软件下载及安装网上都有教程。具体不再赘述。本文具体讲解Joinmap具体操作（网上没有这么详细）。
首先打开Joinmap4.0
创建文件
点击File，New project,命名文件，这里命名为practice1，再点击保存。这里是保存在桌面
接下来，点击Dataset, Create New Dataset，创建一个数据表
接下来，设置群体参数，用了多少的marker，群体总量为多少，群体的种类。这里我用自己的群体进行演示，总共用了5个marker，是F2代个体，总共有74个F2代个体
接下来，是导入自己的原始数据了，我在这里详细介绍一下如何导入数据，并且保证不出错。可以先在excel中准备数据。数据格式如下：第一行为F2代每个个体的编号，然后是有多少个marker，每个个体在对应的marker是什么基因型。例如，我这里是用了两个不同的亲本进行杂交，得到的F2代个体。F2代1号个体，在第1到5个marker的基因型都是一样的，来自亲本A，2号个体在第1到5个marker的基因型都是一样的，都是杂合的，也就是来自两个亲本。这里需要明白a，b，h和-，分别代表什么意思，比如用两个亲本杂交，一个亲本是高秆，另外一个是矮秆，我们可以定义高秆的基因型为a，矮秆的基因型为b，那么杂合的就是h，总有一些个体会缺失一些数据，这里缺失的数据需要用“-”表示。
接下来，按照Joinmap对文件的要求，需要在marker和个体之间空出一列，记得，一定要空出一列，不然软件在后续导入数据的时候会报错。
数据按照这样整理好后，就可以导入Joinmap中了，我这里喜欢直接复制黏贴，当然也可以通过软件直接导入。先把在excel中的数据复制（ctrl + C）然后点击这个地方，进行黏贴，数据就可以导入进来了。
数据导入后的结果就是这样的
在分析前，还需要再检测一下数据
点击Dataset下拉列表的Highlight Errors，查看导入的数据有没有错误，如果有错误，那出错的数据就会用颜色标注出来，这时候，双击错误的数据，进行更改即可，如果数据没有问题，会在窗口的最左下角显示“no coding error detected”，这样就可以进行下一步分析了。
数据分析：
首先，点击Dataset的下拉列表，选择Create Population Node，这时候会在Dataset 下面会出现practice1 的信息，再点击Groupings（tree）
接下来，点击Calculate（或者计算器一样的图标），就会显示不同marker之间的距离
这里可以在Options选项中对计算方式进行选择，我这里选择的是软件默认的计算方法。
这里选择一个节点进行后续分析，点击一个节点，并且右击鼠标，使这个节点变红。
然后再点击Population 下拉选项的Creat Groups Using the Groupings Tree
然后我们可以看到在practice1下面会出现Grouping1
点击下面的Group1 ,显示为 no data
这时候再点击软件中染色体状的图标，接下来就可以看见绘制的染色体连锁图了。
