崇祯元年八月，后金皇太极征蒙古，袁崇焕派兵与后金军，战于黄泥洼，而毛文龙即以飘风为由，称兵登州窥探。
《满文老档》：天聪二年八月，初七日，汗御殿，赐奈曼部贝勒洪巴图鲁号为达尔汉，扎鲁特部台吉喀巴海号为卫徵。赐号之缘故，即洪巴图鲁、喀巴海台吉以察哈尔汗不道，欲依傍天聪汗，俱来归附。後出征察哈尔阿喇克绰特部，杀其台吉噶儿图，俘获人口七百，以所获献汗。
“更有異者文龍近以漂風為名突至登州夏家疃上岸續到多舡見在登萊沿海窺探不知意欲何為。”——《崇祯长编》崇祯元年八月
《国榷》：“崇祯元年八月，庚戍，贱虏犯黄泥洼。袁崇焕令总兵官祖大寿击却之，斩百八十级，获骡马二十。”
“八月丁未，清兵攻黄泥洼，袁崇焕令总兵官祖大寿御之。”—— 《崇祯实录》
“兵科給事中許譽卿劾毛文龍擅離汛地潛入登萊責令據寔回奏從之”。——《崇祯长编》崇祯元年八月
“前锋总兵祖大寿战于黄泥洼，以捷闻”。——《崇祯长编》
崇祯元年九月，孙国桢因毛文龙称兵登州之事，被罢职，同月，毛文龙与后金勾结，迎王子登上皮岛，与后金王子登共谋，后来，毛文龙被崇祯、内阁、袁崇焕合谋诛杀后，王子登又与毛文龙旧将密谋，崇祯五年，公开宣布叛明造反。
《满文老档》：“王子登即於九月二十一日起行，二十九日抵皮岛。抵达之後，毛都督以绸缎、银牌、衣帽赏之，并即奏於明帝，对以总兵官之职，朝夕共同议事。”
崇祯长编，崇祯五年十二月：
“山东抚按朱大典（奏），初毛承禄守水城，孔有德守大南城，耿仲明守大城西，李九成守大城东，九成死，以王子登代之，城中衢路不许山东人及南人往还。”
崇祯元年九月，瞿式耜就弹奏毛文龙，一言即中，
崇祯元年九月十二日，户科给事中瞿式耜在所上《端用人之源疏》中说：“……而毛帅之设，为牵制虏酋也。试观文龙在海外数年，糜费朝廷数百万金钱，曾有一缕之功在封疆乎？曾有一旅之师蹑虏之尾乎？曾有一奇之出间虏之心腹乎？而日报捷音之鬼语,屡献自降之俘卒，杀戮无辜，诳欺君父。”
户科给事中瞿式耜弹劾孙国桢袒护毛文龙：“至以同乡故暱比毛文龙，一如俞咨辜受其馈献，殆无虚月，任文龙冒饷欺君，即如擅离皮岛，闹入登镇，此军机重事，何不入告，仅以一二塘报涂饰中外耳目，岂香火情重，封疆念轻，知参貂之饵而不顾猫鼠之眠耶？登莱何地，可令贪黩之夫滥节旄也”。孙国桢遂被罢，后名列逆案。（《忠宣公集》卷2掖垣疏草《先剔遗奸疏》）
崇祯二年四月，
毛文龙又一次称兵登州，崇祯与内臣言言处罪东江毛文龙，朝鲜收到消息，明廷议毛文龙日久作乱。
“近且有牧马登州、取南京如反掌等语。据登莱道申报，岂堪听闻！”《蓟辽督师袁崇焕题本》
《公槐集》卷3《讲帷记注》，崇祯二年四月十七，姚希孟时为讲官，讲读毕，崇祯召“辅臣曁兵部尚书王洽议东江事，它人莫得闻”。
崇祯二年，《朝鲜王朝实录 仁祖大王实录》仁祖七年四月二十七日：壬子/毛文龍領兵船四十艘, 向登州。 是時，中國疑文龍居外,，久必作亂， 議塞登州之路，文龍稱以當與袁軍門面議軍務，遂行。
