DNA甲基化研究
（1）RRBS项目：DNA甲基化+转录组等多组学分析揭示IDH1-R132H突变加剧顺铂诱导肾毒性
期刊：Cell Death & Differentiation 影响因子：IF 13.7 样本：小鼠 细胞
本研究通过简化基因组甲基化测序（RRBS）和对应的转录组测序（RNA-seq）分析发现IDH1-R132H突变会使得NDUFA1启动子区甲基化增加，导致其表达下调，抑制了NDUFA1和FSP1之间的相互作用，从而影响FSP1在线粒体中的定位及其将泛醌还原为泛醇的能力，线粒体ROS和脂质过氧化物的积累，进而加剧顺铂诱导的肾小管上皮细胞氧化损伤和铁死亡。这一研究揭示了IDH1-R132H突变在顺铂诱导的肾损伤中的关键作用，提示靶向NDUFA1和FSP1之间的相互作用可能是防止顺铂诱导肾毒性的治疗策略，为携带IDH1-R132H突变的肿瘤患者提供更个性化的治疗策略，以减少肾损伤的发生。
（2）scRRBS项目：单细胞甲基化+转录组多组学分析揭示哺乳期母体低蛋白饮食对子代的跨代传递
期刊：Journal of Genetics and Genomics 影响因子：IF 6.6 样本：小鼠 卵母细胞
本研究利用母体哺乳期低蛋白饮食（LPD）小鼠模型，展示了母体LPD在哺乳期会导致存活率下降和生长迟缓，显著减少排卵和窝仔大小，并改变雌性LPD子代的新陈代谢、肠道微生物组和卵母细胞转录组。LPD-F1中期II（MII）卵母细胞转录组测序分析结果表明，差异表达基因在女性妊娠和多个代谢过程中富集。母体LPD导致早期生长迟缓并损害代谢健康，这些影响可以传递超过两代。研究还利用采用单细胞简化基因组亚硫酸盐测序 （scRRBS）来分析LPD和LPD-F1卵母细胞甲基化模式变化部分可以传递给F2卵母细胞，阐明哺乳期间母体营养如何影响子代的生殖细胞 DNA 甲基化，从而探索跨代传递机制。总之，本研究结果揭示了LPD在哺乳期通过卵母细胞表观遗传变化跨代传递影响子代健康。
（3）微量WGBS项目：微量DNA甲基化分析揭示MeCP2在卵子发生和卵巢衰老中的表观遗传调控
期刊：Cellular and Molecular Life Sciences 影响因子：IF 8 样本：小鼠 卵母细胞
本研究通过对野生型ICR小鼠和转基因小鼠的一系列比较分析结果表明，MeCP2蛋白在原始卵泡和初级卵泡中高表达，但在次级卵泡中几乎检测不到。但在衰老卵巢中，卵母细胞和颗粒细胞中的MeCP2蛋白显著增加。生长中的卵母细胞中的MeCP2过表达会导致转录失调、DNA高甲基化和基因组不稳定，最终导致卵泡生长停滞和凋亡。DCAF13是Cullin 4-RING（CRL4）E3连接酶的底物识别接头，可以靶向MeCP2，并在细胞和卵母细胞中被多泛素化以进行降解。Dcaf13基因敲除的卵母细胞表现出MeCP2蛋白积累，并且在MeCP2敲低后部分挽救了由Dcaf13缺失诱导的卵泡生长停滞。RNA-seq结果揭示生长中的卵母细胞中，大量基因受DCAF13-MeCP2轴调控。本研究表明，CRL4DCAF13E3泛素连接酶靶向MeCP2进行降解，以确保生长中的卵母细胞中正常的DNA甲基化和转录。此外，在衰老的卵泡中，观察到DCAF13和DDB1蛋白的死亡，表明了一种潜在调控卵巢衰老的新机制。
RNA甲基化研究
（1）m5C RNA-BS项目：RCMS编辑系统在特定细胞RNA位点的靶向m5C甲基化和去甲基化研究
期刊：Nucleic Acids Research 影响因子：IF 16.6 样本：细胞
本研究作者开发了一种基于CRISPR-Cas13d的编辑系统，名为重编程m5C修饰系统（RCMS），用于特定转录本中的靶向m5C甲基化和去甲基化。通过m5C RNA-BS等分析揭示RCMS编辑系统能够精确地在特定RNA位点添加或去除m5C修饰，改变细胞转录本稳定性。
（2）m5C RNA-BS项目：NSUN2介导m5C修饰代谢重编程促进结直肠癌进展
期刊：Advanced Science 影响因子：IF 14.3 样本：人 肾细胞
本研究通过RNA-BS等分析鉴定出m5C甲基转移酶NSUN2在CRC中表达水平升高及其在结直肠癌（CRC）中的致癌作用，以及潜在的遗传和分子机制。NSUN2诱导的代谢重编程以m5C依赖性方式调控ENO1表达增强葡萄糖代谢，导致CRC细胞中乳酸产生增加。此外，乳酸不仅通过组蛋白H3K18乳酸化（H3K18la）激活NSUN2转录，还诱导NSUN2在Lys356残基（K356）发生乳酸化，这对于捕获靶RNA和ENO1 mRNA m5C修饰至关重要。
（3）m6A项目：MeRIP-seq+RNA-seq揭示不同品种猪肌肉发育的m6A RNA甲基化差异
