num 1
  .. .. .. .. ..$ min.dist            : num 0.3
  .. .. .. .. ..$ spread              : num 1
  .. .. .. .. ..$ set.op.mix.ratio    : num 1
  .. .. .. .. ..$ local.connectivity  : int 1
  .. .. .. .. ..$ repulsion.strength  : num 1
  .. .. .. .. ..$ negative.sample.rate: int 5
  .. .. .. .. ..$ uwot.sgd            : logi FALSE
  .. .. .. .. ..$ seed.use            : int 42
  .. .. .. .. ..$ angular.rp.forest   : logi FALSE
  .. .. .. .. ..$ verbose             : logi TRUE
  .. .. .. .. ..$ reduction.name      : chr "umap"
  .. .. .. .. ..$ reduction.key       : chr "UMAP_"
  .. ..$ FindClusters            :Formal class 'SeuratCommand' [package "Seurat"] with 5 slots
  .. .. .. ..@ name       : chr "FindClusters"
  .. .. .. ..@ time.stamp : POSIXct[1:1], format: "2020-06-01 22:43:33"
  .. .. .. ..@ assay.used : chr "RNA"
  .. .. .. ..@ call.string: chr "FindClusters(., dims = 1:0)"
  .. .. .. ..@ params     :List of 10
  .. .. .. .. ..$ graph.name      : chr "RNA_snn"
  .. .. .. .. ..$ modularity.fxn  : num 1
  .. .. .. .. ..$ resolution      : num 0.8
  .. .. .. .. ..$ method          : chr "matrix"
  .. .. .. .. ..$ algorithm       : num 1
  .. .. .. .. ..$ n.start         : num 10
  .. .. .. .. ..$ n.iter          : num 10
  .. .. .. .. ..$ random.seed     : num 0
  .. .. .. .. ..$ group.singletons: logi TRUE
  .. .. .. .. ..$ verbose         : logi TRUE
  ..@ tools       : list()

别说看了，拉鼠标手都能拉疼。那么我们能不能基于str(pbmc)的结果做一个思维导图呢？就像这样：

如果能够这样查看，那不是美滋滋的吗？

需求有了，就差行动了，我们来找代码：

library(mindr)
(out <- capture.output(str(pbmc)))
out2 <- paste(out, collapse="\n")

mm(gsub("\\.\\.@","# ",gsub("\\.\\. ","#",out2)),type ="text",root= "Seurat")

这下好了，你对单细胞对象做了什么一目了然。

©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
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    序言：一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡，死状恐怖，灵堂内的尸体忽然破棺而出，到底是诈尸还是另有隐情，我是刑警宁泽，带...
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    文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至，却和暖如春，着一层夹袄步出监牢的瞬间，已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
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  • 情欲美人皮
    我被黑心中介骗来泰国打工， 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留，地道东北人。 一个月前我还...
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    正文 我出身青楼，却偏偏与公主长得像，于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子，可洞房花烛夜当晚...
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