兵科给事中宋鸣梧题本...总兵毛文龙，越居皮岛，志怀跋扈，两窥登州，疏语悖诞；按之则恐激叛，听之则实养口，今阁枢机密口笼，牵之而西，督师袁崇焕奉皇上威灵，立斩此弁，隐忧涫矣.(明清甲编叶七二三)
袁崇焕正在谴派大军攻打奴军，崇祯临时即将袁崇焕诏入宫，崇祯问袁崇焕，为什么杀毛文龙，袁崇焕答不了，因为，是崇祯本人与内阁受机密斩杀毛文龙的。
周文郁《边事小纪》卷一，辽师入卫纪事：“十二月一日，正在谴发等追摄，而忽报招公与祖帅。公等戎服趋命。酉刻，祖帅出，闻公已下召狱。随有内臣车应祥奉命谕辽东将士，将士放声大哭。从此人心惊惧，不复有固志矣。余时暂主旗鼓，非专司兵马，既不能力歼狂奴以赎公罪，又不能长扣九阍以白公心。遂于二日，护持敕剑符节回山海。初四日，辽兵惊溃而东。其前所守各州，县兵将，亦咸生猜忌，间有径自驱逐者。”
《国榷》卷九十：召袁崇焕、祖大寿、满桂、黑云龙于平台。崇焕方遣副总兵张弘谟等蹑敌，闻召议饷，入见。上问以杀毛文龙、今逗留，何也？并不能对，命下锦衣狱。赐桂等馔，随遣太监车天祥慰谕辽东将士。命满桂总理援兵。节制诸将。
十二月申（辛）夜朔，…召袁崇焕、祖大寿、满桂、黑云龙于平台。崇焕方遣副总兵张洪谟等蹑口，闻召议饷，乃入见；上问以杀毛文龙，今反逗留，何也？不能对。命下锦衣狱。——《崇祯实录》
因为，袁崇焕守口如瓶，不说为什么杀毛文龙，背了斩毛文龙之锅。不久，朝议解救袁崇焕，崇祯也息恕了，所以，听说袁崇焕有疾病，崇祯让御医为袁崇焕治病。
《朝天日记》：“今则朝议救解，圣怒颇释，至赐衣衾，闻有病患，使御医赐药调治。”
后来，袁崇焕竟然说出他受钱龙锡与王洽的意思，斩杀毛文龙的，而崇祯又与钱龙锡密言过，是暗将主谋崇祯供了出来，崇祯大怒，要将袁崇焕千刀万剐。
钱龙锡更是直接将杀毛文龙之事，说是崇祯圣旨，还暗指韩爌也参与了指示诛杀毛文龙，更暗指崇祯的指示。
崇祯即咬定就是钱龙锡与袁崇焕两个人干的，不关他与韩爌的事。
《崇祯长编》：“据崇焕所供斩帅一事则龙锡与王洽频以书问之”。
《雪庐焚馀》：逆帅之当斩，与先生之主斩， 上業心许之矣。”
《北使纪略》：“初六日，命备酒席，督师亲诣文龙棺前拜祭云：昨日我奉皇上命斩你，是朝廷法；今日祭你，是本部院情。遂下泪，各官将俱下泪感叹。”
事后，大家也知道了，崇祯将袁崇焕千刀万剐，流放钱龙锡，毛文龙罪不准翻案，袁崇焕死后，毛文龙还是通夷有迹汉奸罪臣。
《国榷》：“八月 癸亥，杀督师太子太保兵部尚书袁崇焕。上御暖阁，先辅臣成基命等入对。久之，出。御平台。文武诸臣俱入，谕曰：袁崇焕付托不效，专事欺隐。市粟谋欵，纵敌不战。散遣援兵，潜携喇嘛僧入城。卿等已知之，今法司罪案云何？诸臣顿首惟命。上曰：依律家属岁十六以上斩，十五以下给功臣家为奴。今特流其妻子、兄弟，余不问。辅臣顿谢。上问：诸臣更何言？辅臣曰：其罪不宥。遂命刑部侍郎涂国鼎监决。因戒群臣洗心涤虑，毋仍前欺罔。”
崇祯下令磔杀，先应该阁臣拟旨。
至是圣谕：“袁崇焕谋叛欺君，结奸蠹国。斩帅以践虏约，市米以资盗粮。既用束酋，阳导入犯。复散援师，明拟长驱。及戎马在郊，顿兵观望。暗藏夷使，坚请入城，意欲何为？致庙社震惊，生灵涂炭。神人共忿，重辟何辞？其家属本当依律正法，姑赦不论。妻子流二千里，安置福建。财产尽没入官。”（《国榷》）
