| agriGO v2 |
http://systemsbiology.cau.edu.cn/agriGOv2/ |
GO分析农业物种 |
| AMMOS2 |
http://drugmod.rpbs.univ-paris-diderot.fr/ammosHome.php |
能量最小化蛋白质 - 配体复合物 |
| antiSMASH |
http://antismash.secondarymetabolites.org/ |
细菌和真菌基因组中的次级代谢物生物合成基因簇挖掘 |
| ARTS |
http://arts.ziemertlab.com |
新型抗生素的生物合成基因簇挖掘 |
| BAR 3.0 |
http://bar.biocomp.unibo.it/bar3 |
蛋白质结构和功能注释 |
| BepiPred-2.0 |
http://www.cbs.dtu.dk/services/BepiPred-2.0/ |
来自蛋白质序列的B细胞表位预测 |
| BioAtlas |
http://bioatlas.compbio.sdu.dk |
微生物组和宏基因组位置的可视化 |
| BIS2Analyzer |
http://www.lcqb.upmc.fr/BIS2Analyzer/ |
分析蛋白质序列中的共同氨基酸对 |
| 大忙人 |
https://ccb-microbe.cs.uni-saarland.de/busybee |
宏基因组合 |
| 咖啡店 |
https://github.com/younglululu/CAFE |
独立程序，用于无对齐的宏基因组数据比较 |
| 癌症PanorOmics |
http://panoromics.irbbarcelona.org |
将癌症突变定位到3D蛋白质 - 蛋白质相互作用位点 |
| 辅 |
http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/COFACTOR/ |
基于结构的蛋白质功能注释 |
| complex查看 |
http://xvis.genzentrum.lmu.de/compleXView |
基于亲和纯化质谱的蛋白质 - 蛋白质相互作用 |
| ConTra v3 |
http://bioit2.irc.ugent.be/contra/v3 |
转录因子结合位点分析 |
| CPC2 |
http://cpc2.cbi.pku.edu.cn |
蛋白质编码RNA转录本的潜力 |
| CSPADE |
http://cspade.fimm.fi/ |
化学信息学生物活性测定可视化 |
| CSTEE |
http://comp-sysbio.org/cstea/ |
分析细胞状态转换的时间序列基因表达数据 |
| DEOGEN2 |
http://deogen2.mutaframe.com/ |
预测蛋白质中的有害突变 |
| DNAproDB |
http://dnaprodb.usc.edu |
DNA-蛋白质复合物的结构分析 |
| DSSR |
http://jmol.x3dna.org |
DNA和RNA结构可视化 |
| DynOmics |
http://dyn.life.nthu.edu.tw/oENM/ |
蛋白质分子动力学使用弹性网络模型 |
| EBISearch |
http://www.ebi.ac.uk/ebisearch |
Web服务文本在EMBL-EBI数据中搜索 |
| FireProt |
http://loschmidt.chemi.muni.cz/fireprot |
耐热蛋白质的设计 |
| GalaxyHomomer |
http://galaxy.seoklab.org/cgi-bin/submit.cgi?type=HOMOMER |
预测蛋白质同源寡聚体结构 |
| GASS WEB |
http://gass.unifei.edu.br/ |
鉴定酶活性位点 |
| 宝石 |
http://gemstone.yulab.org/ |
人类疾病中的遗传变异优先排序 |
| 基因ORGANizer |
http://geneorganizer.huji.ac.il |
人类基因与受影响的身体器官的联系 |
| GenProBiS |
http://genprobis.insilab.org |
将SNP定位到蛋白质结合位点 |
| GEPIA |
http://gepia.cancer-pku.cn/ |
癌症中差异基因表达的分析 |
| GeSeq |
https://chlorobox.mpimp-golm.mpg.de/geseq.html |
叶绿体基因组的注释 |
| GibbsCluster |
http://www.cbs.dtu.dk/services/GibbsCluster-2.0 |
检测蛋白质短线性基序 |
| GPCR SSFE 2.0 |
http://www.ssfa-7tmr.de/ssfe2/ |
G蛋白偶联受体的同源建模 |
| GWAB |
http://www.inetbio.org/gwab/ |
基于网络的全基因组关联分析 |
| HDOCK |
http://hdock.phys.hust.edu.cn/ |
蛋白质 - 蛋白质和蛋白质 - DNA / RNA对接 |
| HVGA |
http://bioinfodev.hpc.cam.ac.uk/web-apps/hgva |
存档人类遗传变异注释 |
| HH-主题 |
http://chimborazo.biochem.mpg.de/ |
检测蛋白质短线性基序 |
| I-TASSER-MR |
http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER-MR/ |
用于X射线晶体学的蛋白质结构建模 |
| 附加 |
http://bioinfo.uochb.cas.cz/INTAA/ |
氨基酸相互作用能的分析 |
| IntaRNA 2.0 |
http://rna.informatik.uni-freiburg.de/IntaRNA/Input.jsp |
预测RNA分子之间的相互作用 |
| IslandViewer 4.0 |
http://www.pathogenomics.sfu.ca/islandviewer4/ |
细菌基因组岛的预测（水平基因转移） |
| kpLogo |
http://kplogo.wi.mit.edu/ |
短序列图案的检测和可视化 |
| LigParGen |
http://jorgensenresearch.com/ligpargen |
用于分子动力学的力场参数 |
| LimTox |
http://limtox.bioinfo.cnio.es |
文本挖掘复合毒性 |