期刊：cells 影响因子：IF 5.1 样本：仔猪 肌肉细胞
本研究鉴定了大约克猪（Large White, LW）和宁乡猪（Ningxiang, NX）不同品种新生仔猪肌肉发育过程中的差异表达基因，并通过MeRIP-seq绘制了m6A甲基化模式。研究结果表明，m6A修饰在肌肉发育的新生仔猪阶段调控肌肉细胞发育、肌原纤维、细胞周期和磷酸酶调节活性。且LW和NX猪中差异表达基因主要富集在参与蛋白质合成通路中。对MeRIP-seq和RNA-seq数据进行联合分析，共鉴定出27个差异表达且m6A修饰基因。还鉴定出一种典型的肌肉特异性包膜跨膜蛋白WFS1，在LW和NX猪中通过m6A修饰被差异调控，进一步揭示了m6A修饰以YTHDF2依赖方式加速了WFS1降解。最后鉴定了WFS1最后一个外显子中的C21551T导致m6A甲基化变化，从而影响LW和NX猪中的WFS1表达水平差异。本研究对NX和LW猪在新生仔猪肌肉发育期间的m6A修饰进行了全面分析，并阐明了m6A修饰对这两个品种WFS1差异表达的调控机制。
DNA与蛋白互作
（1）ChIP-seq项目：HPV编码的环状RNA circE7促进头颈部鳞状细胞癌免疫逃逸
期刊：Nature Communications 影响因子：IF 14.7 样本：人肿瘤组织、小鼠
本研究通过整合23对头颈鳞癌（HNSCC）肿瘤样本及其邻近正常组织，以及105个HNSCC患者的石蜡包埋样本，结合细胞和动物实验、体内外实验，揭示circE7通过表观遗传机制下调LGALS9基因（编码Galectin-9蛋白），从而抑制T细胞功能和活性，进而促进HNSCC免疫逃逸。
（2）ChIP-seq项目：c-di-AMP与DasR互作以调控细菌生长、发育和抗生素合成
期刊：Nature Communications 影响因子：IF 14.7 样本：红霉素生产菌
该研究将生产红霉素的红霉素生产菌（红霉糖多孢菌，Saccharopolyspora erythrae）中的DasR鉴定为c-di-AMP的靶标，从而揭示c-di-AMP与该细菌中GlcNAc信号之间的直接联系。研究还表明c-di-AMP结合刺激了DasR介导的GlcNAc摄取和利用抑制，并描述了c-di-AMP介导形成c-di-AMP连接的DasR二聚体形成的分子机制。由于GntR家族调控因子以二聚体形式与DNA互作，因此DasR的有效二聚体化激活了DasR对其目标调控子的调节。具体来说，DAC活性受到DasR的直接转录调控，从而形成调控环，调控从营养状态到形态分化和抗生素合成的完整信号级联。最后，系统发育分析和体外实验进一步表明，c-di-AMP通过变构调节发挥全局调控作用，并通过DasR介导的信号整合在产生c-di-AMP的放线菌中可能是保守且必需的。
单细胞转录组
Smart-seq2项目：单细胞转录组测序揭示光疗通过脑膜淋巴系统改善阿尔兹海默症（AD）和衰老
期刊：Nature Communications 影响因子：IF 14.7 样本：小鼠 海马体
脑膜淋巴管（MLV）参与淀粉样蛋白β（Aβ）的清除，被认为是阿尔茨海默病（AD）的潜在治疗靶点。本研究基于MLV的表层空间分布，采用近红外光调节淋巴引流，显著改善老年小鼠和AD（5xFAD和APP/PS1）小鼠的认知，并通过减少aβ沉积、神经炎症和神经元损伤等来改善AD相关病理。此外透射电子显微镜成像和RNA测序（Smart-seq2）数据表明，通过光调节改善了脑膜淋巴管内皮细胞（MLEC）的线粒体代谢和细胞连接。这些研究共同表明，近红外光治疗可以通过恢复mLEC功能来增强MLV清除能力，从而改善认知功能。总之，光的淋巴引流增强促进了衰老和AD小鼠模型的病理缓解和认知增强，为神经退行性疾病提供了潜在的改善策略。
微生物组
宏基因组测序项目：多组学分析揭示玉米青贮好氧变质及黄梁木叶精油对其影响的研究
期刊：Chemical Engineering Journal 影响因子：IF 13.3 样本：青贮玉米
为了更好地理解青贮饲料的有氧变质过程及其潜在机制，以及黄梁木Neolamarckia cadamba（NCL）精油对这一过程的影响，研究者进行了宏基因组学、转录组学和代谢组学的分析。研究者在2021年制备了全株玉米青贮，并在暴露于空气中的不同时间点（0、3、7、14天）进行了温度、发酵质量、微生物群落和代谢物的分析。随后，提取并分析了NCL精油的成分，并研究了其对从有氧恶化青贮中分离出的微生物菌株的抗菌活性。最后，在2022年，将NCL精油添加到全株玉米青贮中，研究其对青贮有氧稳定性的影响和机制。
参考文献：
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