转录调控网络（TRN）的重建是人类遗传学中的长期挑战。已经开发出许多计算方法来从高通量数据推断人类转录因子（TF）和靶基因之间的调控相互作用，TRRUST是迄今为止，最大的可公开免费获得的人类TF-靶标相互作用的数据库。接下来我们来认识TRRUST吧！

TRRUST，全称Transcriptional Regulatory Relationships Unraveled by Sentence-based Text mining。它是人工注释的转录调控网络数据库，TRRUST不仅包含转录因子对应的靶基因，也包含了转录因子间的调控关系。所提供的TF-target互作信息能够避免TF-target互作信息假阳性高。TRRUST目前包括两个物种：人和小鼠，分别包含800个人类TF和828个小鼠TF的8,444和6,552个TF目标调节关系。它们源自11237篇发表的文章，其中描述了转录调控的小规模实验研究。为了有效地从超过2000万篇发表的文章中搜索监管关系，我们使用了基于句子的文本挖掘方法。TRRUST数据库还提供调节模式（激活或抑制）的信息，已知有8,972个调控信息，占比59.8％。

TRRUST//www.grnpedia.org/trrust/

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从首页我们可以看到，TRRUST的导航栏分为三个部分，第一部分是ABOUT TRRUST，第二部分是SEARCH,第三部分是DOWNLOAD，接下来重点介绍TRRUST的SEARCH模块。Part 1Search a gene in TRRUST database这里可以查询转录因子的靶基因：

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在搜索框选好物种后输入基因（TF基因和非TF基因都支持），点击提交即可。

PS：如果输入的基因本身是编码转录因子的基因，则会输出该转录因子的靶基因、调控该转录因子的其他转录因子等内容。如果输入的基因不是转录因子，则只会输出调控该基因的转录因子。

本次以BRCA1基因（实际使用请替换成自己感兴趣的基因）、物种选人，作为演示，搜索返回结果会显示：该基因是否可以作为转录因子，Targets and Regulators、Other TFs that share targets with BRCA1、 Diseases / Pathways associated with BRCA1内容，如下：

Targets and Regulators

这里会显示TF的基本信息（TF-target、调控类型（激活还是抑制），以及调控关系的支持文献），以及BRCA1靶基因的功能网络图。

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还有调节BRCA1的TF列表（转录因子作为蛋白，自身的转录会也受到其他转录因子的调控），BRCA1调节基因的蛋白质相互作用网络。TRRUST中的TF-靶对高度富集，这些相互作用是根据高通量数据推断出的得分得到的。

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Other TFs that share targets with BRCA1

这一部分展示的与BRCA1共享靶基因的其他TF列表，以及BRCA1协同TF之间的蛋白质相互作用网络。

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Diseases / Pathways associated with BRCA1

这一部分内容主要是展示与BRCA1相关的疾病/途径。

①与BRCA1相关的疾病：

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②与BRCA1相关的KEGG途径：

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③与BRCA1相关的基因本体论生物学过程术语：

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以上的表格以及图片都是可以免费下载的。

Part 2Find key regulators for query genes

这里可以查找目标基因的关键调控因子：

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在搜索之前，我们需要先选择物种（人或鼠），提交一组针对功能/途径/表型的基因。（最小值= 5，最大值= 500）每个基因名称必须用逗号，制表符，空格或换行符分隔。输入格式可以是Entrez基因ID（79923）或基因符号（NANOG）

本次示例基因集为：

ACLY, ADCY1, AGR3, ATRNL1, CA12, CCDC68, CENPK, CXCL12, DKC1, ESR1, FAM198B, FOS, KIF3A, MYC, NEK7, NPY1R, PGR, PRSS23, RAMP3, RASGRP1, RET, RHOBTB1, RLN2, SGK1, SLC11A2, ST8SIA4, STC2, SYBU, SYTL5, THBS1, TMEM164, TMEM65, TMEM87B

结果会返回三部分内容，分别是有效查询基因、无效查询基因、查询TRRUST（12）中包含的基因及其表格，展示内容如下：

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可以看到，表格中分别展示关键转录因子、描述、重叠基因数和P值以及FDR。搜索结果表示找到了26个转录因子，ESR1调控了其中的6个基因，排名第1，说明ESR1是调控这一组基因的关键转录因子。

最后，网站提供的下载内容，而且提供了tsv格式，方便直观，如下：

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使用TRRUST数据库，我们可以很方便地查询与任意一个基因相关的转录调控，还可以查询调控一组基因的关键转录因子。细心的朋友可能已经发现了，TRRUST还具有几个实用的小功能：

i）有关调节模式的信息；

ii）测试查询TF的目标模块化；

iii）测试查询目标的TF合作性；

iv）关于查询TF的协作TF的推论；

v）通过查询TF优先考虑相关的途径和疾病。

网站虽小，但是提供的信息还是丰富的。到今天就介绍到这里了，祝大家使用愉快！

References：

TRRUST v2: an expanded reference database of human and mouse transcriptional regulatory interactions. Nucleic Acids Research 26 Oct, 2017

作者：科研风暴
链接：https://www.jianshu.com/p/e5500f625579