作者，Evil Genius
在上一篇提到了NGS报告的主体部分，这一篇我们要做一些报告解读上的补充。
首先第一点，MSI
MSI上一篇提到主要跟免疫疗法的效果有关，但是在实际过程中MSI还可以判定林奇综合征患病风险、预测肠癌化药疗效及预后，检测中的靶向panel包含了需要检测的MSI位点。
FDA批准帕博利珠单抗用于MSI-H(或dMMR）的实体瘤患者；批准纳武利尤单抗用于不可切除或转移性的MSI-H (或dMMR)的结直肠癌患者治疗。
微卫星不稳定性（MSI）算法描述
- a.通过靶向测序综合对比panel（102）中的微卫星位点分析得出MSI状态；
- b.有对照样本：每个SSR位点与对照组该位点进行拟合优度检验，当P<0.001且此SSR位点检测到的DNA片段数量>20时，此SSR位点计为不稳定的SSR位点；仅肿瘤样本：每个SSR位点进行信息熵计算，当H>0.4且此SSR位点检测到的DNA片段数量>20时，此SSR位点计为不稳定的SSR位点；
- c.不稳定SSR位点达到20%的样本标记为MSI-High（cfDNA达到20%标记为MSI-High）。
第二点，免疫正负相关基因，与MSI、TMB一起，预测免疫治疗药物疗效。目前市面上680或者641基因的检测包含了21个免疫正相关基因和10个免疫负相关基因，如下：
免疫治疗正相关基因检测
| 检测基因 | 临床意义 | 主要相关癌种 | 参考文献PMID |
|---|---|---|---|
| MSH2 MSH3 MSH6 MLH1 PMS2 | DNA错配修复基因。这类基因体细胞或胚系突变或表观遗传沉默的功能缺失性突变可能导致错配修复缺陷(dMMR)。一项涉及15种实体瘤类型的临床试验提示，存在微卫星高度不稳定(MSI-H)或错配修复缺陷(dMMR)的肿瘤患者对帕博利珠单抗(pembrolizumab)治疗响应率较高。FDA批准帕博利珠单抗用于MSI-H(或dMMR)的实体瘤患者；批准纳武利尤单抗用于不可切除或转移性的MSI-H(或dMMR)的结直肠癌患者治疗 | 实体瘤 | 以药物临床 试验期数据 为主要参考 |
| POLD1 | 携带POLD1基因突变的肿瘤患者免疫治疗效果可能较好 | 非小细胞肺癌 | 25765070 |
| POLE | 携带POLE失活性突变、包括核酸外切酶结构域(exonuclease [proofreading] domain)突变的肿瘤患者可能对抑制剂更敏感 | 结直肠癌 子宫内膜癌 非小细胞肺癌 | 28404093 27159395 25765070 |
| CDK12 | CDK12失活的前列腺癌患者对免疫检查点抑制剂治疗可能更敏感 | 前列腺癌 | 29906450 |
| KRAS | 携带KRAS基因突变的非小细胞肺癌患者，对PD-1抑制剂治疗更为敏感 | 肺腺癌 | 28039262 |
| TP53 | 携带TP53基因突变的非小细胞肺癌患者，对PD-1抑制剂治疗更为敏感 | 肺腺癌 | 28039262 |
| PBRM1 | 携带PBRM1功能缺失突变的肾透明细胞癌患者，在接受PD-1/PD-L1抑制剂治疗后获益明显 | 肾透明细胞癌 | 29301960 |
| ATM ATR BRCA1 BRCA2 BARD1 PALB2 CHEK2 MDC1 FANCA RAD50 | DNA同源重组修复（HRR）基因，同源重组修复是DNA损伤修复（DDR）中的重要机制之一，如果相关基因发生突变肿瘤更易出现高TMB状态。一项回顾性研究提示，携带DDR突变的尿路上皮癌患者更易从PD-1/PD-L1抑制剂治疗中获益 | 肺癌黑色素瘤 尿路上皮癌 | 29489427 25765070 26997480 2018 ASCO |
免疫治疗负相关基因检测
| 检测基因 | 临床意义 | 主要相关癌种 | 参考文献PMID |
|---|---|---|---|
| MDM2 MDM4 | 在接受免疫检查点抑制剂治疗的实体瘤患者中，快速进展组MDM2/4基因扩增检出率远高于未扩增患者，推测此类突变可能会影响免疫治疗效果 | 肺癌 膀胱癌 乳腺癌 黑色素瘤 | 28351930 |
| DNMT3A | 在接受免疫检查点抑制剂治疗的实体瘤患者中，快速进展组更易检出DNMT3A突变，预测此类突变可能会影响免疫治疗效果 | 实体瘤 | 28351930 |
| JAK1 JAK2 | 在PD-1抑制剂治疗耐药的黑色素瘤、结直肠癌患者中，检出JAK1/2基因的功能缺失突变，预测此类突变可能会影响免疫治疗效果 | 结直肠癌 黑色素瘤 | 27903500 27433843 |
| B2M | 在PD-1和CTLA4抑制剂的队列研究中，疾病进展组检出B2M失活突变，失活方式包括点突变、片段缺失和LOH(杂合性缺失)，预测此类突变可能会影响免疫治疗效果 | 黑色素瘤 非小细胞肺癌 | 28302866 29070816 27433843 |
