孔子杀少正卯有以下疑点：
一、孔子有无能力杀。孔子“为鲁司寇摄行相事”，七天之后杀了少正卯。鲁国设有大司冠和小司寇，大司寇长期被季氏家族把持，此时担任大司寇的是季桓子，孔子担任的是小司冠，“摄行相事”之“相”不是秦汉之后一人之下，万人之上的宰相，而是“傧相”，主持礼仪而己。鲁国的大权长期掌握在三桓手中，国君并无实权，孔子能被起用，可能有两个原因，一是当年阳虎拉拢孔子，孔子不受，后来阳虎作乱，三桓认可了孔子；二是三桓为家臣所苦，有利用孔子制衡不听话的家臣的用意。孔子后来堕三都，强公室，影响了三桓的利益，立马就被赶走了。孔子要杀一个大夫，恐怕他的权力不够。
二、孔子有无意愿杀。《论语》记载，公伯寮愬子路于季孙。子服景伯以告，曰：“夫子固有惑志于公伯寮，吾力犹能肆诸市朝。” 子曰：“道之将行也与，命也。道之将废也与，命也。公伯寮其如命何！”公伯寮在季桓子面前告小状，导致子路被季桓子免去了家宰之位，子路是孔子推行政治路线的主要助手，子路失势，是孔子政治生涯走下坡路的开始。这时，鲁国另一贵族子服景伯向孔子说他有办法杀了公伯寮，孔子没有同意。公伯寮这么影响孔子大业的人，孔子没有杀的意愿，不知道有什么理由非要杀少正卯。
三、能不能杀。以孔子之学问，在鲁国有极大的影响力，孟孙氏的两个儿子都是他的学生，而且名闻诸侯。如果少正卯的学问能与孔子相比，甚至更高，他的名声会达到什么水平？要杀他的话三桓能答应？国君能答应？孔子得罪了三桓，三桓也没有杀他，只是把他赶走而己。春秋时代，礼制尚存，一般不会滥杀大夫。除非做了特别过分的事，国君非杀不可。
四、孔子杀少正卯最早见于《荀子·宥坐》，孔子杀了少正卯之后，为自己找理由，说：“是以汤诛尹谐，文王诛潘止，周公诛管叔，太公诛华仕，管仲诛付里乙，子产诛邓析、史付。此七子者，皆异世同心，不可不诛也。”在此七人中尹谐、潘止、华仕、付里乙是虚构的人物，管叔是周公的弟弟，因争权被周公所杀，与思想言论没关系，子产诛邓析、史付，也有记载说邓析不是子产杀的。
五、孔子杀少正卯是韩非子编的故事，韩非是荀子的学生，把自己的编造窜入老师的著作中，目的是为韩非子思想统一的观念张目（当然，这个是我猜的，没有证据。《荀子》一书，除了此处，并没有禁言论的意思，而且这么毒辣的搞法，以《荀子》一书的主要思想来看，也不符合。这盆脏水只能往韩非子头上倒了，毕竟这特别符合韩非子的思想。当然，可能也不是韩非子，是荀子别的弟子编撰老师著作时把自己讲的故事编了进去）。韩非子说：“是故禁奸之法，太上禁其心，其次禁其言，其次禁其事。”韩非认为思想一统才最重要。韩非子经常编一些没谱的事，比如“太公诛华仕”的故事就见于《韩非子》一书，明显是编造的。韩非子还编了一个故事，说鲁国一兵，三次打仗三次逃，孔子问为什么？士兵说家里有老母亲要奉养。孔子立马给他升官。这种故事能信吗？
六、有人认为，《孔子家语》记载了这个故事，怎么有假？历来学术界认为此书是三国时魏人王肃伪作。当代一些学者翻案，认为此书是“孟子以前遗物，绝非后人伪造所成”。真真假假就不说了，但我想说一点，就算这本书是真的，孔子杀少正卯的事就是真的吗？此事《论语》、《孟子》不载，当时的史书也不载，偏偏孔子死了差不多一百多年，杀少正卯的事被孔子的后学记录下来了，不是很蹊跷吗？
战国时代的学者，流行用讲故事的方式来说明自己的道理，《墨子》、《孟子》、《庄子》、《荀子》、《韩非子》都大讲故事，而且，为了增加可信度，经常拿名人说事，最大的名人就是孔子，孔子的面目在不同的书中反差极大，即使在同一本书中，也可能南辕北辙。比如说《庄子》，内七篇中孔子的形像极佳，温文尔雅、好学、经常与弟子切磋道术。但在《盗趾》篇，孔子就成了个跳梁小丑式的人物。《孔子家语》中记载孔子杀少正卯的事，合理的解释可能有两个：一是儒家在流变中，一些后学向法家化发展，编出这么个故事，用来证明控制思想的正确性，因为孔夫子都说了。二是后来的学者为了时势的需要，把此篇编入《家语》。
