生信分析中，对软件无法识别的蛋白质序列中U（硒代半胱氨酸）的处理

问题描述

我尝试在某一细菌全基因组中扫描某一功能基因的conserved motif，工具为MEME平台的FIMO模块。结果显示出报错信息，大意为蛋白序列包含不能识别的氨基酸U，分析无法继续进行。

解决办法

直接将U替换为X，或者删除含有U的序列片段（在不影响目标蛋白序列分析的前提下）。

问题延伸

生物化学课本写道，氨基酸U为22种已知蛋白质氨基酸的一类，名为硒代半胱氨酸。其与吡咯赖氨酸O一起，被视为20种常见蛋白质氨基酸之外的特殊氨基酸。硒代半胱氨酸参与含硒蛋白质的合成，与碘缺乏症（克山病）有关。可能由于其是新发现的，因此似乎不能为一些软件或软件的较老版本所识别。比如，在使用FIMO平台的本地版时，软件直接将U替换为X，并返回最终结果；而在FIMO的在线版本上，U的存在直接无法分析。

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