| EGFR | EGFR突变通过上调PD-1、PD-L1和CTLA-1的表达，可以启动免疫逃逸。携带EGFR激活突变的非小细胞肺癌患者，在接受PD-1/PD-L1抑制剂治疗时，客观缓解率较低，更易出现快速进展 | 非小细胞肺癌 | 28351930 27225694 |
| ALK | 携带ALK重排突变的非小细胞肺癌患者，在接受PD-1/PD-L1抑制剂治疗时客观缓解率较低 | 非小细胞肺癌 | 27225694 |
| STK11 | 有研究报道，接受PD-1抑制剂治疗时，携带STK11突变的非小细胞肺癌患者比STK11野生型患者的无进展生存期更短。但另有试验采用 bemcentib + pembrolizumab 治疗晚期非小细胞肺癌的II期临床试验中，3名STK11突变的患者表现出客观的临床疗效/临床益处 | 非小细胞肺癌 | 29773717 |
| PTEN | PTEN缺失会降低肿瘤部位的T细胞浸润，与PD-1抑制剂疗效差相关 | 黑色素瘤 非小细胞肺癌 | 26645196 |
第三点，同源重组修复基因，主要是来预测PARP抑制剂药物疗效。
PARP抑制剂是一种能够影响癌细胞的自我复制方式的医学用剂。PARP抑制剂可以使乳腺癌药物有效地发挥作用，这种药物还可以治疗卵巢癌、前列腺癌以及胰腺癌等拥有相同“流氓基因”的遗传性癌症。
PARP抑制剂通过抑制肿瘤细胞DNA损伤修复、促进肿瘤细胞发生凋亡，从而可增强放疗以及烷化剂和铂类药物化疗的疗效。这种药物利用遗传性乳腺癌的“致命弱点”展开攻击。这一弱点由被称之为“BRCA1”的基因缺陷所致，限制了癌细胞修复受损DNA的能力。
此项研究让这种药物可以用于不存在这种遗传缺陷的肿瘤，方式是有效“复制”这种缺陷。在对患有肺癌的老鼠进行实验时，研究人员发现抑制一种名为“Cdk1”的分子便可遏制DNA修复。根据《自然医学》杂志的报道，在接受PARP抑制剂治疗后，这种药物成功缩小老鼠肿瘤。
同源重组修复（HRR）基因突变检测
检测基因
ATM ATR BARD1 BLM BRCA1 BRCA2 BRIP1 CDK12 CHEK1 CHEK2 FANCA FANCL MRE11A NBN PALB2 RAD51 RAD51B RAD51C RAD51D RAD54L RBBP8 SLX4
临床解读
BRCA1和BRCA2：NCCN指南推荐BRCA1/2基因胚系和/或体细胞突变的卵巢癌、输卵管癌、原发性腹膜癌患者使用奥拉帕利（Olaparib）和芦卡帕尼(Rucaparib)；推荐BRCA1/2基因胚系突变的乳腺癌患者使用奥拉帕利和他拉唑帕尼（Talazoparib）；推荐携带BRCA1/2致病突变（胚系或体系）的前列腺癌患者使用芦卡帕尼。
其他 HRR 基因：CHEK1/2、BRIP1、CDK12、ATM/ATR、FANCA、MRE11A、NBN、RAD51、RAD51B/C/D、RAD54L、PALB2、BLM、BARD1等基因参与同源重组(HR)修复过程。NCCN指南推荐携带HRR基因致病突变（胚系或体系）（如BRCA1/2、ATM、BARD1、BRIP1、CDK12、CHEK1/2、FANCL、PALB2、RAD51B/C/D、RAD54L基因）的前列腺癌患者接受奥拉帕利治疗。
多项临床研究表明携带HRR基因缺陷的患者可从PARP抑制剂治疗中获益（PMID: 26510020；28588062；2015 EMSO ECC Abstract 435；2015 ASCO Abstract 5508；ESMO 2019 TRITON2 Updated Analyses；2019 ASCO Abstract 3006；ESMO 2019: GALAHAD）。
PARP抑制剂用于治疗携带HRR基因缺陷实体瘤患者（包括乳腺癌、前列腺癌、黑色素瘤、非小细胞肺癌）的临床试验正在开展（NCT03344965；NCT03967938；NCT03742895；NCT02952534；NCT04171700；NCT02401347）。
第四点，化疗单核苷酸 多态性位点检测
其主要的目的是预测40种化疗及其他相关药物/方案有效性及毒副作用
化疗及其他相关药物/方案相关位点检测详细列表
所以化疗在推荐用药的时候就需要结合NGS检测出来的基因型进行判定。
第五点、肿瘤遗传易感基因检测
主要是预测多种肿瘤的遗传风险,这里主要是胚系突变，如果我们只检测了肿瘤样本，该部分没有结果。但是在遗传性解读报告中是重点。
1.肿瘤遗传易感筛查共涉及112个肿瘤相关基因。
2.胚系突变是指在胚胎发育时已经携带的突变，存在于生殖细胞内具有遗传特质，构成人与人的遗传多样性。
3.胚系突变临床意义的判断参照美国医学遗传学和基因组学学院( American College of Medical Genetics and Genomics , ACMG）相关指南，分为5类：pathogenic--致病、likely pathogenic--疑似致病、benign--良性、likely benign--可能良性、uncertain significance--意义不明。