| MCSM-NA |
http://structure.bioc.cam.ac.uk/mcsm_na |
预测蛋白质突变对核酸结合亲和力的影响 |
| MicrobiomeAnalyst |
http://microbiomeanalyst.ca |
微生物组数据分析 |
| MinePath |
http://www.minepath.org |
监管网络子路径的差异表达分析 |
| ModFOLD6 |
http://www.reading.ac.uk/bioinf/ModFOLD/ |
蛋白质结构质量评估 |
| mTCTScan |
http://jjwanglab.org/mTCTScan |
癌症药物反应的突变优先排序 |
| MutaGene |
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/mutagene/ |
癌症突变谱的可视化和分析 |
| NNAlign-2.0 |
http://www.cbs.dtu.dk/services/NNAlign-2.0 |
检测受体 - 配体相互作用的配体基序 |
| Norev |
http://server.idrb.cqu.edu.cn/noreva/ |
基于质谱的代谢组学数据的数据归一化方法的评估 |
| 说 |
http://www.hpi.de/plattner/olelo |
PubMed中的文本挖掘 |
| OmicSeq |
http://www.omicseq.org |
在主要存储库中搜索组学数据 |
| P4P |
http://sing.ei.uvigo.es/p4p |
基于肽数据集的细菌菌株分类 |
| Fthviav |
http://pathview.uncc.edu/ |
代谢途径的可视化和注释 |
| pepATTRACT |
http://bioserv.rpbs.univ-paris-diderot.fr/services/pepATTRACT |
预测蛋白质 - 肽对接 |
| Fhrmnapper |
http://lilab.ecust.edu.cn/pharmmapper |
使用药效团图谱进行药物靶标搜索 |
| PHD-SNPg |
http://snps.biofold.org/phd-snpg |
有害的SNP分类 |
| PIGSPro |
http://cassandra.med.uniroma1.it/AbPrediction/web/pigs.php |
免疫球蛋白可变结构域的建模 |
| plantiSMASH |
http://plantismash.secondarymetabolites.org |
检测植物中的生物合成基因簇 |
| PMUT |
http://mmb.irbbarcelona.org/PMut/ |
预测蛋白质突变的疾病潜力 |
| Prism3 |
http://prism3.magarveylab.ca/prism |
从生物合成基因簇预测天然产物结构 |
| ProteinsAPI |
http://www.ebi.ac.uk/proteins/api |
来自UniProtKB的蛋白质数据的Web服务 |
| ProteinsPlus |
http://proteins.plus |
基于结构的蛋白质建模 |
| ProteoSign |
http://bioinformatics.med.uoc.gr/ProteoSign |
蛋白质差异丰度分析 |
| 复性 |
http://www.reading.ac.uk/bioinf/ReFOLD/ |
蛋白质结构细化 |
| RegulatorTrail |
https://regulatortrail.bioinf.uni-sb.de |
分析转录因子和靶基因 |
| RiPPMiner |
http://www.nii.ac.in/rippminer.html |
预测核糖体合成和翻译后修饰的肽的化学结构 |
| RNA工作台 |
https://github.com/bgruening/galaxy-rna-workbench |
用于分析RNAseq和RNA序列数据的独立工具集合 |
| RNA-MoIP业务 |
http://rnamoip.cs.mcgill.ca/ |
RNA 2D和3D结构的预测 |
| SBSPKSv2 |
http://www.nii.ac.in/sbspks2.html |
聚酮合酶的分析 |
| 风景 |
http://mensxmachina.org/en/software/ |
从细胞计数数据重建网络 |
| SDM |
http://structure.bioc.cam.ac.uk/sdm2 |
预测蛋白质突变体的稳定性 |
| 更 |
http://www.pharmaceutical-bioinformatics.de/sempi/ |
从生物合成基因簇预测聚酮化合物合成酶产物 |
| SLiMSearch |
http://slim.ucd.ie/slimsearch/ |
检测蛋白质短线性基序 |
| 苏打 |
http://protein.bio.unipd.it/soda/ |
预测蛋白质突变体中的溶解度 |
| SpartaABC |
http://spartaabc.tau.ac.il/webserver |
使用indel进行序列模拟 |
| ThreaDomEx |
http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/ThreaDomEx |
预测蛋白质结构域和结构域边界 |
| EMBL-EBI的工具 |
http://www.ebi.ac.uk/Tools/webservices/ |
EMBL-EBI的Web服务工具 |
| TraitRateProp |
http://traitrate.tau.ac.il/prop |
序列进化测试与表型的关联 |
| TRAPP |
http://trapp.h-its.org |
分析蛋白质结合位点动力学 |
| VCF.Filter |
https://biomedical-sequencing.at/VCFFilter/ |
用于过滤和注释vcf文件中的遗传变体的独立程序 |
| Web3DMol |
http://web3dmol.duapp.com/ |
蛋白质结构可视化 |
| WebGestalt |
http://www.webgestalt.org |
基因集功能丰富分析 |
| Wopper |
http://WoPPER.ba.itb.cnr.it/ |
检测具有协调基因表达变化的细菌基因组区域 |
| XSuLT |
http://structure.bioc.cam.ac.uk/xsult |
蛋白质多序列比对的注释和可视化 |
