朝臣得知毛文龙通敌之，纷纷弹奏毛文龙。
毛文龙将阔科，送去北京，是不得已而为之的。
《崇祯长编》卷10（崇祯元年六月）：“毛文龙奏擒奸细阔科。”
朝鲜《承政院日记》：“阔科实为金使，携参貂至皮岛贸易，被户部黄中色撞破，文龙不得已缚送。”
之后，王子登也极力为毛文龙洗脱抓阔科去北京，将前因后果，说了出来，举朝要杀毛文龙。
《满文老档》第十一册 天聪二年：三月二十五日来书云：王副将告汗曰：我王子登尽忠将事，谁知对二处均无利益。我诚天地间无用之人也。伏思汗以执阔科送北京之故，今我虽有善言，亦不能见信。毛都督又责我曰：尔言汗宽仁厚德，尊贤敬智，为人和善等。乃信谗言，始行此事，不能增进亲善，反令所遣诸申，扰害地方，复以大言欺我。此皆王副将之不善所致等语。我两头为难，不知所措也。汗止知马通事之见杀及送阔科往北京，不知其实事，皆由彼二人之过所致矣。马通事来时，於途遇六、七人逃来，不思已为前来议和，便射死一人，斩杀一人，馀众败走，登山得免。及马通事至岛之次日，败走之逃人来岛，在毛文龙之衙门遇见马通事，彼等言尔非途中杀我之诸申乎？遂擒之，往告毛文龙。毛文龙反打逃人，责问诸申地方之事，何告於我等语。遂不询问，逐出之。其人至黄户部门前喊冤。遂擒马通事以去。因马通事嫉妒阔科，任意妄言。毛文龙知其言不善，故杀之，并将阔科送往帝京。汗乃天生豪杰，何不计此小事，不可事急而隐匿之。为箝制众人之口，不使明帝生疑，遂将阔科送往帝京，以便再行和好之事。谁知阔科与黄户部到北京後，告知毛文龙与汗礼上往来不断等语。科道各员闻之，俱奏书称，毛文龙欲亲敌国，设计谋叛，事已属实，至今尚未议毕等语。”
梅之焕以毛文龙案，鼓动袁崇焕斩毛文龙。
梅之焕 《梅中丞遗稿》卷三 ：“复袁自如。 毛文龙一案若自今日言之。则为过后话不佞之切齿。此蠧盖已极於昔年献俘之日矣。辽人子女六七岁上下者皆充作俘虏。”
崇祯元年十二月，毛文龙言“诸臣独计除臣，不计除奴，将江山而快私忿，操戈矛于同室。”（《明清史料》甲编，兵科抄出钦差平辽便宜行事挂征虏前锋将军印总兵官左军都督府左都督毛文龙奏本）
钱龙锡、陈眉公主张斩毛文龙。
《阅世编》：“崇祯初，华亭钱机山龙锡以相被召，过辞陈眉公继儒。眉公曰：“拔一毛而利天下。”机山莫解所谓，及入都后，经略袁崇焕以诛岛帅毛文龙为请。钱悟曰：“此眉公教我者耶？”亟报可。未几，本朝兵大入，怀宗皇帝深以诛毛为憾，袁至磔而钱论戍，几至不测。盖当时士大夫谒征君者，必强令赠言，不得则不欢，眉公一再让，则缓颊不暇计当否矣。”
“督师袁崇焕，初授大学士钱龙锡意旨，绐杀总兵官毛文龙。”（《崇祯遗录》）
“后钱龙锡因文龙之事议死，其家子弟日至陈继儒家詬詈，盖因继儒献诛文龙之策而致龙锡下狱也。”——（杨士聪《玉堂萃记》）
崇祯背后指使斩毛文龙
《雪庐焚馀》：逆帅之当斩，与先生之主斩， 上業心许之矣。”
《国榷》卷八十九：时朝议忧皮岛毛文龙难驭，大学士钱龙锡过崇焕，语及之，遂定计而去。
《崇祯长编》：“据崇焕所供斩帅一事则龙锡与王洽频以书问之”。
《北使纪略》：“初六日，命备酒席，督师亲诣文龙棺前拜祭云：昨日我奉皇上命斩你，是朝廷法；今日祭你，是本部院情。遂下泪，各官将俱下泪感叹。”
《崇祯长编》：“明日具祭礼，诣文龙柩前拜祭云：昨日斩尔，乃朝廷大法，今日祭尔，乃我辈私情。遂下泪。各将官俱下泪感叹”。
“以堂堂中国，诛杀一将，有何难事，至于行计招往，密谋诛之耶！”——（朝鲜《仁祖大王实录》卷二十一，叶二）
袁崇焕斩毛文龙后，崇祯有圣旨，说一切布置，遵照敕谕，便宜行事。是遵照、遵照、遵照，你要搞清楚。
“毛文龙悬踞海上糜饷冒功朝命【频违节制不受】近提兵进登索饷要挟跋扈有迹犄角无资卿能声罪正法事关封疆安危阃外原不中制不必引罪一切布置遵照【敕谕】听便宜行事。"----崇祯二年六月，《崇祯长编卷之二十三》
崇祯二年六月十八日，奉圣旨：毛文龙悬踞海上，糜饷冒功，朝命频违，节制不受，近复提兵进登，索饷要挟，跋扈叵测，【且通夷有迹】，犄角无资，掣肘贫碍。卿能周虑猝图，声罪正法，事关封疆安危，阃外原不中制，不必引罪。一切处置事宜，遵照勒谕行，仍听相机行。 《恭报岛帅逆形昭著机不容失便宜正法谨席藁待罪仰听圣裁》
内阁指挥袁崇焕斩杀毛文龙。
《闽中理学渊源考》卷76，引《宗伯林平養先生欲楫》载“怀宗立，升礼部尚书掌詹事，朝议诛毛文龙，力言不可，与阁忤，假归三载。召修实录”。就是因为他，反对诛毛文龙，直接被假归三年。
《公槐集》卷3《讲帷记注》，崇祯二年四月十七，姚希孟时为讲官，讲读毕，崇祯召“辅臣曁兵部尚书王洽议东江事，它人莫得闻”。
“兵科给事中宋鸣梧题本...总兵毛文龙，越居皮岛，志怀跋扈，两窥登州，疏语悖诞；按之则恐激叛，听之则实养口，今阁枢机密口笼，牵之而西，督师袁崇焕奉皇上威灵，立斩此弁，隐忧涫矣.”——(明清甲编叶七二三)
朱童蒙力主斩毛文龙。
”然当日毛文龙反迹，副都御史朱童蒙已力言之。假令不杀文龙，以伺消息相通，奸生日久，天下事尚忍言哉？“——《白冤疏》钱家修
茅元仪支持斩杀毛文龙。
茅元仪更视斩帅一事为崇祯圣政，所作《述圣》诗十首其三云“一杆黎花作镇东，不名久己踵桓公。宋家不解君王意，不待新塘始奏功”，下注云：“江东帅毛文龙擅兵海外，先朝诏旨久矣不名，畏上威灵，为督师所戮，不敢动”。
