RNAEditor属于环境配置较为复杂的软件，用conda创建独立的运行环境：conda create -n RNAEditor python=2.7。接下来的安装参考官方网站rnaeditor.uni-frankfurt.de/install.php，一定要注意Required Software的安装路径（/usr/local/bin/），安装路径决定了RNAEditor的输入文件configuration.txt里的sourceDir。接下来从官网给的链接下载Required Software就可以，在根据运行RNAEditor报错调整Requried Software的位置，不断尝试，就会成功。
至于configuratoin.txt的文件可以从官网rnaeditor.uni-frankfurt.de/download.php下载，但基因组文件（.fa）、注释文件（.gtf）都推荐自己选择。选择之后需要进行一些操作，建立索引：bwa index genome.fa; samtools faidx genome.fa; 使用genome.fa创建genome.fai；因此他们可以根据genome.fa和genome.fai从任何区域提取序列；为genome.fa创建字典，这是GATK对genome.fa的一个要求：java -jar /usr/local/bin/picard-tools/CreateSequenceDictionary.jar REFERENCE=genome.fa OUTPUT=genome.dict；其他的数据路如dbSNP、ESP、HAPMAP、Alu区域等从RNAEditor下载。如果是双端测序文件需要更改configuratoin.txt中paired = FALSE为paired = TRUE。
运行RNAEditor参考子宫内膜癌的RNA editing数据分析 - 简书 (jianshu.com)
