动画片头脑特工队讲述在主人公的头脑中有乐乐，忧忧，紧张，愤怒，这几个特工。他们相互合作，又互相制约。
当主人公是一个小宝宝的时候，乐乐处于主要地位，占据了整个情绪的主要部分。主人公莱伊每天过着父母陪伴无忧无虑快乐的日子。随着时间的流逝，莱伊慢慢长大，有了自己的小伙伴，并且特别喜欢打冰球。可是朋友之间也会有不愉快，打冰球也有输的时候。恰巧在莱伊大脑中的乐乐阴差阳错离开了大脑总部，也就是情绪支配区，此时忧忧登上了控制情绪的宝座。忧忧生性悲观，凡事都抱有消极的态度，郁郁寡欢。可想而知忧忧控制莱伊的情绪，莱伊一定也是愁眉苦脸，甚至与朋友绝交，放弃她最爱的冰球比赛。
远在大脑一侧的乐乐见到莱伊如此不快乐，心急如焚，想尽一切办法要回到大脑总部，重新让莱伊快乐。可是回到总部的路并不容易，可是乐乐仍然拼尽全力不放弃，最终千辛万苦回到了大脑总部，重新由乐乐支配着莱伊的情绪。
莱伊终于恢复了乐观快乐的自己，影片也到这里结束了。这个动画片的灵感我们每个人都知道，在人的头脑中总会有恶魔和天使，究竟谁会赢。可是让我感动的是即使我们身处困难之中，被失败折磨，友情爱情纷纷离我们而去的时候，你可知道你大脑中的乐乐是怎样拼劲全力，奋不顾身想要回到你的身边去拯救你啊！可是你又怎么忍心整日郁郁寡欢，让忧忧肆无忌惮地支配着你的情绪，给舍身忘死回到你身边的乐乐设置那么多路障?
你的情绪究竟应该由谁来支配?是的，我们会遇到各种坎坷，乐乐有时会意外离开，忧忧也会占领高地。但是我们从小读的各种故事，寓言，正史，野史无一不告诉我们正义会战胜邪恶，快乐会战胜悲伤。你也要相信哪怕最近你处于低谷，你的乐乐也归心似箭，总有一天会回来。