《崇祯长编》：“崇祯三年八月癸亥（十六日）未刻，上御平台。召辅臣并五府六部、都、通、大、翰林院记注官四员、吏科等科、河南等道、掌印官及总恊、锦衣衞堂上官俱入。谕以袁 崇 焕付托不效，专恃欺隐。以市米则资盗，以谋欵则斩帅。纵敌长驱，顿兵不战。援兵四集，尽行遣散。及兵薄城下，又潜携喇麻，坚请入城。种种罪恶。命刑部会官磔示。依律家属十六以上处斩，十五以下给功臣家为奴。今止流其妻妾子女及同产兄弟于二千里外，余俱释不问。”
袁崇焕下狱，钱龙锡上奏，说得意思很明了，杀毛文龙你崇祯也有份，斩毛后，韩鑛、次辅李标和我一起阅读，袁崇焕说问过我，说我低徊一语，我本人欲想专门写一封奏疏，辩明此事，我就本来就是无心的，毛文龙的功罪，举朝都是共知的，首辅拟好诏书了，我再上疏，岂不是与你崇祯的圣意相混杂了，却还会横生枝节，所以，坦然心里很安定，没有顾虑的置之不理。
“传到阁部，臣与首辅韩鑛、次辅李标一起阅读，发现其上面有‘龙锡低徊一语’，臣本欲专门写一封奏疏辩明此事，转念当时臣之应答本无心，而毛文龙之功罪举朝共知，首辅已拟诏书稳定东江军心，臣若写这样一封奏疏岂不是与圣意相混却又横生枝节？所以才坦然置之不理。”——《崇祯长编》
“华亭（钱龙锡）又大发大议论暗刺蒲州（韩爌） 蒲州遂从此注藉去志决矣”。
——《公槐集》
“龙锡以近密重臣暗结边逆 谋款斩帅 曾无一字奏朕 欺君致寇 戕害生灵 死有余辜”。——《草疏》
“崇祯三年九月 锦衣衞佥书都指挥使张道濬疏紏钱龙锡主张罪督袁崇焕斩帅讲欵并及文震孟毛羽健诬罔奸欺之罪帝谓朋比欺罔者自有裁处文震孟不必苛求。”——《崇祯长编》
袁崇焕死后，毛文龙还是通夷有迹的汉奸罪臣。
崇祯二年六月十八日，奉圣旨：毛文龙悬踞海上，糜饷冒功，朝命频违，节制不受，近复提兵进登，索饷要挟，跋扈叵测，【且通夷有迹】，犄角无资，掣肘贫碍。卿能周虑猝图，声罪正法，事关封疆安危，阃外原不中制，不必引罪。一切处置事宜，遵照勒谕行，仍听相机行。 ——《崇祯长编》
“原任东江游击周文煌疏请毛文龙恤典，戊申，吏部奏言：『皇上命汰冗员，臣以为莫先於清廕。两京三品以上及疆埸大吏例廕其子，念其祖父劳勩也；乃父兄罪削，子弟恩廕如故。夫廕以酬劳臣，非恤罪臣也。宜命验封司清核，以杜侥幸』。上是之，夺毛文龙世廕，毛云龙除名。”——《崇祯实录》
崇祯后来也知道自己杀错了袁崇焕，有些过意不去，当杨嗣昌上奏，怕卢象升，必重蹈袁崇焕覆辙之祸，崇祯爽快回旨，说卿殚忠决策，前后屡疏甚明，朕所深鉴。
另外，崇祯还加一条，如有其人再有害袁崇焕那样，散布流言蜚语，一抓到，就以奸细重究。
《杨文弱先生文集》：“ 无奈人心不同，难端遂作。始而耸动督臣，谓一日不战，流言四起，纵敌养寇，必蹈袁崇焕之祸。臣于遵旨面上疏内直达上闻，以为仰祈天鉴。可释督臣之疑，从此专心办事矣。
崇祯回旨：卿殚忠决策，前后屡疏甚明，朕所深鉴。其控播巧讹，著缉拿，即以奸细重究。该部知道。”
